PRECYM : Plate-forme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie

97) 2013

gregori — 2013-02-03T20:37:23Z

Novo D., Grégori G., Rajwa B. (2013). Generalized unmixing model for multispectral flow cytometry utilizing non-square compensation matrices. Cytometry Part A 83A : 508-520

M. Girault, H. Arakawa, A. Barani, H. J. Ceccaldi, F. Hashihama, S. Kinouchi, G. Gregori (2013) Distribution of ultraphytoplankton in the western part of the North Pacific subtropical gyre during a strong La Niña condition : relations with the hydrological conditionsBiogeosciences Discussions 03/2013 ; 10(3):5701-5748.

Malkassian A., Mante C., Thyssen M., Nérini D., Garcia F., Grégori G. (2013) Suivi in situ et à haute fréquence de la dynamique des assemblages phytoplanctoniques dans l'étang de Berre. In : Les actes des rencontres scientifiques autour de l'étang de Berre. Eds : GIPREB : p.183-192

Precym involved in the European Project INCOMMET with the INSTM of Tunis (Tunisia)

gregori — 2013-01-31T22:26:39Z

PRECYM is involved in the INCOMMET project. INCOMMET is a response to the Call FP7-INCO-2011-6 but is also relevant to the EU objectives of the Environment Work Programme. The INCOMMET project, coordinated by the National Institute of Marine Sciences and Technologies (INSTM), the major public research institution in Tunisia in the field of oceanography and marine environments, and also involving the Aix-Marseille Université (AMU, France) and the Zoological Station of Naples (SZN, Italy) aims at increasing research excellence and visibility of INSTM, and fostering its participation into ERA-WIDE requirements.

FORMATION CYTOMETRIE EN FLUX du 28 au 30 janvier 2013 – INSTM- La Goulette (Tunisie)

gregori — 2013-01-31T22:20:17Z

Du 28 au 30 janvier 2013, la plate-forme PRECYM a organisé une formation théorique et pratique en cytométrie en flux dans le cadre du projet Européen INCOMMET piloté par l'INSTM de Tunis, avec le soutien de l'Université d'Aix-Marseille (AMU).

Les intervenants ont été :
— Gérald GREGORI (Institut Méditerranéen d'Océanologie, Marseille)
— Michel DENIS (Institut Méditerranéen d'Océanologie, Marseille)
— Melilotus THYSSEN* (Institut Méditerranéen d'Océanologie, Marseille)
— Kevin RAGOT (PARTEC France)

Au programme de ces trois journées de formation :
Principes généraux de la cytométrie en flux
Tri
Traitement et analyse des données
Travaux pratiques sur le cytomètre CYFLOW Space (PARTEC) de l'INSTM,
Démonstration de plusieurs logiciels d'analyse de données de cytométrie
Fluorescence et Fluorochromes
Applications en microbiologie
Compensation
Sécurité
Observation haute fréquence du phytoplancton
Présentation autres logiciels d'analyse

Promotion de 2013

2012 : Formation permanente en cytométrie en flux (INSERM-CNRS)

gregori — 2012-12-01T09:00:59Z

Cette année encore la platerofme PRECYM a contribué à une action de formation permanente en cytométrie en flux, formation organisée par l'INSERM et le CNRS.

Session : INTER REGION - Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes - théorie et pratique - Marseille

Promotion de 2012

Région : Provence / Alpes-Côtes d'Azur / Corse
Domaine : Techniques scientifiques
Sous-domaine : Imagerie
Action : Imagerie cellulaire
Objectifs :
— Connaître les limites et avantages de la cytométrie en flux
— Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Publics et pré-requis : Chercheurs, ingénieurs, techniciens ayant des connaissances en biologie cellulaire

Programme : 1ère journée : théorie
— Introduction
— Principes généraux de la cytométrie
— Fluorescences
— Tri cellulaire par cytométrie en flux
— Compensation
— Traitement et analyse des données
— Sécurité

2ème journée : pratique

Plate-forme du CIML
— Illustration des principes de la cytométrie en flux et de la compensation sur une analyse 6 couleurs de lymphocytes

Plate-forme PRECYM
— Illustration du tri cellulaire et applications sur des micro-organismes

3ème journée : théorie et travaux dirigés
— Applications en microbiologie
— Applications en biologie
— Préparation cellulaire
— Illustration des principes d'analyse de données avec présentations et démonstrations de plusieurs logiciels d'analyse : présentation des logiciels FlowJo (Treestar), Modfit (VSH), Summit (Dako/Coulter) et Winlist (VSH) Analyse des données de la 2ème journée sur ordinateur (4 postes équipés de 4 logiciels)

Dates : du 21 au 23 novembre 2012
Lieu : Marseille (13009)

The VIII Irish Cytometry Society Conference

gregori — 2012-11-07T20:17:09Z

Galway, Ireland, 6-7 November, 2012

Flow cytometry continues to be one of the most important techniques available to life scientists, both in research and clinical settings. As applications rapidly expand it is essential for users to be aware of these developments, and how they can use the methods to maximize their work output.

The Irish Cytometry Society (ICyS) was set up in 2005 to provide a forum for all who work in cytometry (flow cytometry and allied technologies) in Ireland. With members involved in fields as varied as marine biology, microbiology, immunology, drug development, neuroscience, haematology, nanotechnology, and clinical cytometry, this makes for a vibrant group, with scientists from diverse fields bringing their different perspectives and expertise.

In addition to the annual meetings, the society serves to provide members with a network to keep informed of developments, employment opportunities, as well as communications and requests regarding instrumentation, reagents, experimental design, etc.

With a conference towards the end of each year, this is a great opportunity to keep abreast of advancements, liaise with colleagues, as well as interact with reagent and instrumentation vendors. These have proven hugely popular, with an annual attendance of more than 100 registrants.

The 2012 ICyS annual conference has been held in the National University of Ireland, Galway, on November 6th and 7th, 2012, and was another successful meeting.

ICyS_Brochure

High-speed droplet break-off video

gregori — 2012-09-27T20:30:28Z

Thus video displays the jet-in-air stream that has been captured on the Epics Elite (BC) of the PUCL in 2003 by modifying the frequency of the piezzo :

http://www.youtube.com/watch ?v=fGdSqGuE45A&feature=youtu.be

Jet-in-air

]

Cytométrie en flux automatisée et in situ

gregori — 2012-07-13T06:12:34Z

Une collaboration entre le MIO de Marseille (Université Aix-Marseille, CNRS, IRD, Université du Sud Toulon-Var), le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche sur Mer LOV (Université de Pierre et Marie Curie - CNRS), l'Observatoire Océanologique de Villefranche (Université Pierre et Marie Curie) et le Laboratoire d'Océanologie et Géosciences LOG de Wimereux (Université du Littoral) a permis d'installer le cytomètre en flux Cytosub de la plate-forme PRECYM du MIO sur la bouée EOL de L'OOV.

Bouée EOL en baie de Villefranche (photo : ML Pedrotti)

Cytomètre autonome Cytosub (Cytobuoy b.v.)

L'objectif est d'étudier la dynamique des assemblages phytoplanctoniques directement in situ par une approche à haute fréquence et à l'échelle individuelle des cellules. C'est le première fois qu'un tel système d'observation autonome destiné aux assemblages phytoplanctoniques est installé en zone côtière pour tenter d'observer finement la mise en place du bloom printanier et l'influence d'évènements sporadiques et soudains (coups de vent, orages, etc.).

Pour voir le dispositif, cliquez sur les liens suivants :

Film1

Film2

Personnel impliqué : Melilotus Thyssen and Felipe Artigas (LOG), Jean-Michel Grisoni (OOV-CNRS), Laure Mousseau (LOV), Maria Luiza Pedrotti (LOV), Michel Denis and Gérald Grégori (MIO-PRECYM),

Crédits photos et vidéo : M. Thyssen et G. Grégori.

Monitoring of phytoplankton at high frequency & at the single cell level by remote flow cytometry

gregori — 2012-07-10T05:42:04Z

This movie aims to describe the instrument set up installed on the buoy for monitoring the phytoplankton at high frequency. To watch the movie click here. Data are acquired in real time and the cytometer is remotely controled by Wireless. Data can also be directly downloaded from the Buoy on a computer in the laboratory. The system is set up to be accessible from anywhere. It takes just a computer and an Internet access.

This project is a collaborative project between MIO (Marseille), LOV and OOV (Villefranche-sur-mer), and LOG (Wimereux)

BoueeEOL

People involved :
Gérald Grégori and Michel Denis (MIO)
Melilotus Thyssen, Felipe Artigas (LOG),
Jean-Michel Grisoni (OOV)
Maria-Luiza Pedroti and Laure Mousseau (LOV)

Support of :
the crew of the La Velelle (ship of the OOV)
the support of the Service d'Observation (MIO)
the Cytobuoy b.v. compagny (The Netherlands)
Program EC2CO PNEC (MISE ; PI : G. Grégori)

Des Trichos s'il fait trop chaud !

Aude BARANI — 2012-07-03T15:39:45Z

Thématique : Biodiversité marine et halieutique, Environnement, Modélisation et outils d'observation, Océan, climats et impacts, Ouvrages et films

http://www.ird.fr/la-mediatheque/vi...

Réalisation : Hubert BATAILLE

Conseillers scientifiques :

Cécile DUPOUY, Biologiste

Sophie BONNET, Océanographe Biogéochimiste

98) 2011

Aude BARANI — 2012-07-03T14:16:15Z

Hana Trigui, Salma Masmoudi, Céline Brochier-Armanet, Aude Barani, Gérald Grégori, Michel Denis, Sam Dukan, Sami Maalej (2011) Characterization of heterotrophic prokaryote subgroups in the Sfax coastal solar salterns by combining flow cytometry cell sorting and phylogenetic analysis Extremophiles 15 : 347-358

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/...

doi:10.1007/s00792-011-0364-5

Here, we combined flow cytometry (FCM) and phylogenetic analyses after cell sorting to characterize the dominant groups of the prokaryotic assemblages inhabiting two ponds of increasing salinity : a crystallizer pond (TS) with a salinity of 390 g/L, and the non-crystallizer pond (M1) with a salinity of 200 g/L retrieved from the solar saltern of Sfax in Tunisia. As expected, FCM analysis enabled the resolution of high nucleic acid content (HNA)