La plate-forme PRECYM est installée dans les locaux de l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO), ex-Centre d’Océanologie de Marseille sur le Campus de Luminy.

Le Centre d’Océanologie de Marseille (Observatoire des Sciences de l’Univers), une des unités fondatrices du MIO, a créé dans ses locaux du campus de Luminy une plate-forme régionale de cytométrie en flux dédiée tout particulièrement à la microbiologie (PRECYM), que ce soit dans le domaine marin ou non.

Luminy, un campus unique sur un site unique.

La définition de cytométrie en flux se déduit facilement à partir de l’étymologie de son nom : mesure (-métrie) des propriétés optiques de cellules (cyto-) transportées par un liquide vecteur (flux) jusqu’à une source d’excitation lumineuse.

Ce projet, initié il y a quelques années par Michel Denis, Directeur de Recherche CNRS au sein du Laboratoire de Microbiologie, Géochimie, et Ecologie Marines (LMGEM, CNRS UMR 6117), est né du besoin d’étudier les assemblages microbiens à l’échelle individuelle des cellules pour mieux appréhender leur structure et leur rôle fonctionnel au sein même des écosystèmes. La cytométrie en flux est alors apparue comme une technique de choix en permettant une analyse qualitative et quantitative des cellules individuelles à une fréquence pouvant aller jusqu’à plusieurs dizaines de milliers de cellules par seconde. Les avancées technologiques alliées aux progrès des marqueurs fluorescents et de la biologie moléculaire laissent présager, dans un proche avenir, des possibilités offertes par la cytométrie en flux aux microbiologistes pour accroître leurs connaissances sur les bactéries, tâche difficile voire impossible par d’autres méthodes plus classiques de microbiologie (mises en culture, observations par microscopie).

Conscients du potentiel de cet outil, les laboratoires du COM (le LMGEM UMR6117, le LOB UMR 6535 et DIMAR UMR 6540)), de l’IRD (les UR 99 Cyroco et 103 Camelia), et le Laboratoire de Chimie Bactérienne (UPR 9043) se sont organisés en un consortium dans le but d’acquérir un cytomètre en flux analyseur-trieur (le MoFlo de DAKO).

Cet instrument qui permet non seulement une analyse des cellules mais également leur tri physique en vue d’expérimentations ultérieures est venu renforcer le parc de cytométrie déjà disponible au sein du MIO. Le LMGEM est en effet pourvu d’un cytomètre analyseur de paillasse et d’un cytomètre immergeable (CytoSub, Cytobuoy bv, NL) destiné à l’observation in situ du phytoplancton. Depuis 2005, une deuxième trieur équipé de multiples lasers et d’options spécifiques à l’analyse de petites particules, ainsi que de deux cytomètres autonomes de type Cytosense sont venus compléter le parc instrumental de la plate-forme PRECYM afin de répondre au mieux aux attentes des utilisateurs.

La plate-forme régionale de cytométrie pour la microbiologie a pour objectif de centraliser ces équipements et un savoir faire et de les mettre à disposition d’autres unités/instituts. Elle offre aux chercheurs la possibilité d’envisager de nouvelles approches et permet une exploitation technique, économique et scientifique optimale des appareils.

PRECYM permet également un développement et une veille technologique, ainsi qu’une valorisation de la recherche. Enfin, la plateforme se veut une entité formatrice qui participe à l’animation scientifique. Elle offre au personnel de différentes équipes l’opportunité de se former et de devenir autonome sur des technologies en émergence.