Master Océanographie
Spécialité "Biologie
et Ecologie Marines"
de l'Université de
Renseignements,
candidatures et documents pédagogiques
GÉNÉRALITÉS SUR LE MASTER
D'OCÉANOGRAPHIE
Etudes supérieures en océanographie au Centre d'Océanologie de Marseille
Poster de présentation (pdf) (version 2007)
Master Océanographie "Biologie et Ecologie Marines" (Présentation power point)
Présentation du M1 (Master 1° année) et du M2 (Master 2° année) d'Océanographie, spécialité "Biologie et Ecologie Marines" : Unités d'Enseignement (UE) obligatoires et optionnelles, contenu des UEs, responsables des UEs, etc.
(modifications importantes en 2011-2012 : en cours de mise à jour)
Le stage court (UE 231) est optionnel en M1. Il peut être effectue par anticipation (= de Mai à Août 2010, donc avant la rentrée), sous réserve d'un accord préalable avec le responsable de la spécialité "Biologie et Ecologie Marines" (Prof. Charles F. Boudouresque). Ce stage comptant pour 6 ECTS, sa durée indicative est de 3-4 semaines (mais une durée supérieure peut être acceptée).
Liste des Unités d'enseignement (UEs)
Ce document comporte la liste des UE de la spécialité "Biologie et Ecologie Marines", le nom des responsables d'UE, les volumes horaires, les objectifs et le contenu des enseignements en 2007-2008.
Formulaire de candidature au Master d'Océanographie
Ce formulaire concerne les deux spécialités du Master d'Océanographie et les deux années (M1 et M2), pour l'année 2011-2012. La liste des pièces à fournir y est indiquée.
Adresse e-mail des étudiants inscrits aux Centre d'Océanologie de Marseille
Les étudiants inscrits au Centre d'Océanologie de Marseille bénéficient automatiquement d'une adresse e-mail (http://etumel.univ-mrs.fr/) qui les suit toute leur scolarité. Une part importante de la communication entre responsables de formation (Charles F. Boudouresque dans le cas du Master d'Océanographie "Biologie et Ecologie Marines") et étudiants se faisant par internet, il est important d'indiquer aux responsables de formation l'adresse (Université ou personnelle) à laquelle ils souhaitent recevoir les informations. Pour plus de précisions concernant l'adresse Université, contacter Maurice Libes (maurice.libes@univmed.fr).
Espace
numérique de travail (ENT) pour les étudiants de l'Université
d'Aix-Marseille 2 (Université de
Ce document concerne les étudiants en Master, et non les bourses de thèse (région, Egide, Sphère, etc.) ni les allocations de thèse du MRT.
Emploi du temps de la semaine en cours de Charles F. Boudouresque
Ce document est destiné aux étudiants de Licence ou de Master qui souhaitent me rencontrer ou prendre rendez-vous.
- Pour une question vite réglée ou urgente (renseignement, signature, etc.), inutile de prendre rendez-vous.
- Pour les autres problèmes (lettre de recommandation, conseils pour l'orientation future, etc.), merci de prendre rendez-vous.
Sujets de stages 2010-2011 proposés en M2
Cliquer ci-dessus pour accéder aux sujets.
Sujets de stages 2010-2011 proposés en M1
Nombre de sujets proposés : aucun. Cliquer ci-dessus pour accéder au sujet.
UNITÉS DU MASTER D'OCÉANOGRAPHIE
UE 104 BENT ("Structure et fonctionnement des
écosystèmes benthiques")
Présentation et plan de l'ensemble du cours (ppt, pdf)
Cours de Jean-Pierre Féral sur le benthos antarctique (Décembre 2005)
Documents correspondant au TD sur publications de Pierre Chevaldonné (2010) :
Consignes générales (concernant l'organisation du TD) (2010)
Documents correspondant au TD de Christophe Lejeusne "Fluctuations des écosystèmes à macrophytes" (2006) :
Consignes générales concernant l'organisation du TD
Publication Frederiksen et al 2004
Publication Tomasko et al 2005
Publication Ruiz et Romero 2003
Restitution du TD substrats meubles : Christophe Lejeusne (Novembre 2006) (pdf)
TP otolithométrie : Fabien Morat (2009)
Introduction à la sortie en mer "fonds meubles littoraux" : Cedric Javanaud (2009)
Introduction à la sortie en mer "fonds meubles littoraux" : Marie Eichinger (2010)
Exploitation de la sortie en mer "fonds meubles littoraux" (2010) : Pérès J.M. et Picard J., 1964. Nouveau manuel de bionomie benthique de la mer Méditerranée. Rec. Trav. Stat. mar. Endoume, 31 (47) : 5-137.
Introduction à l'usage des isotopes stables : voies métaboliques et réseaux trophiques : Cédric Javanaud (2009)
Isotopes stables et réseaux trophiques : Daniela Banaru (2010)
Voir
également à la rubrique "Documents correspondant aux enseignements de
Charles F. Boudouresque" (retourner à l'index)
UE 106 DOM ("Diversité des organismes marins")
et UE 359 DOMA ("Diversité des organismes marins : notions avancées")
Cours Charles F. Boudouresque (2010). Diversité des organismes marins. 1.
L'arbre du vivant (ppt, pdf)
Introduction. L'arbre du vivant.
Mais où sont donc passés les végétaux, algues, champignons, protozoaires ?
L'origine de
Cours Charles F. Boudouresque (2010). Diversité des organismes marins. 2.
Origine, évolution et biocycle des Eucaryotes (ppt, pdf)
L'origine des Eucaryotes et les endosymbioses primaires, secondaires et tertiaires. Kleptoplastie et karyopleptie : endosymbioses en cours ? L'évolution des Eucaryotes. Les "big bangs" biologiques. Le biocycle (cycle biologique).
Cours Charles F. Boudouresque (2010). Diversité des organismes marins. 3.
Les Alvéolés : Dinobiontes, Apicomplexes et Ciliés. Caractères morphologiques, cytologiques, biochimiques ; reproduction et écologie (ppt, pdf)
Cours Charles F. Boudouresque (2010). Diversité des organismes marins. 4.
Les Straménopiles, Haptobiontes, Cryptobiontes et taxons apparentés récemment découverts (ppt, pdf)
Cours Charles F. Boudouresque (2010). Diversité des organismes marins. 5.
Les Archaeplastidia (Centrohelida, Rhodobiontes, Viridiplantae) (ppt, pdf)
Cours Charles F. Boudouresque (2010). Diversité des organismes marins. 6.
Les Opisthochontes (Fungi et Microsporidies) (ppt, pdf)
Cours de Valérie Michotey sur les Procaryotes (ppt, pdf)
Cours de Emmanuelle Reanard-Deniel (ppt, pdf)
Cours N°1 (2010) Eucaryotes unicellulaires et origine de la pluricellularité
Cours N°2 (2009) Les métazoaires basaux
Cours N°3 (2009) Bilatériens
Cours N°4 (2009) Bilatériens
Cours N°5 (2010) Conclusions Holozoaires
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2006-2007)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles après la référence de la publication correspondante (cliquer sur "exposé")
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2007-2008)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles après la référence de la publication correspondante (cliquer sur "exposé")
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2008-2009)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles après la référence de la publication correspondante (cliquer sur "exposé")
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2009-2010)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles après la référence de la publication correspondante (cliquer sur "exposé")
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2010-2011)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles après la référence de la publication correspondante (cliquer sur "exposé")
Corrigé exercice TD Carole Borchiellini (2006)
Lectures recommandées :
Claverie J.M., 2006. Viruses take center
stage in cellular evolution. Genome
Biology, 7 (110) : 1-5.
Gazave E. et al.,
2008. NK homeobox genes with choanocyte-specific expression in homoscleromorph
sponges. Dev. Genes Evol., 218 : 479-489.
Suttle C.A., 2007. Marine viruses – major players in the global ecosystem. Nature Reviews Microbiology, 5 (10) : 801-812.
UE 227 FLUC ("Fluctuations et perturbations,
naturelles et anthropiques, des écosystèmes marins")
Présentation et plan de l'ensemble du cours (ppt, pdf)
Lectures recommandées :
Morri C., Bianchi C.N., 2001.
Recent changes in biodiversity
in the
Vasseur
D.A., Fox J.W., 2007. Environmental
fluctuations can stabilize food web dynamics by increasing synchrony. Ecology Letters, 10 :
1066-1074.
Publication de Massé
H, 2000. Long-term
changes in sand bottom macrofauna along the coast of
Conversi A., Peluso T., Fonda-Umani S., 2009. Gulf of Trieste : A changing ecosystem. J. Geophysical Res., 114 (C03S90) : 1-10.
Gerber
L.R., Morissette L., Kaschner K., Pauly
D., 2009. Should whales be
culled to increase fishery yield ? Science, 323 :
880-881. Supporting online materiel.
Hastings A., Wysham D.B., 2010. Regime shifts in ecological systems can occur with no warning. Ecology Letters, 13 : 464-472.
Cours de Charles F. Boudouresque :
Partie 1 : Les fluctuations naturelles (2011) (ppt, pdf)
Partie 2 : Les forçages climatiques (2011) (ppt, pdf)
Partie 3 : La théorie des perturbations (2011) (ppt, pdf)
Partie 4 : Perturbations naturelles. Rôle des perturbations (2011) (ppt, pdf).
Partie 5 : Mécanismes de réaction et correction des perturbations et stress (2011) (ppt, pdf)
Partie 6 : Grands types de perturbations et de stress liés à l'Homme (2011) (ppt, pdf).
Partie 7 : Les perturbations dans quelques grands types d'écosystèmes : Posidonia, mangrove, Macrocystis, Cystoseira (2010) (ppt, pdf).
Cours de soutien de Charles F. Boudouresque :
Successions (rappel du cours de Licence 1 "Processus et Théories Ecologiques") (ppt)
Cours de Thierry Perez (2010) : "Impact des changements climatiques sur la biodiversité en mer Méditerranée"
Changement climatique biodiversité (ppt, pdf)
Cours de Thierry Perez (2010) : "Conséquences biologiques du réchauffement global"
Réchauffement global (ppt, pdf)
Cours de Didier Aurelle (2011) : "Fluctuations génétiques des populations"
Fluctuations génétiques (ppt, pdf)
Cours de Daniela Banaru et Thierry Perez (2009) : "Changement global et vulnérabilité des écosystèmes marins côtiers ; le cas de la Méditerranée".
Réchauffement climatique (ppt, pdf)
Cours de Daniela Banaru (2009) : "Conséquences biologiques du réchauffement global"
Conséquences biologiques réchauffement (ppt, pdf)
Cours TD de Daniela Banaru (2009) :
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2006-2007)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles, à la suite de la copie de la publication (cliquer d'abord ci-dessus).
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2007-2008)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles, à la suite de la copie de la publication (cliquer d'abord ci-dessus).
Liste et copies pdf des publications proposées pour les exposés sur publications (année 2009-2009)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles, à la suite de la copie de la publication (cliquer d'abord ci-dessus).
Liste et copies pdf des publications proposées pour les exposés sur
publications (année 2009-2010)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles, à la suite de la copie de la publication (cliquer d'abord ci-dessus).
Liste et copies pdf des publications proposées pour les exposés sur
publications (année 2010-2011)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles, à la suite de la copie de la publication (cliquer d'abord ci-dessus).
UE 228 ECON ("Initiation à l'économie de
l'environnement")
Documents correspondant aux cours de 2007-2008.
Plan du cours de Hubert Stahn (pdf)
Plan du cours de Agnès Tomini (pdf)
Plan du cours de Stéphanie Le Maître (pdf)
Correction d'un exercice de Agnès Tomini sur l'évaluation contingente
Cours de Agnès Tomini : chapitre 1 (fondements théoriques de l'évaluation environnementale)
Cours de Agnès Tomini : chapitre 2 (méthodes d'évaluation de l'environnement)
Cours de Agnès Tomini : chapitre 3 (défaillances de marchés, biens publics, externalités)
Cours de Agnès Tomini : exercices sur le chapitre 3
Cours de Agnès Tomini : chapitre 4 (la régulation environnementale)
Cours de Stéphanie Le Maître : chapitre 7 (l'internalisation des effets externes)
Cours de Stéphanie Le Maître : chapitre 9 (le changement climatique et le protocole de Kyoto)
Documents correspondant aux cours de 2008-2009.
Exercice N°1 (Camila Niño Fernández)
UE 357 ("Invasions et transferts biologiques")
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2006-2007)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles après la référence de la publication correspondante (cliquer sur "exposé")
Liste et copies pdf des publications proposées pour les "exposés sur publications" (année 2007-2008)
Les exposés ppt des étudiants sont accessibles après la référence de la publication correspondante (cliquer sur "exposé")
Publications dont la lecture est recommandée en complément au cours :
BARDSLEY
D., EDWARDS-JONES G., 2006. Stakeholder's perceptions of
the impacts of invasive exotic plant species in the Mediterranean region.
GeoJournal, 65 :
199-210.
BRIAND F. (ed.), 2007. Impact of mariculture on coastal ecosystems. CIESM workshop
monographs, 32. Nombreuses communications.
CARLTON
J.T., GELLER J.B., 1993. Ecological roulette : the
global transport of nonindigenous marine organisms. Science, 261 :
78-82.
LAFFERTY, 2006. Can the common
brain parasite, Toxoplasma gondii, influence human culture. Proc. royal Soc. B,
273 : 2749-2755.
MACK
R.N., LONSDALE W.M., 2002. Eradicating invasive plants:
hard-won lessons for islands. In:
Turning the tide: the eradication of invasive species. Veitch
C.R., Clout M.N. (eds.), IUCN SSC Invasive Species Specialist Group, IUCN
publ., Gland, Switzerland and Cambridge, UK : 164-172.
PIMENTEL D., McNAIR S., JANECKA J., WIGHTMAN J., SIMMONDS C., O'CONNELL C., WONG E., RUSSEL L., ZERN J., AQUINO T., TSOMONDO T., 2001. Economic and environmental threats of alien plants, animal and microbe invasions. Agriculture, Ecosystems and Environment, 84 : 1-20.
VILA
M., TESSIER M., GOMENO I., MORAGUES E., TRAVESET A., de la BANDERA M.C., SUEHS
C.M., MEDAIL F., AFFRE L., GALANIDIS A., DALIAS P., PETSIKOS B., CARTA L.,
MANCA M., BRUNDU G., 2004. Impacts of plant invasion on species diversity
in Mediterranean islands. Proc. 10th MEDECOS conference, Rhodes, Greece, Arianoutsou et Papanastasis
(eds.), Millpress publ., Rotterdam
: 1-7.
WOLFE N.D., PANOSIAN DUNAVAN C., DIAMOND J., 2007. Origins of major human infectious diseases. Nature, 447:279-283.
Les espèces introduites et invasives en milieu marin. Troisième édition. 2008 (pdf).
Cet ouvrage correspond au cours de Charles F. Boudouresque. Effectivement publié (GIS Posidonie Publisher) et doté d'un numéro d'ISBN, il peut donc être cité (citation recommandée, voir page 2)
Cours Charles F. Boudouresque (power-point) :
Cours N°1 (introduction, définitions et critères de reconnaissance) (année 2011) (ppt, pdf)
Cours N°2 (vecteurs, causes et processus d'introduction. Nombre d'espèces introduites) (année 2011) (ppt, pdf)
Cours N°3 (conséquences écologiques) (année 2011) (ppt, pdf).
Cours N°4 (conséquences économiques) (année 2011) (ppt, pdf)
Cours N°5 (prévention, contrôle, éradication, conclusions) (année 2011) (ppt, pdf)
Cours Prof. Antoni Penaud :
Angiostrongylus cantonensis (pdf)
Echinococcus multilocularis (pdf)
Entamoeba histolytica (amibiase) (pdf)
Enterobius vermicularis (oxyuriose) (pdf)
Strongyloides stercoralis (anguillulose) (pdf)
Tiphus Rickettsia prowazeki (pdf)
Wuchereria bancrofti (filariose elephantiasis) (pdf)
Travaux Dirigés :
Marc Verlaque : étude de cas : Caulerpa racemosa (ppt)
UE 358 AERME 1 et UE 377 AERME 2 ("approche écosystémique des Ressources Marines Exploitées")
(anciennement : UE 60)
Cette UE du Master 2 d'Océanographie (spécialité "Biologie et Ecologie Marines") est mutualisée avec les Universités de Montpellier, Paris 6 et Rennes. Les enseignements se déroulent au centre IRD-IFREMER de Sète.
Plan du cours AERME année 2008-2009
UE 363
"Protection, restauration et gestion durable en milieu marin 1"
Cette UE du Master d'Océanographie est commune à la spécialité recherche "Biologie et écologie marines" et à la spécialité pro "Environnement marin".
Cours Charles F. Boudouresque
Cours Charles F. Boudouresque N°1 pdf (2011-2012) : Biodiversité, protection des espèces.
Cours Charles F. Boudouresque N°2 pdf (2010-2011) : Aires Marines Protégées.
Cours Charles F. Boudouresque N°2 ppt (2010-2011) : Aires Marines Protégées.
Cours Charles F. Boudouresque N°3 pdf (2010-2011) : Restauration.
Cours Charles F. Boudouresque N°3 ppt (2010-2011) : Restauration.
Cours Denise Bellan-Santini
Cours Bellan-Santini N°1 (2009-2010) : Droit de l'environnement marin.
Cours Bellan-Santini N°2 (2009-2010) : Inventaires ZNIEFF en région PACA.
Cours Bellan-Santini N°3 (2009-2010) : Directives et conventions européennes.
Cours Bellan-Santini N°4 (2009-2010) : Directive européenne "Stratégie en milieu marin".
Cours Bellan-Santini N°5 (2009-2010) : Gestion intégrée des zones côtières (GIZC).
Cours Bellan-Santini N°6 (2009-2010) : Grenelle de la mer.
Cours Bellan-Santini N°7 (2009-2010) : Espaces protégés, parcs et réserves.
Cours Bellan-Santini N°8 (2009-2010) : Plan Bleu, perspectives à 2025.
Cours Bellan-Santini N°9 (2009-2010) : Natura 2000.
Cours Thierry Perez
Cours Thierry Perez (2009-2010) : Bioindicateurs.
Cours
Daniela Banaru
Cours Daniela Banaru (2010-2011) : Bioindicateurs et biomarqueurs.
Publications recommandées
COSTANZA
R., D'ARGE R., DE GROOT R., FARBER S., GRASSO M., HANNON B., LIMBURG K., NAEEM
S., O'NEILL R.V., PARUELO J., RASKIN R.G., SUTTON P., VAN DER BELT M., 1997.
The value of
the world's ecosystem services and natural capital. Nature, 387
: 253-260.
SOLAN et al., 2004. Extinction and ecosystem function in the marine benthos. Science, 306 : 1177-1180.
UE 364 "Protection, restauration et gestion durable en milieu marin 2"
Cours Benjamin Genovesi
Cours Benjamin Genovesi N°1 (2009-2010) : Les efflorescences toxiques.
Cours
Daniela Banaru
Cours Daniela Banaru N°1 (2010-2011) : Tendances et effets de la pêche et de l'aquaculture.