A la fin de l'été 1999, des plongeurs et en particulier des scientifiques qui pratiquent la plongée pour leurs recherches, signalent une mortalité massive d'organismes benthiques (c'est à dire qui vivent fixés sur la fond), comme des gorgones, des éponges ou même le corail rouge. Les organismes perdent leurs tissus vivants et ne subsistent plus que les squelettes (voir photos). Les informations proviennent de différents points de la méditerranée nord-occidentale, depuis l'Italie du nord jusqu'à Marseille. Dans des sites pourtant suivis depuis plus de trente ans par des chercheurs de la Station Marine d'Endoume, un tel évènement catastrophique n'avait jamais été signalé. Parmi les causes possibles, une situation thermique inhabituelle est repérée à partir des enregistrements de la température des eaux des séries CAPCOM et SOFCOM.

Dans la première figure (ci-contre) on a représenté cette évolution comparée entre 1998 (bleu) et 1999 (rouge) dans les eaux de surface (série CAPCOM). Les chutes thermiques brusques, plus fréquentes et plus longues en 1998, sont dues à des situations de vent fort de NW (mistral).En 1999, elles ont été rares, et de faible durée de fin juin jusqu'en octobre, et la température est restée de 2 à 3°C supérieure à celle mesurée en 1998.

Mais cette situation inhabituelle s'est aussi  traduite en profondeur puisque la température des eaux est restée élevée (23°C) jusqu'à 30 à 40m. Cet enfoncement de la thermocline (limite qui en été sépare les eaux chaudes de surface des couches plus profondes et plus froides), a perduré sur une période longue comme le montrent les enregistrements de la série SOFCOM présentés ci-contre. Cette structure verticale des eaux est classique mais généralement perturbée par des coups de mistral qui, en faisant remonter de l'eau profonde refroidissent les eaux jusqu'en surface; or ils ont été rares et de faible durée en 1999