Le plancton végétal, encore appelé phytoplancton, est à la fois un régulateur et un baromètre de la santé des océans. Son étude permet de suivre l’évolution des océans et de comprendre certains changements climatiques. Il existe un grand nombre de variétés de phytoplanctons (voir le paradoxe du plancton sur ce sujet), de différentes formes et dont les tailles varient de quelques dixièmes à quelques millièmes de millimètres.

L’étude du phytoplancton est un domaine aux enjeux importants car il joue un rôle prépondérant sur l’évolution de l’environnement : il pompe le CO2 (gaz à effet de serre) et produit de l’oxygène. Mais il est également très sensible aux changements climatiques et aux pollutions induites par les activités humaines. Cette sensibilité lui permet de réagir rapidement aux changements environnementaux, parfois à son avantage (apparition de certaines variétés), parfois à son détriment (disparition). Cela lui confère un rôle de baromètre des océans.

Aujourd’hui des capteurs automatisés basés sur des bouées en mer, sur des navires scientifiques et dans des locaux dédiés ont pour objectif d’analyser la composition et la dynamique du phytoplancton à différentes échelles spatiales et temporelles. Ces instruments sont des cytomètres en flux qui utilisent des techniques très récentes de spectrométrie : de l’eau est prélevée automatiquement, les particules et les cellules sont séparées, alignées et entraînées jusqu’à un faisceau laser. En fonction de leur forme, de leur taille, de leur contenu pigmentaire les cellules vont diffuser les photons des lasers à des intensités variables et émettre de la fluorescence qui varie en qualité et en intensité. La combinaison de ces signaux constitue une véritable signature optique de la composition du milieu marin.

Des outils mathématiques puissants sont nécessaires pour extraire le maximum d’informations à partir de ces données. Une approche basée sur l’analyse statistique des données a été explorée et a fait naître un projet de surveillance automatisée du milieu marin. Ce projet s’appuie sur des méthodes statistiques faisant intervenir les processus aléatoires, qui décrivent l’évolution temporelle des observations, les techniques de segmentation d’image pour représenter la répartition des espèces et l’analyse bayésienne. Cette dernière technique permet d’intégrer les informations a priori des biologistes sur la répartition du phytoplancton dans certaines zones.

L’enjeu est de taille : bien reconnaître les espèces ou les cellules en présence permet de déterminer avec précision l’environnement marin. Ensuite, il s’agit de mettre en évidence les liens entre les variables environnementales, comme la température, la salinité, le pH, la concentration en sels nutritifs, la présence de prédateurs et d’autres encore, et l’évolution des cellules, ce qui va permettre de mieux comprendre l’évolution des océans. Enfin, ce projet vise à détecter rapidement des changements de composition, ce qui permettrait de donner l’alerte en cas de risques de pollution ou de modification soudaine du milieu marin.

Brève rédigée par Denys Pommeret (IML, Univ. Aix-Marseille) d’après des travaux réalisés au MIO (Marseille) en collaboration avec l’IML (Marseille), le LISIC (Côte d’Opale) et le MISTEA (Montpellier).

1-3 octobre 2013 ◘ 1 st -3 rd October 2013 Bordeaux, France Aims :

Recently, great technological improvements have been performed in multiparameter flow cytometry (MFC) to study complex biological systems. However, the difficulty of implementing MFC is a real barrier limiting its broad use. Similarly, knowledge is often lacking, in advanced analytical tools and methods needed to handle the mass of information generated by MFC. An emerging innovating technology, the multiparameter mass cytometry (MMC) allows the simultaneous analysis of more than 40 parameters. This new technology (also referred to as CyTOF) faces similar challenges in analysis and data visualization as MFC. Therefore, the formation into the laboratories is crucial to control all aspects of multiparametric approaches that will be addressed during this workshop. To fulfill these goals, MFC and MMC technologies will be introduced by experts of each experimental field and illustrated using concrete examples of applications in clinical research. These presentations will be completed by an introduction to current software solutions in order to analyze huge datasets generated by these two approaches. Finally, emerging technologies will be presented, mainly in the field of image cytometry. Audience All biological scientists, engineers, medical doctors, post-doctoral fellows and students who are interested in the application of advanced cytometry techniques in their respective experimental fields and are eager to increase the number of parameters studied simultaneously. A basic knowledge in conventional flow cytometry (4-6 parameters) is required. Lectures will be given in English.

Avec la participation de / with the participation of :
 Mario ROEDERER (Bethesda, USA),
 Francis LACOMBE (Bordeaux, France),
 J. Paul ROBINSON (Indiana, USA),
 Juan FLORES-MONTERO (Salamanca, Spain),
 Ryan R. BRINKMAN (British Columbia, Canada),
 Rodolphe THIEBAUT (Bordeaux, France),
 Andrea COSSARIZZA (Modena, Italy),
 Scott TANNER (Toronto, Canada),
 Jonathan IRISH (Nashville, USA),
 Samuel GRANJEAUD (Marseille, France),
 Garry NOLAN (Stanford, USA),
 Attila TARNOK (Leipzig, Germany),
 Philippe BOUSSO (Paris, France),
 Michael GERNER (Bethesda, USA),
 Marie FOLLO (Freiburg, Germany),
 William TELFORD (Bethesda, USA).

— Date limite d’inscription : 21 juin 2013  Registration deadline : June 21 st 2013
— Renseignements et inscriptions / Information and registration
— Inserm / Ateliers de formation / 101 rue de Tolbiac / 75654 Paris Cedex 13
— Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03 / Fax +33 (0) 1 44 23 62 93 / ateliers@inserm.fr

Première place accordée au CNRS par le Scimago Institutions Ranking (SIR) qui produit le classement le plus complet des meilleurs institutions scientifiques mondiales.

Le CNRS figure également en 2012 parmi les 100 institutions mondiales, publiques ou privées, leaders dans le domaine de l’innovation (« Top 100 global innovators », Thomson-Reuters).

CNRS awarded first place at the SCImago Institutions Ranking by (SIR), which produces the most comprehensive ranking of the best scientific institutions worldwide.

CNRS is also in 2012 among the 100 global institutions, public and private leaders in the field of innovation ("Top 100 global innovators," Thomson-Reuters).

This a very nice tutorial describing the verious aspects of a flow cytometer thanks to sseveral animations.

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Un article paru dans le journal Le Monde du 25 août 2012 et intitulé : Des microalgues sous haute surveillance met à l’honneur l’’observation in situ à haute fréquence du phytoplancton.

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