PRECYM : Plate-forme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie
Dernière mise à jour :
mardi 12 mars 2013
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Articles au hasard :
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1995
Journal de l’INSU
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Brèves
Atelier INSERM - Advances in cytometry : new applications and insights in basic and clinical research
mardi 12 mars
1-3 octobre 2013 ◘ 1 st -3 rd October 2013 Bordeaux, France Aims :
Recently, great technological improvements have been performed in multiparameter flow cytometry (MFC) to study complex biological systems. However, the difficulty of implementing MFC is a real barrier limiting its broad use. Similarly, knowledge is often lacking, in advanced analytical tools and methods needed to handle the mass of information generated by MFC. An emerging innovating technology, the multiparameter mass cytometry (MMC) allows the simultaneous analysis of more than 40 parameters. This new technology (also referred to as CyTOF) faces similar challenges in analysis and data visualization as MFC. Therefore, the formation into the laboratories is crucial to control all aspects of multiparametric approaches that will be addressed during this workshop. To fulfill these goals, MFC and MMC technologies will be introduced by experts of each experimental field and illustrated using concrete examples of applications in clinical research. These presentations will be completed by an introduction to current software solutions in order to analyze huge datasets generated by these two approaches. Finally, emerging technologies will be presented, mainly in the field of image cytometry. Audience All biological scientists, engineers, medical doctors, post-doctoral fellows and students who are interested in the application of advanced cytometry techniques in their respective experimental fields and are eager to increase the number of parameters studied simultaneously. A basic knowledge in conventional flow cytometry (4-6 parameters) is required. Lectures will be given in English.
Avec la participation de / with the participation of :
Mario ROEDERER (Bethesda, USA),
Francis LACOMBE (Bordeaux, France),
J. Paul ROBINSON (Indiana, USA),
Juan FLORES-MONTERO (Salamanca,
Spain),
Ryan R. BRINKMAN (British Columbia, Canada),
Rodolphe THIEBAUT (Bordeaux, France),
Andrea COSSARIZZA (Modena, Italy),
Scott TANNER (Toronto, Canada),
Jonathan IRISH (Nashville, USA),
Samuel GRANJEAUD (Marseille, France),
Garry NOLAN (Stanford, USA),
Attila TARNOK (Leipzig, Germany),
Philippe BOUSSO (Paris, France),
Michael GERNER (Bethesda, USA),
Marie FOLLO (Freiburg, Germany),
William TELFORD (Bethesda, USA).
— Date limite d’inscription : 21 juin 2013 Registration deadline : June 21 st 2013
— Renseignements et inscriptions / Information and registration
— Inserm / Ateliers de formation / 101 rue de Tolbiac / 75654 Paris Cedex 13
— Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03 / Fax +33 (0) 1 44 23 62 93 / ateliers@inserm.fr
Sur le Web : Atelier INSERM
Première place accordée au CNRS par le Scimago Institutions Ranking (SIR) - CNRS awarded first place at the SCImago Institutions Ranking by (SIR)
jeudi 3 janvier
Première place accordée au CNRS par le Scimago Institutions Ranking (SIR) qui produit le classement le plus complet des meilleurs institutions scientifiques mondiales.
Le CNRS figure également en 2012 parmi les 100 institutions mondiales, publiques ou privées, leaders dans le domaine de l’innovation (« Top 100 global innovators », Thomson-Reuters).
CNRS awarded first place at the SCImago Institutions Ranking by (SIR), which produces the most comprehensive ranking of the best scientific institutions worldwide.
CNRS is also in 2012 among the 100 global institutions, public and private leaders in the field of innovation ("Top 100 global innovators," Thomson-Reuters).
Sur le Web : http://www.scimagoir.com/pdf/sir_20...
An excellent tutorial in flow cytometry : with many animations
lundi 29 octobre
This a very nice tutorial describing the verious aspects of a flow cytometer thanks to sseveral animations.
Sur le Web : http://probes.invitrogen.com/resour...
L’observation in situ à haute fréquence du phytoplancton à l’honneur dans le journal Le Monde
samedi 1er septembre
Un article paru dans le journal Le Monde du 25 août 2012 et intitulé : Des microalgues sous haute surveillance met à l’honneur l’’observation in situ à haute fréquence du phytoplancton.
A new movie about the phytoplankton monitoring in the Bay of Villefranche (NW Mediterranean Sea)
jeudi 31 mai
This movie aims to describe the instruments installed on the buoy for this preliminary project. Some data are also presented. To watch the movie, click here This project is a collaborative project between MIO (Marseille), LOV and OOV (Villefranche-sur-mer), and LOG (Wimereux)
BoueeEOL
People involved :
Gérald Grégori and Michel Denis (MIO)
Melilotus Thyssen, Felipe Artigas (LOG),
Jean-Michel Grisoni (OOV)
Maria-Luiza Pedroti and Laure Mousseau (LOV)
Support of :
the crew of the La Velelle (ship of the OOV)
the support of the Service d’Observation (MIO)
the Cytobuoy b.v. compagny (The Netherlands)
Program EC2CO PNEC (MISE ; PI : G. Grégori)
Sur le Web : http://www.youtube.com/watch?v=nOfs...
Sur le Web
Plateforme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie PRECYM
Site de la Plateforme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie PRECYM
Articles de cet auteur
dimanche 3 février 2013
2013
Novo D., Grégori G., Rajwa B. (2013). Generalized unmixing model for multispectral flow cytometry utilizing non-square compensation matrices. Cytometry Part A 83A : 508-520
M. Girault, H. Arakawa, A. Barani, H. J. Ceccaldi, F. Hashihama, S. Kinouchi, G. Gregori (2013) Distribution of ultraphytoplankton in the western part of the North Pacific subtropical gyre during a strong La Niña condition : relations with the hydrological conditionsBiogeosciences Discussions 03/2013 ; 10(3):5701-5748.
Malkassian A., Mante C., Thyssen M., Nérini D., Garcia F., Grégori G. (2013) Suivi in situ et à haute (...)
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M. Girault, H. Arakawa, A. Barani, H. J. Ceccaldi, F. Hashihama, S. Kinouchi, G. Gregori (2013) Distribution of ultraphytoplankton in the western part of the North Pacific subtropical gyre during a strong La Niña condition : relations with the hydrological conditionsBiogeosciences Discussions 03/2013 ; 10(3):5701-5748.
Malkassian A., Mante C., Thyssen M., Nérini D., Garcia F., Grégori G. (2013) Suivi in situ et à haute (...)
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jeudi 31 janvier 2013
Precym involved in the European Project INCOMMET with the INSTM of Tunis (Tunisia)
PRECYM is involved in the INCOMMET project. INCOMMET is a response to the Call FP7-INCO-2011-6 but is also relevant to the EU objectives of the Environment Work Programme. The INCOMMET project, coordinated by the National Institute of Marine Sciences and Technologies (INSTM), the major public research institution in Tunisia in the field of oceanography and marine environments, and also involving the Aix-Marseille Université (AMU, France) and the Zoological Station of Naples (SZN, Italy) aims at increasing research excellence and visibility of INSTM, and fostering its participation into (...)
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jeudi 31 janvier 2013
FORMATION CYTOMETRIE EN FLUX du 28 au 30 janvier 2013 – INSTM- La Goulette (Tunisie)
Du 28 au 30 janvier 2013, la plate-forme PRECYM a organisé une formation théorique et pratique en cytométrie en flux dans le cadre du projet Européen INCOMMET piloté par l’INSTM de Tunis, avec le soutien de l’Université d’Aix-Marseille (AMU).
Les intervenants ont été :
Gérald GREGORI (Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille)
Michel DENIS (Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille)
Melilotus THYSSEN* (Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille)
Kevin RAGOT (PARTEC France)
Au programme de ces trois journées de formation :
Principes généraux de la (...)
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Les intervenants ont été :
Gérald GREGORI (Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille)
Michel DENIS (Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille)
Melilotus THYSSEN* (Institut Méditerranéen d’Océanologie, Marseille)
Kevin RAGOT (PARTEC France)
Au programme de ces trois journées de formation :
Principes généraux de la (...)
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samedi 1er décembre 2012
2012 : Formation permanente en cytométrie en flux (INSERM-CNRS)
Cette année encore la platerofme PRECYM a contribué à une action de formation permanente en cytométrie en flux, formation organisée par l’INSERM et le CNRS.
Session : INTER REGION - Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes - théorie et pratique - Marseille
Région : Provence / Alpes-Côtes d’Azur / Corse
Domaine : Techniques scientifiques
Sous-domaine : Imagerie
Action : Imagerie cellulaire
Objectifs :
Connaître les limites et avantages de la cytométrie en flux
Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Publics et (...)
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Session : INTER REGION - Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes - théorie et pratique - Marseille
Région : Provence / Alpes-Côtes d’Azur / Corse
Domaine : Techniques scientifiques
Sous-domaine : Imagerie
Action : Imagerie cellulaire
Objectifs :
Connaître les limites et avantages de la cytométrie en flux
Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Publics et (...)
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mercredi 7 novembre 2012
The VIII Irish Cytometry Society Conference
Galway, Ireland, 6-7 November, 2012
Flow cytometry continues to be one of the most important techniques available to life scientists, both in research and clinical settings. As applications rapidly expand it is essential for users to be aware of these developments, and how they can use the methods to maximize their work output.
The Irish Cytometry Society (ICyS) was set up in 2005 to provide a forum for all who work in cytometry (flow cytometry and allied technologies) in Ireland. With members involved in fields as varied as marine biology, microbiology, immunology, drug development, (...)
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Flow cytometry continues to be one of the most important techniques available to life scientists, both in research and clinical settings. As applications rapidly expand it is essential for users to be aware of these developments, and how they can use the methods to maximize their work output.
The Irish Cytometry Society (ICyS) was set up in 2005 to provide a forum for all who work in cytometry (flow cytometry and allied technologies) in Ireland. With members involved in fields as varied as marine biology, microbiology, immunology, drug development, (...)
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jeudi 27 septembre 2012
High-speed droplet break-off video
Thus video displays the jet-in-air stream that has been captured on the Epics Elite (BC) of the PUCL in 2003 by modifying the frequency of the piezzo :
http://www.youtube.com/watch ?v=fGdSqGuE45A&feature=youtu.be
http://www.youtube.com/watch ?v=fGdS...]
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http://www.youtube.com/watch ?v=fGdSqGuE45A&feature=youtu.be
http://www.youtube.com/watch ?v=fGdS...]
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vendredi 13 juillet 2012
Cytométrie en flux automatisée et in situ
Une collaboration entre le MIO de Marseille (Université Aix-Marseille, CNRS, IRD, Université du Sud Toulon-Var), le Laboratoire d’Océanographie de Villefranche sur Mer LOV (Université de Pierre et Marie Curie - CNRS), l’Observatoire Océanologique de Villefranche (Université Pierre et Marie Curie) et le Laboratoire d’Océanologie et Géosciences LOG de Wimereux (Université du Littoral) a permis d’installer le cytomètre en flux Cytosub de la plate-forme PRECYM du MIO sur la bouée EOL de L’OOV.
L’objectif est d’étudier la dynamique des assemblages phytoplanctoniques directement (...)
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L’objectif est d’étudier la dynamique des assemblages phytoplanctoniques directement (...)
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mardi 10 juillet 2012
Monitoring of phytoplankton at high frequency & at the single cell level by remote flow cytometry
This movie aims to describe the instrument set up installed on the buoy for monitoring the phytoplankton at high frequency. To watch the movie click here. Data are acquired in real time and the cytometer is remotely controled by Wireless. Data can also be directly downloaded from the Buoy on a computer in the laboratory. The system is set up to be accessible from anywhere. It takes just a computer and an Internet access.
This project is a collaborative project between MIO (Marseille), LOV and OOV (Villefranche-sur-mer), and LOG (Wimereux)
People involved :
Gérald Grégori and Michel (...)
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This project is a collaborative project between MIO (Marseille), LOV and OOV (Villefranche-sur-mer), and LOG (Wimereux)
People involved :
Gérald Grégori and Michel (...)
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vendredi 25 mai 2012
Visite de 30 élèves de troisième du collège Jean Henri Fabre de Carpentras
Le mercredi 16 mai 2012 une classe de 30 élèves de troisième du collège Jean Henri Fabre de Carpentras, accompagnée de trois de leurs professeurs, est venue visiter le MIO, et parmi les ateliers visités, il y avait la plate-forme PRECYM. Au programme de la demi-journée : accueil des élèves par Gérald Grégori, présentation du MIO dans un amphithéâtre par Catherine Walch, présentation des cours dispensés par le MIO par Delphine Bothat, discussion avec les élèves sur les métiers de la recherche, et visite des laboratoires (chimie par Catherine Guigue, hyperbare par Marc Garel et cytométrie (...)
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mardi 3 avril 2012
Workshop : Attune ® acoustic focusing cytometer (Life technologiesTM)
La plate-forme PRECYM organisera en collaboration avec la société Life Technologies un Workshop sur le cytomètre Attune® acoustic focusing cytometer du 17 au 19 avril, de 9h00 à 17h00.
Le workshop se déroulera dans les locaux de la plate-forme PRECYM, sur le campus de Luminy, dans le bâtiment TPR1, entrée F, au rez-de-chaussée.
Les personnes qui le souhaitent pourront apporter leurs propres échantillons (à condition qu’ils ne contiennent pas de cellules ou virus pathogènes !).
Ce workshop est gratuit, mais nécessite de s’inscrire auprès de :
- Clara Streiff (...)
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Le workshop se déroulera dans les locaux de la plate-forme PRECYM, sur le campus de Luminy, dans le bâtiment TPR1, entrée F, au rez-de-chaussée.
Les personnes qui le souhaitent pourront apporter leurs propres échantillons (à condition qu’ils ne contiennent pas de cellules ou virus pathogènes !).
Ce workshop est gratuit, mais nécessite de s’inscrire auprès de :
- Clara Streiff (...)
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jeudi 29 mars 2012
Cyto-EOL Project : Amazing first data !!!
The in situ autonomous flow cytometer Cytosub (Cytobuoy) from the MIO has been installed on the EOL Buoy (OOV) for several weeks and is still operating. Sampling frequency is about 12 per day. Flow cytometry data acquisition is automatically done by the flow cytometer, and a connnection by wireless makes posssible to control the instrument, set it up if necessarey, and download the data from the laboratories. Data analysis has beeen initiated and the following figure displays the first results.
In order to characterize the local hydrology, nutrients, meteorology, seawater temperature and (...)
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In order to characterize the local hydrology, nutrients, meteorology, seawater temperature and (...)
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dimanche 18 mars 2012
Charte d’Utilisation de la plate-forme PRECYM
Une charte d’utilisation a été rédigée par les membres de PRECYM en accord avec la Direction de l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO) et les autres plate-formes et plateaux techniques de cet institut. Toute personne désirant bénéficier des services de la plate-forme PRECYM doit lire, compléter et signer cette Charte d’Utilisation.
La charte peut être téléchargée en cliquant sur ce document joint :
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La charte peut être téléchargée en cliquant sur ce document joint :
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dimanche 12 février 2012
High frequency monitoring of phytoplankton thanks to a flow cytometer installed on the EOL Buoy
The preliminary phase consisting in installing the Cytosub (Cytobuoy b.v., Netherlands) of the PRECYM platform (MIO, Marseille) on the EOL buoy of the Oceanographic Observatory of Villefranche (OOV, Villefranche-sur-mer) has been successful.
In order to get a good idea of the whole system, please visit this webpage to see a short movie : http://www.youtube.com/watch ?v=01KGH_hO-K8.
Now the cytometer, coupled to a CTD (kindly provided by the Service d’Observation du MIO, for measurement of temperature, salinity, and pressure), is automatically sampling the sea water at 1m depth, (...)
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In order to get a good idea of the whole system, please visit this webpage to see a short movie : http://www.youtube.com/watch ?v=01KGH_hO-K8.
Now the cytometer, coupled to a CTD (kindly provided by the Service d’Observation du MIO, for measurement of temperature, salinity, and pressure), is automatically sampling the sea water at 1m depth, (...)
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jeudi 2 février 2012
Collaboration entre le MIO, le LOV et le LOG pour mieux appréhender la dynamique du phytoplancton par une approche in situ et à haute fréquence
Une collaboration entre le MIO de Marseille (Université Aix-Marseille, CNRS, IRD, Université du Sud Toulon-Var), le Laboratoire d’Océanographie de Villefranche sur Mer LOV (Université de Pierre et Marie Curie - CNRS), l’Observatoire Océanologique de Villefranche (Université Pierre et Marie Curie) et le Laboratoire d’Océanologie et Géosciences LOG de Wimereux (Université du Littoral) a permis d’installer le cytomètre en flux Cytosub de la plate-forme PRECYM du MIO sur la bouée EOL de L’OOV.
L’objectif est d’étudier la dynamique des assemblages phytoplanctoniques dans la Baie (...)
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L’objectif est d’étudier la dynamique des assemblages phytoplanctoniques dans la Baie (...)
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dimanche 1er janvier 2012
2012
Gregori G., Patsekin V., Rajwa B., Jones J., Ragheb K., Holdman C., Robinson J.P. (2012). Hyperspectral cytometry at the single-cell level using a 32-channel photodetector. [Cytometry Volume 81A, Issue 1, pages 35–44. Vol. 5 : 1 - 22, 2012. Journal of Oceanography, Research and Data. Vol. 5 : 1 - 22,
HAMDI I, THYSSEN M., CANIAUX G., DENIS M., 2012. Spatial distribution of ultraphytoplankton in the North East Atlantic (POMME study area) during spring 2001. Journal of Oceanography, Research and Data .
Marc Bouvy, Christine Dupuy, Marc Pagano, Aude Barani, Loic Charpy (2012) Do (...)
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HAMDI I, THYSSEN M., CANIAUX G., DENIS M., 2012. Spatial distribution of ultraphytoplankton in the North East Atlantic (POMME study area) during spring 2001. Journal of Oceanography, Research and Data .
Marc Bouvy, Christine Dupuy, Marc Pagano, Aude Barani, Loic Charpy (2012) Do (...)
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mercredi 28 décembre 2011
Modifying a regular FC500 Flow Cytometer into a hyperspectral flow cytometer
PRECYM and the Purdue University Cytometry Labs modified a FC500 flow cytometer (Beckman Coulter) with multiple lasers using the iFLEX-Viper from QIoptics. A 32-channel PMT was also installed in order to collect 32 channels of fluorescence., as described in the following article Grégori G. et al., DOI : 10.1002/cyto.a.21120. In addition a multi-angle light scatter detector was mounted instead of the regular forward scatter detector. Of course, in order to collect all the parameters the electronics of the FC500 had to be supplemented with the electronics of the Gallios flow (...)
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samedi 19 novembre 2011
Des Trichos s’il fait trop chaud !
Le Trichodesmium est une cyanobactérie qui fixe l’azote atmosphérique, permettant ainsi au plancton et donc à l’océan de jouer son rôle de "puit de carbone".
Il participe ainsi à la régulation du climat, et à la limitation de l’effet de serre. Pour en savoir plus, voici une Vidéos en ligne - Canal IRD
Afin d’étudier le devenir de l’azote atmosphérique fixé par Trichodesmium un projet de recherche est actuellement en cours, porté par Sophie Bonnet (IRD). La plate-forme PRECYM est associée à ce projet.
Réalisation : Hubert BATAILLE
Conseillers scientifiques :
Cécile DUPOUY, (...)
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Il participe ainsi à la régulation du climat, et à la limitation de l’effet de serre. Pour en savoir plus, voici une Vidéos en ligne - Canal IRD
Afin d’étudier le devenir de l’azote atmosphérique fixé par Trichodesmium un projet de recherche est actuellement en cours, porté par Sophie Bonnet (IRD). La plate-forme PRECYM est associée à ce projet.
Réalisation : Hubert BATAILLE
Conseillers scientifiques :
Cécile DUPOUY, (...)
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lundi 14 novembre 2011
5th International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level 5-8 Novembre, Carry-le-Rouet
Bien qu’invisibles, ils sont présents partout, aussi bien dans les océans, les lacs, les rivières, les glaciers, que dans le sol, dans l’air que nous respirons et l’eau que nous buvons. On les trouve également sur les animaux, sur les végétaux, voire même en symbiose avec d’autres êtres vivants comme dans le système digestif des animaux et des hommes. Qui sont-ils ? Ce sont les micro-organismes. Apparus il y a près de 3,8 milliards d’années, ils ont envahi tout l’espace et sont indispensables à toute forme de vie sur la Terre. Ce sont les principaux (...)
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lundi 31 octobre 2011
2011 : Formation permanente en Cytométrie en Flux (INSERM/CNRS)
Formation continue Inserm Paca et Corse
Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes théorie et pratique du 30 novembre au 2 décembre 2011 - Marseille
Public : Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Objectif : Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Programme :
1ère journée : théorie
Introduction
Principes généraux de la cytométrie
Fluorescences
Tri cellulaire par cytométrie en flux
Compensation
Traitement et analyse des données
Sécurité
2ème journée : pratique
Constitution de deux groupes :
Plate-forme du CIML : (...)
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Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes théorie et pratique du 30 novembre au 2 décembre 2011 - Marseille
Public : Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Objectif : Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Programme :
1ère journée : théorie
Introduction
Principes généraux de la cytométrie
Fluorescences
Tri cellulaire par cytométrie en flux
Compensation
Traitement et analyse des données
Sécurité
2ème journée : pratique
Constitution de deux groupes :
Plate-forme du CIML : (...)
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vendredi 7 octobre 2011
Projet EC2CO-PNEC "MISE" : Monitorage In Situ et à haute fréquence de la dynamique des assemblages phytoplanctoniques (MISE)
Les micro-organismes phytoplanctoniques sont les principaux producteurs de matière organique dans l’Océan. Ils jouent un rôle majeur dans le réseau trophique et les processus biologiques du cycle du carbone dans l’océan pélagique et côtier, domaine de recherche très important dans le contexte du changement global. La dynamique de ces assemblages pico- et nanophytoplanctoniques ainsi que leurs réactions aux variations de leur environnement sont encore peu documentées.
Plus la taille des organismes est petite et plus leur abondance est élevée, leur dynamique temporelle forte, (...)
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Plus la taille des organismes est petite et plus leur abondance est élevée, leur dynamique temporelle forte, (...)
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samedi 1er octobre 2011
Cytomètre Cytosense (Cytobuoy b.v.)
Description from the Manufacturer Cytobuoy b.v. (The Netherlands) :
Cytosense scanning flow cytometer
20 mW blue-green (488 nm) high quality laser module (other wavelengths or power available, flat light distribution for high flow rates
Volumetric, valveless, auto-ranging sample dosing system
Ultrawide (1x1mm ) flow cuvette with 2-stage hydrodynamic sheath fluid injection system, speed controlled, external & recirculating mode
3 detectors : one (1) forward scatter (photodiode) and two (2) photomultiplier tubes (PMT) for side scatter and/or fluorescence (selectable) ;
Scanning data (...)
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Cytosense scanning flow cytometer
20 mW blue-green (488 nm) high quality laser module (other wavelengths or power available, flat light distribution for high flow rates
Volumetric, valveless, auto-ranging sample dosing system
Ultrawide (1x1mm ) flow cuvette with 2-stage hydrodynamic sheath fluid injection system, speed controlled, external & recirculating mode
3 detectors : one (1) forward scatter (photodiode) and two (2) photomultiplier tubes (PMT) for side scatter and/or fluorescence (selectable) ;
Scanning data (...)
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lundi 19 septembre 2011
La lettre de l’Université de la Méditerranée, N° 160, juin 2011
Lien internet : http://www.univmed.fr/sites/univmed.fr/files/lettre159.pdf
Dans le cadre du Concours National "Faites de la Science 2011" qui regroupait quelques 92 projets, le Lycée de ma Méditerranée de la Ciotat a remporté le 1er prix de l’académie (parmi les 12 projets sélectionnés en finale). Leur travail "relation environnement - biodiversité : 2 sites océaniques contrastés visités par TARA" a été encadré au cours de l’année par des chercheurs du COM (Delphine Botha, Dominique Lefèvre, Gérald Grégori) et de l’IGS (Pascal Hingamp). La prochaine étape consiste pour ces lycéens de (...)
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Dans le cadre du Concours National "Faites de la Science 2011" qui regroupait quelques 92 projets, le Lycée de ma Méditerranée de la Ciotat a remporté le 1er prix de l’académie (parmi les 12 projets sélectionnés en finale). Leur travail "relation environnement - biodiversité : 2 sites océaniques contrastés visités par TARA" a été encadré au cours de l’année par des chercheurs du COM (Delphine Botha, Dominique Lefèvre, Gérald Grégori) et de l’IGS (Pascal Hingamp). La prochaine étape consiste pour ces lycéens de (...)
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dimanche 18 septembre 2011
CYTOSPEC (TM)
The following program is called Cytospec(TM) and is a general purpose flow cytometry analysis program developed at Purdue Univeristy in Paul ROBINSON’s group.
First you need the EXE file (download now) second you need the following DLL file in the same directory (download now). Please make sure that both files are in the same directory.
Tutorial : Brief instructions for running Cytospec are here (download now) and will be updated one of these (...)
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First you need the EXE file (download now) second you need the following DLL file in the same directory (download now). Please make sure that both files are in the same directory.
Tutorial : Brief instructions for running Cytospec are here (download now) and will be updated one of these (...)
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vendredi 9 septembre 2011
Hyperspectral cytometry
PRECYM et Purdue University collaborent pour développer une nouvelle génération de cytomètres capables de mieux analyser le spectre de fluorescence émis par les cellules. Très prochainement sera publié dans le journal Cytometry Part A un article présentant un dispositif qui permet de collecter 32 canaux de fluorescences :
Gregori, G., Patsekina, V., Rajwa, B., Jones, J., Ragheb, K., Holdman, C., Robinson, J.P., (2012) Hyperspectral cytometry at the single-cell level using a 32-channel photodetector. Cytometry 81A : 35-44.
Ce dispositif hyperspectral permet d’appréhender le spectre (...)
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Gregori, G., Patsekina, V., Rajwa, B., Jones, J., Ragheb, K., Holdman, C., Robinson, J.P., (2012) Hyperspectral cytometry at the single-cell level using a 32-channel photodetector. Cytometry 81A : 35-44.
Ce dispositif hyperspectral permet d’appréhender le spectre (...)
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jeudi 9 juin 2011
Démonstration du microscope numérique KEYENCE VHX-1000
Mardi 9 juin 2011, une démonstration du microscope numérique KEYENCE VHX-1000 a été organisée cet après-midi par la plate-forme PRECYM. Julien CHEVOLLEAU, Expert Solutions Microscopie Numérique et Responsable Division Microscopie Sud et Est France chez KEYENCE a analysé les échantillons apportés par une douzaine de chercheurs du COM.
Ce microscope possède une profondeur de champ supérieure à la norme pour un système optique et une mise au point numérique avancée. Ces deux points permettent d’obtenir une technologie optique sophistiquée, une technologie numérique de pointe et une (...)
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Ce microscope possède une profondeur de champ supérieure à la norme pour un système optique et une mise au point numérique avancée. Ces deux points permettent d’obtenir une technologie optique sophistiquée, une technologie numérique de pointe et une (...)
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mardi 31 mai 2011
Concours National Faites de Science 2011 : Le Lycée de la Méditerranée de la Ciotat remporte le 1er prix de l’Académie
Dans le cadre du Concours National "Faites de la Science 2011" qui regroupait quelques 92 projets, le Lycée de la Méditerranée de la Ciotat a remporté aujourd’hui le 1er prix de l’académie (parmi les 12 projets sélectionnés en finale).
Leur projet "Relation environnement - biodiversité : 2 sites océaniques contrastés visités par TARA" a été encadré au cours de l’année par des chercheurs du Centre d’Océanologie de Marseille (COM) (Delphine Botha, Dominique Lefèvre, Gérald Grégori) et du Laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) (Pascal Hingamp).
La prochaine étape (...)
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Leur projet "Relation environnement - biodiversité : 2 sites océaniques contrastés visités par TARA" a été encadré au cours de l’année par des chercheurs du Centre d’Océanologie de Marseille (COM) (Delphine Botha, Dominique Lefèvre, Gérald Grégori) et du Laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) (Pascal Hingamp).
La prochaine étape (...)
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lundi 30 mai 2011
La Lettre de l’Université de la Méditerranée, N° 159, mai 2011
samedi 16 avril 2011
5th International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level
Dear colleagues, Registration for the 5th International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level ( http://singlecell.sciencesconf.org/), November 5th to 8th 2011 in Carry-le-Rouet, in Provence, is now open. I remember you that the Conference is organised on behalf of the "Microbial Physiology" Section of the European Federation of Biotechnology, with the support of the CNRS and the Université de la Méditerranée.
This Conference will focus on the analysis of microorganisms by combining various techniques at the single cell level such as flow cytometry analysis and (...)
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This Conference will focus on the analysis of microorganisms by combining various techniques at the single cell level such as flow cytometry analysis and (...)
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samedi 16 avril 2011
Rencontres LAGUN’R
Présentation des Rencontres Lagun’R (extrait du site internet du GIPREB)
Depuis sa création, le Gipreb finance et participe à de nombreuses études scientifiques sur l’étang de Berre. Il a produit et accumulé une grande quantité de données sur l’écosystème de l’étang et sur son fonctionnement en co-financant des bourses de thèses avec le Conseil régional, en lançant des études à la demande de son Conseil d’administration et en réalisant un suivi continu du milieu grâce à ses chargés de mission. Cependant, les connaissances acquises sur ce milieu dépassent le cadre de cet organisme. Siège (...)
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Depuis sa création, le Gipreb finance et participe à de nombreuses études scientifiques sur l’étang de Berre. Il a produit et accumulé une grande quantité de données sur l’écosystème de l’étang et sur son fonctionnement en co-financant des bourses de thèses avec le Conseil régional, en lançant des études à la demande de son Conseil d’administration et en réalisant un suivi continu du milieu grâce à ses chargés de mission. Cependant, les connaissances acquises sur ce milieu dépassent le cadre de cet organisme. Siège (...)
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samedi 29 janvier 2011
BD Influx User Meeting, Heidelberg, Germany
PRECYM has been invited to the BD Biosciences Influx User Meeting, in Heidelberg, Germany, January 26-27. G. Gregori has presented a lecture about some applications of the INFLUX in marine microbiology.
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mardi 18 janvier 2011
2011
Malkassian A., Nerini D., van Dijk M.A., Thyssen M., Mante C., and Grégori G. (2011). Functional Analysis and Classification of Phytoplankton Based on Data from an Automated Flow Cytometer. Cytometry part A, 79A : 263-275.
Trigui H., Masmoudi S., Brochier-Armanet C., Barani A., Grégori G., Denis M., Dukan S., Maalej S. (2011) Characterization of heterotrophic prokaryote subgroups in the Sfax coastal solar salterns by combining flow cytometry cell sorting and phylogenetic analysis. Extremophiles, (...)
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Trigui H., Masmoudi S., Brochier-Armanet C., Barani A., Grégori G., Denis M., Dukan S., Maalej S. (2011) Characterization of heterotrophic prokaryote subgroups in the Sfax coastal solar salterns by combining flow cytometry cell sorting and phylogenetic analysis. Extremophiles, (...)
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dimanche 5 décembre 2010
R programs for phytoplankton clustering
Functional Analysis and Classification of Phytoplankton Based on Data from an Automated Flow Cytometer.
Anthony MALKASSIAN, David NERINI, Mark A. van DIJK, Melilotus THYSSEN, Claude MANTE, and Gerald GREGORI.
Flow cytometry is a useful tool to analyse phytoplankton communities in the ocean. By measuring the light scatter, diffraction and fluorescence property on each particle, this provides a fingerprint which enables groups to be separated. A new flow cytometer called Cytosub has been developed for autonomous in situ sampling, allowing us to follow phytoplankton dynamics at short (...)
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Anthony MALKASSIAN, David NERINI, Mark A. van DIJK, Melilotus THYSSEN, Claude MANTE, and Gerald GREGORI.
Flow cytometry is a useful tool to analyse phytoplankton communities in the ocean. By measuring the light scatter, diffraction and fluorescence property on each particle, this provides a fingerprint which enables groups to be separated. A new flow cytometer called Cytosub has been developed for autonomous in situ sampling, allowing us to follow phytoplankton dynamics at short (...)
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jeudi 21 octobre 2010
XIVe congrès de l’AFC à Marseille du 27 au 29 octobre 2010
Le XIVe congrès de l’AFC se déroulera à Marseille du 27 au 29 octobre 2010. Il présentera les dernières avancées technologiques dans le domaine de la cytométrie en flux et de l’imagerie, ainsi que les applications qu’elles offrent à la pratique hospitalière et à la recherche fondamentale, dans des disciplines aussi variées que l’immunologie, l’hématologie, la cancérologie, la génétique, la microbiologie, la biologie cellulaire, l’océanographie, les sciences du végétal ou agro-alimentaire.
Ce congrès sera l’occasion d’y découvrir des travaux récents sous forme de posters ou de (...)
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Ce congrès sera l’occasion d’y découvrir des travaux récents sous forme de posters ou de (...)
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dimanche 3 octobre 2010
Projet Graines d’Explorateurs
PRECYM est impliquée dans le projet Graines d’Explorateurs mis en place par l’équipe ACCES de l’INRP. Ce projet est destiné aux élèves de collège et de lycées et à leurs professeurs. Il a pour but d’accompagner des classes à concevoir et mettre en œuvre, une expédition scientifique sur la biodiversité.
Ce projet sera mené en interdisciplinarité et en partenariat entre des élèves et enseignants du Lycée Méditerranée de la Ciotat et des chercheurs des laboratoires du COM (PRECYM, LMGEM et LOPB) et de l’IGS (Information Génomique et Structurale CNRS UPR 2589).
Le projet propose (...)
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Ce projet sera mené en interdisciplinarité et en partenariat entre des élèves et enseignants du Lycée Méditerranée de la Ciotat et des chercheurs des laboratoires du COM (PRECYM, LMGEM et LOPB) et de l’IGS (Information Génomique et Structurale CNRS UPR 2589).
Le projet propose (...)
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samedi 2 octobre 2010
How to modify the sample flow rate on your FACS Calibur (BD)
If you wish to modify the sample flow rate of your FACS Calibur, you can do it yourself. Here is the sequence :
Remove the right side panel of the instrument (just need to remove a screw at the back),
You should see something like this picture :
Now, what you need is a little screw-driver to turn (by very small steps only !) the little screws on the "Sample press reg" board (see picture below) :
When you turn the little screw R5, you modify the Low flow rate,
When you turn the little screw R7, you modify the Medium flow rate,
When you turn the little screw R6, you modify the High (...)
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Remove the right side panel of the instrument (just need to remove a screw at the back),
You should see something like this picture :
Now, what you need is a little screw-driver to turn (by very small steps only !) the little screws on the "Sample press reg" board (see picture below) :
When you turn the little screw R5, you modify the Low flow rate,
When you turn the little screw R7, you modify the Medium flow rate,
When you turn the little screw R6, you modify the High (...)
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jeudi 30 septembre 2010
Small Is Beautiful !
The figure below presents a cytogram of 50 nm (0.05 µm !) fluorospheres. This analysis has been performed on the PRECYM’s Influx mariner. The resolution of the beads has been performed on side scatter and fluorescence because there was no signal recorded on the forward scatter detector. With so small particles, and a blue excitation (488 nm) the wavelength of the photons is much larger than the particle diameter : then the light scatter follows the Rayleigh Theory, not the Mie anymore (photons are scattered in side directions more than in the forward (...)
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jeudi 30 septembre 2010
Seawater analysis with the Influx mariner (BD)
Even though the Influx mariner (BD) is a jet in air flow cytometer, its conception makes it very sensitive. For instance, it can analyze phytoplankton with a very good resolution as illustrated by this Figure. The seawater has been collected in the North-Western Meditterranean Sea (nearby the Frioul Island, off the Marseille city ; depth : 15m). The sample is fixed with Glutaraldehyde (more suited than formaldehyde for phytoplankton as there is no trace of methanol in the commercial (...)
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dimanche 20 juin 2010
PRECYM a participé à la Journée Biotechno 2010, mardi 22 juin à Marseille
Pour la 7ème fois à Marseille, l’association Hippo’thèse a organisé la Journée BIOTechno 2010 le mardi 22 Juin au GLM Joseph Aiguier, de 09h à 18h !
Tous les doctorants et jeunes chercheurs ont été conviés à cette journée, validant un module de l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé.
Cette année encore la journée a abordé des thèmes vous concernant directement : l’insertion professionnelle des docteurs, la vie dans le public / privé, les différents métiers de la RetD, la valorisation de vos compétences.. .
Des ateliers correction de CV et simulation d’entretien, animés (...)
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Tous les doctorants et jeunes chercheurs ont été conviés à cette journée, validant un module de l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé.
Cette année encore la journée a abordé des thèmes vous concernant directement : l’insertion professionnelle des docteurs, la vie dans le public / privé, les différents métiers de la RetD, la valorisation de vos compétences.. .
Des ateliers correction de CV et simulation d’entretien, animés (...)
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mardi 15 juin 2010
Visite du LMGEM et de PRECYM par des élèves du Collège JH Fabre de Carpentras
Le vendredi 11 juin, trente élèves de 3ème du COllège JH Fabre de Carpentras, accompagnés par trois de leurs professeurs, sont venu visiter le laboratoire LMGEM ainsi que la Plate-forme PRECYM. Ils ont été accueillis sur le site de Luminy par David, Cathy, Valérie et Gérald. Après leur avoir présenté en Amphi les parcours scolaires susceptibles de les amener aux métiers de la Recherche, et leur avoir présenté les cours dispensés par le Personnel enseignant du COM, les élèves on pu visiter les différents laboratoires et apercevoir les instruments utilisés en chimie, microbiologie, (...)
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lundi 14 juin 2010
Exposition "Le laser à tout faire"
La plate-forme PRECYM a été sollicitée pour contribuer à l’exposition "Le laser à tout faire" qui sera exposée au Musée des arts et métiers à Paris du 8 juin au 28 novembre. Pour plus de détail, je vous invite à cliquer ici
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mercredi 14 avril 2010
2010
Masmoudi, S., Denis, M., Maalej, S. (2010) Inactivation of the gene katA or sodA affects the transient entry into the viable but non-culturable response of Staphylococcus aureus in natural seawater at low temperature. Mar. Pollut. Bull. (in press), doi:10.1016/j.marpolbul.2010.08.017
Van dijk, M.,Grégori, G.,Hoogveld, H.,Rijkeboer, M.,Denis, M.,Malkassian, M.,Gons, H. (2010) Optimizing the setup of a flow cytometric cell sorter for efficient quantitative sorting of long filamentous cyanobacteria. Cytometry 77A, Issue 10:905–995
Grégori, G.,Denis, M.,Duhamel, S.,Van wambeke, F. (...)
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Van dijk, M.,Grégori, G.,Hoogveld, H.,Rijkeboer, M.,Denis, M.,Malkassian, M.,Gons, H. (2010) Optimizing the setup of a flow cytometric cell sorter for efficient quantitative sorting of long filamentous cyanobacteria. Cytometry 77A, Issue 10:905–995
Grégori, G.,Denis, M.,Duhamel, S.,Van wambeke, F. (...)
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mercredi 24 mars 2010
Single-cell microbe physiology assessed by flow cytometry
This lecture has been presented at the BD Biosciences Environmental Biology Workshop which took place at Barcelona (Spain), at the Institut de Sciences del Mar (Co-organized by Pep Gasol) in March 2010.
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mercredi 24 mars 2010
La cytométrie en flux dans les Sciences du végétal
Ce diaporama a été réalisé dans le cadre du Module 4 du DIU de cytométrie en recherche et en clinique organisé conjointement par l’Ecole pratique des hautes études, l’Université Joseph Fourier de Grenoble et l’Université de Reims Champagne-Ardenne avec la collaboration du Centre de recherches du Service de santé des Armées (CRSSA-Emile Pardé). Cette formation est parrainée par l’Association française de cytométrie (AFC).
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dimanche 21 mars 2010
The 13th International Symposium on Microbial Ecology (ISME13)
The 13th International Symposium on Microbial Ecology (ISME13) will take place in Seattle, USA on August 22-27, 2010
MARCH 26, 2010 : Abstract submission deadline.
Building on the success of ISME12, the 13th International Society for Microbial Ecology Conference will be in Seattle, WA, USA from August 22 - 27, 2010. As is ISME tradition, we have a vibrant scientific program planned with plenary presenters ; Rita Colwell, J. William Costerton, Penny Chisholm, Jeffrey Gordon, Ove Hoegh-Guldberg, Bo Barker Jorgensen, Ian Sanders, Christa Schleper, and Warwick Vincent. The venue, Washington (...)
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MARCH 26, 2010 : Abstract submission deadline.
Building on the success of ISME12, the 13th International Society for Microbial Ecology Conference will be in Seattle, WA, USA from August 22 - 27, 2010. As is ISME tradition, we have a vibrant scientific program planned with plenary presenters ; Rita Colwell, J. William Costerton, Penny Chisholm, Jeffrey Gordon, Ove Hoegh-Guldberg, Bo Barker Jorgensen, Ian Sanders, Christa Schleper, and Warwick Vincent. The venue, Washington (...)
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samedi 13 mars 2010
Séminaires dispensés par PRECYM
Séminaire à l’IBDM (Marseille, 2009). Introduction to flow cytometry and cell sorting : from principle to applications (G. Grégori).
Conférence à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Lyon, 17 novembre 2009). principe et possibilités de la cytométrie en flux pour le tri de particules (G. Grégori).
Conférence Atelier Haute Fréquence du RNSM (22-23 octobre 2009, Wimereux). Nouvelle méthode de monitoring in situ du phytoplancton : Analyse automatisée, à haute fréquence et à l’échelle individuelle des cellules. (G. Grégori)
Conférence invitée au SBVME (CEA Cadarache, 18 mai (...)
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Conférence à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Lyon, 17 novembre 2009). principe et possibilités de la cytométrie en flux pour le tri de particules (G. Grégori).
Conférence Atelier Haute Fréquence du RNSM (22-23 octobre 2009, Wimereux). Nouvelle méthode de monitoring in situ du phytoplancton : Analyse automatisée, à haute fréquence et à l’échelle individuelle des cellules. (G. Grégori)
Conférence invitée au SBVME (CEA Cadarache, 18 mai (...)
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samedi 30 janvier 2010
BD Biosciences Aquatic Microbial Flow Cytometry Workshop (March 16-17, Barcelona, Spain)
The BD Biosciences Aquatic Microbial Flow Cytometry Workshop will take place on Tuesday March 16-17, 2010 at the Institut de Ciènces del Mar – CMIMA, CSIC in Barcelona, Spain.
BD Biosciences scientists together with leading Oceanographers and Fresh Water Ecologists will share their knowledge and expertise of Flow Cytometry and will demonstrate how Analytical Cytometry can be applied in Environmental Biology. We will also introduce you to the BD Influx™ Mariner and test its capabilities by analyzing samples that have been brought by our guests. There will be ample time to (...)
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BD Biosciences scientists together with leading Oceanographers and Fresh Water Ecologists will share their knowledge and expertise of Flow Cytometry and will demonstrate how Analytical Cytometry can be applied in Environmental Biology. We will also introduce you to the BD Influx™ Mariner and test its capabilities by analyzing samples that have been brought by our guests. There will be ample time to (...)
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samedi 23 janvier 2010
Projet innovant : « Les sciences autrement » avec le Lycée Méditerranée de la Ciotat (13)
Mme De Rozario (Professeur de SVT), Mme Lambert (Professeur de Mathématiques) et Mr Chapelet (Professeur en Sciences Physiques) ont sollicité le Centre d’Océanologie de Marseille pour contribuer à un projet pédagogique avec des élèves de Seconde du Lycée Méditerranée de la Ciotat.
Les objectifs généraux de ce projet sont multiples :
Répondre à la désaffection des sciences chez les jeunes,
Etablir l’équilibre filles / garçons dans le choix de l’orientation scientifique,
Renforcer la cohésion des équipes scientifiques au sein de l’établissement,
Eveiller l’envie (...)
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Les objectifs généraux de ce projet sont multiples :
Répondre à la désaffection des sciences chez les jeunes,
Etablir l’équilibre filles / garçons dans le choix de l’orientation scientifique,
Renforcer la cohésion des équipes scientifiques au sein de l’établissement,
Eveiller l’envie (...)
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mercredi 16 décembre 2009
INFLUX mariner (3 lasers)
L’INFLUX Mariner de la plate-forme PRECYM est un cytomètre analyseur-trieur équipé de :
3 lasers (351, 488 et 561 nm)
7 détecteurs de fluorescences
Un module de polarisation
Un module de détection des petties particules
Un tube photomultiplicateur (PMT) sensible dans le proche Infra-rouge.
Un module de tri 4 voies
Lors d’essais préliminaires, des billes de 360 nm de diamètre (0,36 µm) ont été analysées avec l’INFLUX de la plate-forme. Les données sont présentées sous la forme de cytogrammes (...)
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3 lasers (351, 488 et 561 nm)
7 détecteurs de fluorescences
Un module de polarisation
Un module de détection des petties particules
Un tube photomultiplicateur (PMT) sensible dans le proche Infra-rouge.
Un module de tri 4 voies
Lors d’essais préliminaires, des billes de 360 nm de diamètre (0,36 µm) ont été analysées avec l’INFLUX de la plate-forme. Les données sont présentées sous la forme de cytogrammes (...)
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mercredi 16 décembre 2009
FACS calibur (4 couleurs)
Le FACSCalibur qui équipe la plate-forme PRECYM est un cytomètre en flux de paillasse (analyseur) équipé de :
2 sources lumineuses (488 et 633 nm)
4 détecteurs de fluorescences
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2 sources lumineuses (488 et 633 nm)
4 détecteurs de fluorescences
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mercredi 9 décembre 2009
Formaldehyde, formalin, paraformaldehyde and glutaraldehyde : What they are and what they do. (from J. Kiernan’s home page)
Go back to John Kiernan’s home page.
Copyright (c) 2000 by Today Enterprises. Article published in Microscopy Today 00-1 pp. 8-12 (2000). Reproduced with permission.
Formaldehyde, formalin, paraformaldehyde and glutaraldehyde : What they are and what they do.
John A. Kiernan,
Department of Anatomy & Cell Biology, The University of Western Ontario, LONDON, Canada N6A 5C1
Aldehydes are the most commonly used fixatives. They serve to stabilize the fine structural details of cells and tissues prior to examination by light or electron microscopy. Research workers, technicians, (...)
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Copyright (c) 2000 by Today Enterprises. Article published in Microscopy Today 00-1 pp. 8-12 (2000). Reproduced with permission.
Formaldehyde, formalin, paraformaldehyde and glutaraldehyde : What they are and what they do.
John A. Kiernan,
Department of Anatomy & Cell Biology, The University of Western Ontario, LONDON, Canada N6A 5C1
Aldehydes are the most commonly used fixatives. They serve to stabilize the fine structural details of cells and tissues prior to examination by light or electron microscopy. Research workers, technicians, (...)
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mercredi 9 décembre 2009
Un petit utilitaire bien pratique pour calculer les poids moléculaires de vos produits chimiques et préparer vos solutions
Utilities for chemical calculations. These include three programs that calculate data about entered chemical formulae. For example, if you enter : MW NaHCO3 the formula and molecular weight of sodium bicarbonate will appear on the screen as NaHCO3 84.00687. This result can be sent to a comma-delimited database file if desired.
With the solutions utility you could type SOLUTION H2NCONH2 6.5M and obtain the concentration of 6.5M urea in various units, including 39.04 grams per 100 ml. You can also use SOLUTION to obtain molarity from grams per litre or percent w/v.
For a (...)
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With the solutions utility you could type SOLUTION H2NCONH2 6.5M and obtain the concentration of 6.5M urea in various units, including 39.04 grams per 100 ml. You can also use SOLUTION to obtain molarity from grams per litre or percent w/v.
For a (...)
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mercredi 9 décembre 2009
Quelques mots sur la fixation – congélation des échantillons detinés à être analysés par cytométrie en flux.
Auteurs : G. Grégori, R. Sussarellu & K. Tarnowska
a) Les fixateurs
Il est souvent difficile de réaliser les analyses par cytométrie en flux directement après le prélèvement des échantillons. Un cytomètre n’est pas systématiquement disponible et libre au laboratoire. Lors d’une campagne océanographique, cela nécessite d’embarquer un cytomètre en flux à bord d’un navire, ce qui n’est pas toujours possible pour des raisons évidentes de logistique, de risque et de coût. Afin de conserver les cellules en l’état jusqu’au moment de l’analyse, il (...)
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a) Les fixateurs
Il est souvent difficile de réaliser les analyses par cytométrie en flux directement après le prélèvement des échantillons. Un cytomètre n’est pas systématiquement disponible et libre au laboratoire. Lors d’une campagne océanographique, cela nécessite d’embarquer un cytomètre en flux à bord d’un navire, ce qui n’est pas toujours possible pour des raisons évidentes de logistique, de risque et de coût. Afin de conserver les cellules en l’état jusqu’au moment de l’analyse, il (...)
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dimanche 8 novembre 2009
XXV Congress of ISAC - May 8-12 2010 Seattle (USA)
http://www.cytoconference.org/pages...
About CYTO 2010
ISAC is committed to being a leading organization in supporting the engagement of scientific and clinical communities in their exploration of new areas for cytometry in efforts to advance knowledge and improve human health.
The XXV Congress will see the launch in a re-vitalized format for the 2010 and future congresses. The flexible format will allow fresh offerings for delegates, exhibitors and sponsors as we move to yearly meetings and seek links with partnering organizations.
Congresses will now have a new banner name - CYTO (...)
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About CYTO 2010
ISAC is committed to being a leading organization in supporting the engagement of scientific and clinical communities in their exploration of new areas for cytometry in efforts to advance knowledge and improve human health.
The XXV Congress will see the launch in a re-vitalized format for the 2010 and future congresses. The flexible format will allow fresh offerings for delegates, exhibitors and sponsors as we move to yearly meetings and seek links with partnering organizations.
Congresses will now have a new banner name - CYTO (...)
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samedi 7 novembre 2009
Première Rencontre Méditerranéenne de Cytométrie et les Troisièmes Journées Nationales de Cytométrie en Flux (JNCF 2010)
11-13 février 2010
Faculté Pharmacie, Hôtel El-Habib Monastir
Monastir (Tunisie)
L’Unité de Cytométrie en Flux de Monastir, la Société Tunisienne de Microbiologie (STM) et le Laboratoire des Maladies Transmissibles et Substances Biologiquement Actives (LR99-ES27) organisent la Première Rencontre Méditerranéenne de Cytométrie et les Troisièmes Journées Nationales de Cytométrie en Flux (JNCF 2010).
Ces deux manifestations auront lieu les 11, 12 et 13 Février 2010 à la Faculté de Pharmacie à Monastir...
Organisé par :
La Société Tunisienne de Microbiologie (STM)
L’Unité de (...)
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Faculté Pharmacie, Hôtel El-Habib Monastir
Monastir (Tunisie)
L’Unité de Cytométrie en Flux de Monastir, la Société Tunisienne de Microbiologie (STM) et le Laboratoire des Maladies Transmissibles et Substances Biologiquement Actives (LR99-ES27) organisent la Première Rencontre Méditerranéenne de Cytométrie et les Troisièmes Journées Nationales de Cytométrie en Flux (JNCF 2010).
Ces deux manifestations auront lieu les 11, 12 et 13 Février 2010 à la Faculté de Pharmacie à Monastir...
Organisé par :
La Société Tunisienne de Microbiologie (STM)
L’Unité de (...)
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samedi 7 novembre 2009
Analysez vos données de cytométrie en flux sous R grâce au package "Bioconductor" (analyse your flow cytometry data using R and the "Bioconductor" package)
R est un système d’analyses statistiques créé par Ross Ihaka et Robert Gentleman (Ihaka and Gentleman, 1996). Il est distribué librement sous les termes de la GNU (General Public Licence). Le développement et la distribution sont assurés par plusieurs statisticiens réunis au sein du Development Core Team (http://ww.r-project.org).
Bioconductor est un projet pour le développement et la diffusion d’outils d’analyses statistiques et graphiques en langage R (modules ou packages) . Ces outils sont destinés aux données issues d’expériences de Biologie et en particulier aux données (...)
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Bioconductor est un projet pour le développement et la diffusion d’outils d’analyses statistiques et graphiques en langage R (modules ou packages) . Ces outils sont destinés aux données issues d’expériences de Biologie et en particulier aux données (...)
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vendredi 30 octobre 2009
Caractéristiques des principaux trieurs actuellement disponibles sur le marché
A partir des plaquettes distribuées par les fabricants, et des données issues des sites Internet des sociétés, nous avons synthétisé ce petit tableau récapitulatif de quelques caractéristiques des principaux trieurs actuellement disponibles sur le marché (cliquez sur l’image pour l’agrandir).
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vendredi 16 octobre 2009
PRECYM (Chinese)
欢迎光临由马赛海洋中心（Oceanologic Center of Marseille )主办的区域性流式细胞仪平台（Regional Flow Cytometry Platform， PRECYM）！ PRECYM建成于2005年，由隶属于马赛地中海大学、马赛科研中心(CNRS)和研究与发展研究所(IRD)的六
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mercredi 14 octobre 2009
How to count picoalgae and bacteria with the FACScalibur flow cytometer
Document from Pep Gasol
This manual contains instructions for the routine use of the FACScalibur for counting bacterial and picoalgal concentrations in natural samples. Part of the instructions (like turning on and off or cleaning the machine) will be useful to users of the machine for other applications. However, any user that intends to develop new methods or approximations or that will work with unusual samples will have to manage her/himself on his/her own. I recommend that in such a case, the cytometer manual, and a good cytometry book (like Shapiro’s “Practical Flow (...)
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This manual contains instructions for the routine use of the FACScalibur for counting bacterial and picoalgal concentrations in natural samples. Part of the instructions (like turning on and off or cleaning the machine) will be useful to users of the machine for other applications. However, any user that intends to develop new methods or approximations or that will work with unusual samples will have to manage her/himself on his/her own. I recommend that in such a case, the cytometer manual, and a good cytometry book (like Shapiro’s “Practical Flow (...)
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mercredi 7 octobre 2009
AFCA Meeting organized by the CIML
Thursday, November 5th : Symposium
CIML, amphitheatre
9h-Openning
Introduction : Marie Malissen & Daniel Olive
9h-10h30 : Session 1, Chairman Herve LUCHE
9h00-9h15 : Marc DALOD, CIML Marseille, France Use of multiparameter flow cytometry for single cell profiling of innate cytokine production in vivo during a viral infection
9h15-9h30 : Françoise GONDOIS-REY, CRCM Marseille, France Multicolor flow cytometry analysis of innate responses following interaction with herpes, flu and HCV
9h30-9h45 : Nathalie AUPHAN-ANNEZIN, CIML Marseille, France Design of long-lived effector (...)
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CIML, amphitheatre
9h-Openning
Introduction : Marie Malissen & Daniel Olive
9h-10h30 : Session 1, Chairman Herve LUCHE
9h00-9h15 : Marc DALOD, CIML Marseille, France Use of multiparameter flow cytometry for single cell profiling of innate cytokine production in vivo during a viral infection
9h15-9h30 : Françoise GONDOIS-REY, CRCM Marseille, France Multicolor flow cytometry analysis of innate responses following interaction with herpes, flu and HCV
9h30-9h45 : Nathalie AUPHAN-ANNEZIN, CIML Marseille, France Design of long-lived effector (...)
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jeudi 24 septembre 2009
Cytométrie en flux et Sécurité
La sécurité est un point important en matière de cytométrie en flux car les instruments utilisés allient fluidique (donc eau), électronique et électricité. Il faut donc être vigilant aux risques d’électrocution et ne pas hésiter à couper l’alimentation en cas de problème (fuite d’eau, odeur de brulé, etc.). A cela s’ajoutent les lasers qui peuvent constituer un risque potentiel de brulure pour la peau et pour la rétine en cas d’exposition directe. Attention en particulier aux lasers UV car les UV sont à la fois invisibles et très énergétiques, donc agressifs. En général les instruments (...)
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dimanche 6 septembre 2009
Simulateurs de cytomètres
Si vous souhaitez savoir comment fonctionne l’électronique d’un cytomètre en flux, et ainsi mieux appréhender comment certaines manipulations vont affecter les données, voici deux petits programmes de simulation que vous pouvez télécharger et utiliser à votre guise (et oui, ils sont gratuits !).
Le premier, "Flow Cytometer Simulator", développé par Bruce Bagwell est disponible chez Verity Software House
This application provides a simulation of a working flow cytometer. It was developed to illustrate issues with color compensation, but also provides insight into many other attributes of (...)
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Le premier, "Flow Cytometer Simulator", développé par Bruce Bagwell est disponible chez Verity Software House
This application provides a simulation of a working flow cytometer. It was developed to illustrate issues with color compensation, but also provides insight into many other attributes of (...)
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vendredi 31 juillet 2009
2008
Duhamel S., Grégori G., Mauriac R., Van wambeke F., Nedoma J. (2008) A method for analysing phosphatase activity in aquatic bacteria at the single cell level using flow cytometry. J Microbiol Methods 75, 269–278.
Fernández I. C., Thyssen M., Denis M. (2008) Microbial community structure along 18°W (39°N – 44.5°N) in the NE Atlantic in late summer 2001 (POMME programme). J. Mar. Syst. 71 : 46-62.
Karayanni H., Christaki U., Van Wambeke F., Thyssen M., Denis M.(2008). Heterotrophic nanoflagellate and ciliate bacterivorous activity and growth in oceanic waters : a seasonal (...)
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Fernández I. C., Thyssen M., Denis M. (2008) Microbial community structure along 18°W (39°N – 44.5°N) in the NE Atlantic in late summer 2001 (POMME programme). J. Mar. Syst. 71 : 46-62.
Karayanni H., Christaki U., Van Wambeke F., Thyssen M., Denis M.(2008). Heterotrophic nanoflagellate and ciliate bacterivorous activity and growth in oceanic waters : a seasonal (...)
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vendredi 31 juillet 2009
2007
Robinson, J.P., Rajwa, B., Grégori, G., Patsekine, V., (2007) Multi-spectral detector and analysis system. US Patent n° 7280204 B.
Snider, C., Lee, S., Yeo, Y., Grégori, G., Robinson, J.P., Park, K., (2007) Microenvironmentcontrolled encapsulation (MiCE) process : effect of PLGA concentration, flow rate and collection method on microcapsule size and morphology. Pharmaceutical Res 25(1) : 5-15.
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Snider, C., Lee, S., Yeo, Y., Grégori, G., Robinson, J.P., Park, K., (2007) Microenvironmentcontrolled encapsulation (MiCE) process : effect of PLGA concentration, flow rate and collection method on microcapsule size and morphology. Pharmaceutical Res 25(1) : 5-15.
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vendredi 31 juillet 2009
2006
Bernas T, Grégori G, Asem EK, and Robinson JP (2006). Integrating cytomics and proteomics. Molecular and cellular proteomics 5 : 2-13.
Blatchley E., Shen, Naunovic Z., Lin L.S., Lyn D.A., Robinson J. P., Ragheb K., Grégori G., Bergstrom D., Fang S., Jennings K., Gunaratna N. (2006). Photochemical reactor characterization by Lagrangian actinometer. Journal of Environmental Engineering, ASCE. 132(11) : 1390-1403.
Gognat G., Thyssen M., Denis M., Pulqarin C. and Dukan S. (2006) The bactericidal effect of TiO2 photocatalysis involves adsorption onto catalyst and the loss of membrane (...)
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Blatchley E., Shen, Naunovic Z., Lin L.S., Lyn D.A., Robinson J. P., Ragheb K., Grégori G., Bergstrom D., Fang S., Jennings K., Gunaratna N. (2006). Photochemical reactor characterization by Lagrangian actinometer. Journal of Environmental Engineering, ASCE. 132(11) : 1390-1403.
Gognat G., Thyssen M., Denis M., Pulqarin C. and Dukan S. (2006) The bactericidal effect of TiO2 photocatalysis involves adsorption onto catalyst and the loss of membrane (...)
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samedi 11 juillet 2009
Why is flow cytometry so popular among microbiologists ?
Flow cytometry principle
During the last decade, flow cytometry has become a very powerful technique and impacted a wide range of fields from basic cell biology to genetics, immunology, molecular biology, microbiology and environmental science. The principle of flow cytometry can be easily understood from its definition : measurement of the optical properties of cells (cyto-) flowing at the very centre of a liquid sheath as they are individually intercepted by a light source focused at a very small volume. Particles (i.e. cells) are interrogated in a very short time (2 to 10 μs) (...)
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During the last decade, flow cytometry has become a very powerful technique and impacted a wide range of fields from basic cell biology to genetics, immunology, molecular biology, microbiology and environmental science. The principle of flow cytometry can be easily understood from its definition : measurement of the optical properties of cells (cyto-) flowing at the very centre of a liquid sheath as they are individually intercepted by a light source focused at a very small volume. Particles (i.e. cells) are interrogated in a very short time (2 to 10 μs) (...)
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lundi 4 mai 2009
Démonstration du Cytomètre en flux ACCURI C6 Mercredi 27 mai
La plate-forme PRECYM vous propose de venir découvrir le cytomètre en flux C6 d’Accuri équippé de 2 lasers – 4 couleurs.
Ce cytomètre compact fonctionne sans réglage....et pour un prix très attractif !
Vous pourrez tester vos propres échantillons. Si vous ne pouvez pas vous déplacer, vous pouvez solliciter une démonstration chez vous en contactant Jérome Darakdjian (tél : +33 (0)6 315 374 49, E-mail : jdarakdjian@accuricytometers.com.
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Ce cytomètre compact fonctionne sans réglage....et pour un prix très attractif !
Vous pourrez tester vos propres échantillons. Si vous ne pouvez pas vous déplacer, vous pouvez solliciter une démonstration chez vous en contactant Jérome Darakdjian (tél : +33 (0)6 315 374 49, E-mail : jdarakdjian@accuricytometers.com.
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lundi 27 avril 2009
2009 : Formation permanente en Cytométrie en Flux (INSERM/CNRS)
Formation continue Inserm Paca et Corse
Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes théorie et pratique du 3 au 5 juin 2009 - Marseille
Public : Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Objectif : Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Programme :
1ère journée : théorie
Introduction
Principes généraux de la cytométrie
Fluorescences
Tri cellulaire par cytométrie en flux
Compensation
Traitement et analyse des données
Sécurité
2ème journée : pratique
Constitution de deux groupes :
Plate-forme du CIML : Illustration des (...)
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Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes théorie et pratique du 3 au 5 juin 2009 - Marseille
Public : Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Objectif : Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Programme :
1ère journée : théorie
Introduction
Principes généraux de la cytométrie
Fluorescences
Tri cellulaire par cytométrie en flux
Compensation
Traitement et analyse des données
Sécurité
2ème journée : pratique
Constitution de deux groupes :
Plate-forme du CIML : Illustration des (...)
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vendredi 24 avril 2009
1980
Fulwyler MJ (1980) Flow cytometry and cell sorting. Blood Cells 6:173-184
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=6155162
Flow cytometry has become an important research tool in cytology, genetics, immunology, and microbiology. The information gained from cytometric instruments is quantitative and of high statistical precision, enabling resolution of cell subpopulations. Although increasing, application to cytology is hindered by inadequate appreciation of the nature of flow cytometry and the information obtained. (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=6155162
Flow cytometry has become an important research tool in cytology, genetics, immunology, and microbiology. The information gained from cytometric instruments is quantitative and of high statistical precision, enabling resolution of cell subpopulations. Although increasing, application to cytology is hindered by inadequate appreciation of the nature of flow cytometry and the information obtained. (...)
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vendredi 24 avril 2009
1982
Bezrukova AG, Vladimirskaia IK (1982) Information value of light scattering parameters in cell study (a review of the literature). Tsitologiia 24:507-521
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=7048674
Different methods of light scattering measurements for cell suspension and cells in flow are reviewed. The intensity of light scattered at different angles suggests information about the cell size, the nucleus to cell diameter ratio, the thickness of surface membrane, the changes in the internal cell structure state, (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=7048674
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vendredi 24 avril 2009
1983
Boye E, Steen HB, Skarstad K (1983) Flow cytometry of bacteria : a promising tool in experimental and clinical microbiology. J Gen Microbiol 129:973-980
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=6350534
The DNA and protein content of individual Escherichia coli cells were measured at a rate of 10(4) cells per second with a sensitive microscope-based flow cytometer. DNA and protein were quantified by measuring the fluorescence from cells stained with a combination of the DNA-binding drugs Mithramycin and ethidium bromide (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=6350534
The DNA and protein content of individual Escherichia coli cells were measured at a rate of 10(4) cells per second with a sensitive microscope-based flow cytometer. DNA and protein were quantified by measuring the fluorescence from cells stained with a combination of the DNA-binding drugs Mithramycin and ethidium bromide (...)
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vendredi 24 avril 2009
1984
Barnett JM, Cuchens MA, Buchanan W (1984) Automated immunofluorescent speciation of oral bacteria using flow cytometry. J Dent Res 63:1040-1042
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=6205030
Mixtures containing two bacterial species were analyzed using flow cytometric techniques. Light scattering characteristics of Streptococcus mutans and Actinomyces viscosus show unique profiles for pure cultures. However, the light scatter analysis of a mixture containing these two species demonstrates overlapping near the origin. (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=6205030
Mixtures containing two bacterial species were analyzed using flow cytometric techniques. Light scattering characteristics of Streptococcus mutans and Actinomyces viscosus show unique profiles for pure cultures. However, the light scatter analysis of a mixture containing these two species demonstrates overlapping near the origin. (...)
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vendredi 24 avril 2009
1985
Mansour JD, Robson JA, Arndt CW, Schulte TH (1985) Detection of Escherichia coli in blood using flow cytometry. Cytometry 6:186-190
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3888555
A rapid method for the detection of Escherichia coli in blood has been developed. The method employs blood cell lysis, staining of bacteria with ethidium bromide, and detection of stained bacteria using flow cytometry. The detection protocol requires less than 2 h sample handling time and is not dependent on bacterial growth. This method has (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3888555
A rapid method for the detection of Escherichia coli in blood has been developed. The method employs blood cell lysis, staining of bacteria with ethidium bromide, and detection of stained bacteria using flow cytometry. The detection protocol requires less than 2 h sample handling time and is not dependent on bacterial growth. This method has (...)
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vendredi 24 avril 2009
1986
Donnelly CW, Baigent GJ (1986) Method for flow cytometric detection of Listeria monocytogenes in milk. Appl Environ Microbiol 52:689-695
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3096202
This report describes a method for the detection of Listeria monocytogenes in raw milk by flow cytometric analysis of fluorescently labeled bacterial populations. The use of immunofluorescence in combination with measures of DNA content by propidium iodide labeling and size by light scattering enabled specific identification of L. (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3096202
This report describes a method for the detection of Listeria monocytogenes in raw milk by flow cytometric analysis of fluorescently labeled bacterial populations. The use of immunofluorescence in combination with measures of DNA content by propidium iodide labeling and size by light scattering enabled specific identification of L. (...)
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vendredi 24 avril 2009
1987
Christersson CE, Fornalik MS, Baier RE, Glantz PO (1987) In vitro attachment of oral microorganisms to solid surfaces : evaluation of a controlled flow method. Scand J Dent Res 95:151-158
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3470908
A flow cell method was modified to provide shear-controlled experimental conditions for monitoring initial attachment and detachment of oral microorganisms to solid surfaces. Whole unstimulated human saliva was collected and circulated at a flow rate of 1 ml/min, through a cell composed (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3470908
A flow cell method was modified to provide shear-controlled experimental conditions for monitoring initial attachment and detachment of oral microorganisms to solid surfaces. Whole unstimulated human saliva was collected and circulated at a flow rate of 1 ml/min, through a cell composed (...)
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vendredi 24 avril 2009
1988
Alderete JF (1988) Alternating phenotypic expression of two classes of Trichomonas vaginalis surface markers. Rev Infect Dis 10 Suppl 2:S408-412
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3055209
The antigenic heterogeneity of Trichomonas vaginalis is due in part to the membrane disposition of immunogens (repertoire A) among some but not all isolates and among subpopulations of trichomonads of certain isolates. Heterogeneous T. vaginalis isolates undergo phenotypic variation for the A repertoire of immunogens. The (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3055209
The antigenic heterogeneity of Trichomonas vaginalis is due in part to the membrane disposition of immunogens (repertoire A) among some but not all isolates and among subpopulations of trichomonads of certain isolates. Heterogeneous T. vaginalis isolates undergo phenotypic variation for the A repertoire of immunogens. The (...)
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vendredi 24 avril 2009
1989
Bernander R, Merryweather A, Nordstrom K (1989) Overinitiation of replication of the Escherichia coli chromosome from an integrated runaway-replication derivative of plasmid R1. J Bacteriol 171:674-683
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=2644232
A 16-base-pair fragment, deletion of which completely inactivated oriC, was replaced by a temperature-dependent runaway-replication derivative (the copy number of which increases with temperature) of the IncFII plasmid R1. The constructed strains were temperature (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=2644232
A 16-base-pair fragment, deletion of which completely inactivated oriC, was replaced by a temperature-dependent runaway-replication derivative (the copy number of which increases with temperature) of the IncFII plasmid R1. The constructed strains were temperature (...)
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vendredi 24 avril 2009
1990
Bernander R, Nordstrom K (1990) Chromosome replication does not trigger cell division in E. coli. Cell 60:365-374
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=2406019
An essential part of the chromosome replication origin of E. coli K-12 and B/r was replaced by the plasmid pOU71. The average initiation mass of replication for pOU71 decreases with increasing temperature. The constructed strains were grown exponentially at different temperatures, and cell sizes and DNA content were measured by flow cytometry. The average DNA (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=2406019
An essential part of the chromosome replication origin of E. coli K-12 and B/r was replaced by the plasmid pOU71. The average initiation mass of replication for pOU71 decreases with increasing temperature. The constructed strains were grown exponentially at different temperatures, and cell sizes and DNA content were measured by flow cytometry. The average DNA (...)
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vendredi 24 avril 2009
1991
An GH, Bielich J, Auerbach R, Johnson EA (1991) Isolation and characterization of carotenoid hyperproducing mutants of yeast by flow cytometry and cell sorting. Biotechnology (N Y) 9:70-73
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=1367215
The carotenoid pigment astaxanthin (3,3’-dihydroxy-beta,beta-carotene-4,4’-dione) is an important component in feeds of aquacultural animals. It is produced as a secondary metabolite by the yeast Phaffia rhodozyma, and the isolation of rare mutants that produce increased quantities is (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=1367215
The carotenoid pigment astaxanthin (3,3’-dihydroxy-beta,beta-carotene-4,4’-dione) is an important component in feeds of aquacultural animals. It is produced as a secondary metabolite by the yeast Phaffia rhodozyma, and the isolation of rare mutants that produce increased quantities is (...)
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vendredi 24 avril 2009
1992
Aran JM, Plagemann PG (1992) Nucleoside transport-deficient mutants of PK-15 pig kidney cell line. Biochim Biophys Acta 1110:51-58
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=1390836
Previous studies indicated that PK-15 pig kidney cells express solely a nitrobenzylthioinosine-sensitive, equilibrative nucleoside transporter. In the present study, PK-15 cells were mutagenized by treatment with ICR-170 and nucleoside transport-deficient mutants selected in a single step in growth medium containing tubercidin and cytosine (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=1390836
Previous studies indicated that PK-15 pig kidney cells express solely a nitrobenzylthioinosine-sensitive, equilibrative nucleoside transporter. In the present study, PK-15 cells were mutagenized by treatment with ICR-170 and nucleoside transport-deficient mutants selected in a single step in growth medium containing tubercidin and cytosine (...)
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vendredi 24 avril 2009
1993
Accotto GP, Mullineaux PM, Brown SC, Marie D (1993) Digitaria streak geminivirus replicative forms are abundant in S-phase nuclei of infected cells. Virology 195:257-259
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=8317101
We have analyzed the replication of Digitaria streak geminivirus (DSV) using flow cytometry. Nuclei from infected plants were sorted on the basis of their DNA content in the different phases of the cell cycle and viral DNA forms in them were analyzed. DSV replicative forms were much more abundant (up to (...)
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We have analyzed the replication of Digitaria streak geminivirus (DSV) using flow cytometry. Nuclei from infected plants were sorted on the basis of their DNA content in the different phases of the cell cycle and viral DNA forms in them were analyzed. DSV replicative forms were much more abundant (up to (...)
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vendredi 24 avril 2009
1994
Alvarado-Aleman FJ, Gonzalez-Bonilla C, Wong-Arambula C, Gutierrez-Cogco L, Sepulveda-Amor J, Kumate-Rodriguez J (1994) [Identification of Vibrio cholerae O1 by flow cytometry]. Rev Latinoam Microbiol 36:283-293
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=7701139
A total of 72 peptonated water samples suspected of carrying Vibrio cholerae were assessed by laser flow cytometry (LFC) and compared with positive culture. We used a direct fluorescence technique using polyclonal (PolAb) and monoclonal antibodies (MoAb) (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=7701139
A total of 72 peptonated water samples suspected of carrying Vibrio cholerae were assessed by laser flow cytometry (LFC) and compared with positive culture. We used a direct fluorescence technique using polyclonal (PolAb) and monoclonal antibodies (MoAb) (...)
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vendredi 24 avril 2009
1995
Akerlund T, Nordstrom K, Bernander R (1995) Analysis of cell size and DNA content in exponentially growing and stationary-phase batch cultures of Escherichia coli. J Bacteriol 177:6791-6797
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=7592469
Escherichia coli strains were grown in batch cultures in different media, and cell size and DNA content were analyzed by flow cytometry. Steady-state growth required large dilutions and incubation for many generations at low cell concentrations. In rich media, both cell size and DNA (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=7592469
Escherichia coli strains were grown in batch cultures in different media, and cell size and DNA content were analyzed by flow cytometry. Steady-state growth required large dilutions and incubation for many generations at low cell concentrations. In rich media, both cell size and DNA (...)
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vendredi 24 avril 2009
1996
Akerlund K, Bjork L, Fehniger T, Pohl G, Andersson J, Andersson U (1996) Sendai virus-induced IFN-alpha production analysed by immunocytochemistry and computerized image analysis. Scand J Immunol 44:345-353
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=8845027
IFN-alpha production in Sendai virus-stimulated human buffy coat cultures could readily be demonstrated in individual cells at a protein level by the use of a novel immuno-enzymatic staining procedure. A distinctive rounded, juxtanuclear staining pattern was generated (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=8845027
IFN-alpha production in Sendai virus-stimulated human buffy coat cultures could readily be demonstrated in individual cells at a protein level by the use of a novel immuno-enzymatic staining procedure. A distinctive rounded, juxtanuclear staining pattern was generated (...)
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vendredi 24 avril 2009
1997
Alfa MJ, DeGagne P (1997) Attachment of Haemophilus ducreyi to human foreskin fibroblasts involves LOS and fibronectin. Microb Pathog 22:39-46
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=9032761
Haemophilus ducreyi is the causative agent of the genital ulcer disease Chancroid. Chancroid has been shown to increase the risk of heterosexual transmission of HIV. Little is known regarding the attachment or localization of this organism to human cells in either the dermal or epidermal layer. In this study the attachment of H. (...)
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Haemophilus ducreyi is the causative agent of the genital ulcer disease Chancroid. Chancroid has been shown to increase the risk of heterosexual transmission of HIV. Little is known regarding the attachment or localization of this organism to human cells in either the dermal or epidermal layer. In this study the attachment of H. (...)
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vendredi 24 avril 2009
1998
Abad FX, Pinto RM, Bosch A (1998) Flow cytometry detection of infectious rotaviruses in environmental and clinical samples. Appl Environ Microbiol 64:2392-2396
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=9647805
A method for the detection of infectious human rotaviruses based on infection of CaCo-2 cells and detection of infected cells by indirect immunofluorescence and flow cytometry (IIF-FC) has been developed. The technique was validated by performing a seminested reverse transcription-PCR assay with sorted cell (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=9647805
A method for the detection of infectious human rotaviruses based on infection of CaCo-2 cells and detection of infected cells by indirect immunofluorescence and flow cytometry (IIF-FC) has been developed. The technique was validated by performing a seminested reverse transcription-PCR assay with sorted cell (...)
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vendredi 24 avril 2009
1999
al-Majali AM, Asem EK, Lamar C, Robinson JP, Freeman J, Saeed AM (1999) Insulin modulates intestinal response of suckling mice to the Escherichia coli heat-stable enterotoxin. Adv Exp Med Biol 473:113-123
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=10659348
Effect of insulin on the response of suckling mice to the enterotoxigenic Escherichia coli heat-stable enterotoxin (STa) was studied. Four groups (8-10 in each group) of two day old Swiss Webster suckling mice were used. Five, 10, 25, and 50 micrograms of insulin were (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=10659348
Effect of insulin on the response of suckling mice to the enterotoxigenic Escherichia coli heat-stable enterotoxin (STa) was studied. Four groups (8-10 in each group) of two day old Swiss Webster suckling mice were used. Five, 10, 25, and 50 micrograms of insulin were (...)
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vendredi 24 avril 2009
2000
Albanyan EA, Vallejo JG, Smith CW, Edwards MS (2000) Nonopsonic binding of type III Group B Streptococci to human neutrophils induces interleukin-8 release mediated by the p38 mitogen-activated protein kinase pathway. Infect Immun 68:2053-2060
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=10722601
Nonopsonic interaction of host immune cells with pathogens is an important first line of defense. We hypothesized that nonopsonic recognition between type III group B streptococcus and human neutrophils would occur and that the (...)
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Nonopsonic interaction of host immune cells with pathogens is an important first line of defense. We hypothesized that nonopsonic recognition between type III group B streptococcus and human neutrophils would occur and that the (...)
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vendredi 24 avril 2009
2001
(2001) Flow cytometry in the marine environment. Proceedings from the 20th ISAC Congress. Montpellier, France, 20-25 May 2000. Cytometry 44:163-271
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11429765
Adachi H, Saito I, Horiuchi M, Ishii J, Nagata Y, Mizuno F, Nakamura H, Yagyu H, Takahashi K, Matsuoka T (2001) Infection of human lung fibroblasts with Epstein-Barr virus causes increased IL-1beta and bFGF production. Exp Lung Res 27:157-171 (...)
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vendredi 24 avril 2009
2002
Amadori M, Tagliabue S, Lauzi S, Finazzi G, Lombardi G, Telo P, Pacciarini L, Bonizzi L (2002) Diagnosis of Mycobacterium bovis infection in calves sensitized by mycobacteria of the avium/intracellulare group. J Vet Med B Infect Dis Vet Public Health 49:89-96
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=12002425
Because of the frequent exposure of cattle to mycobacteria of the avium/intracellulare group, an investigation was carried out into the possible repercussions thereof on the diagnosis of bovine tuberculosis. Three (...)
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Because of the frequent exposure of cattle to mycobacteria of the avium/intracellulare group, an investigation was carried out into the possible repercussions thereof on the diagnosis of bovine tuberculosis. Three (...)
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vendredi 24 avril 2009
2003
Abd H, Johansson T, Golovliov I, Sandstrom G, Forsman M (2003) Survival and growth of Francisella tularensis in Acanthamoeba castellanii. Appl Environ Microbiol 69:600-606
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=12514047
Francisella tularensis is a highly infectious, facultative intracellular bacterium which causes epidemics of tularemia in both humans and mammals at regular intervals. The natural reservoir of the bacterium is largely unknown, although it has been speculated that protozoa may harbor it. To test this (...)
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Francisella tularensis is a highly infectious, facultative intracellular bacterium which causes epidemics of tularemia in both humans and mammals at regular intervals. The natural reservoir of the bacterium is largely unknown, although it has been speculated that protozoa may harbor it. To test this (...)
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vendredi 24 avril 2009
2004
Achilles J, Muller S, Bley T, Babel W (2004) Affinity of single S. cerevisiae cells to 2-NBDglucose under changing substrate concentrations. Cytometry A 61:88-98
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=15351993
BACKGROUND : Saccharomyces cerevisiae is a widely employed microorganism in biotechnological processes. Since proliferation and product formation depend on the capacity of the cell to access and metabolize a carbon source, a technique was developed to enable for analyzing the S. cerevisiae H155 cells’ affinity (...)
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BACKGROUND : Saccharomyces cerevisiae is a widely employed microorganism in biotechnological processes. Since proliferation and product formation depend on the capacity of the cell to access and metabolize a carbon source, a technique was developed to enable for analyzing the S. cerevisiae H155 cells’ affinity (...)
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vendredi 24 avril 2009
2005
Aertsen A, Van Houdt R, Michiels CW (2005) Construction and use of an stx1 transcriptional fusion to gfp. FEMS Microbiol Lett 245:73-77
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=15796982
Shiga toxins (Stxs), also termed Vero toxins, are cytotoxic ribosome inactivating proteins that are produced by a number of gastrointestinal pathogens and that contribute to the severity of the associated diseases. In this work, we constructed and validated a transcriptional fusion of the stx1AB promoter to the gfp reporter gene. The (...)
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Shiga toxins (Stxs), also termed Vero toxins, are cytotoxic ribosome inactivating proteins that are produced by a number of gastrointestinal pathogens and that contribute to the severity of the associated diseases. In this work, we constructed and validated a transcriptional fusion of the stx1AB promoter to the gfp reporter gene. The (...)
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vendredi 24 avril 2009
2006
Achilles J, Harms H, Muller S (2006) Analysis of living S. cerevisiae cell states—a three color approach. Cytometry A 69:173-177
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=16496420
BACKGROUND : Biosyntheses often fluctuate with the state of the cell in the cell cycle and on the capacity of the cell to access and metabolize a carbon source. Visualization of substrate uptake by individual cells, together with the simultaneous analysis of proliferation activity and the proportion of dead cells, facilitate reliable and (...)
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BACKGROUND : Biosyntheses often fluctuate with the state of the cell in the cell cycle and on the capacity of the cell to access and metabolize a carbon source. Visualization of substrate uptake by individual cells, together with the simultaneous analysis of proliferation activity and the proportion of dead cells, facilitate reliable and (...)
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vendredi 24 avril 2009
2007
Achilles J, Stahl F, Harms H, Muller S (2007) Isolation of intact RNA from cytometrically sorted Saccharomyces cerevisiae for the analysis of intrapopulation diversity of gene expression. Nat Protoc 2:2203-2211
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=17853877
Characterizing and understanding the functional heterogeneity in a given population on the cellular and molecular level is a great challenge in microbiology. Each microorganism contributes differently to the overall performance of the community and responds (...)
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Characterizing and understanding the functional heterogeneity in a given population on the cellular and molecular level is a great challenge in microbiology. Each microorganism contributes differently to the overall performance of the community and responds (...)
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vendredi 24 avril 2009
2008
Abboudi M, Surget SM, Rontani JF, Sempere R, Joux F (2008) Physiological alteration of the marine bacterium Vibrio angustum S14 exposed to simulated sunlight during growth. Curr Microbiol 57:412-417
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=18769855
Growth experiments on the marine bacterium Vibrio angustum S14 were conducted under four light conditions using a solar simulator : visible light (V), V + ultraviolet A (UV-A), V + UV-A + UV-B radiation, and dark. Growth was inhibited mainly by UV-B and slightly by UV-A. UV-B (...)
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Growth experiments on the marine bacterium Vibrio angustum S14 were conducted under four light conditions using a solar simulator : visible light (V), V + ultraviolet A (UV-A), V + UV-A + UV-B radiation, and dark. Growth was inhibited mainly by UV-B and slightly by UV-A. UV-B (...)
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vendredi 24 avril 2009
2009
Auguet JC, Montanie H, Hartmann HJ, Lebaron P, Casamayor EO, Catala P, Delmas D (2009) Potential effect of freshwater virus on the structure and activity of bacterial communities in the Marennes-Oleron Bay (France). Microb Ecol 57:295-306
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=18690405
Batch culture experiments using viral enrichment were conducted to test the response of a coastal bacterial community to autochthonous (i.e., co-existing) or allochthonous riverine viruses. The effects of viral infections on bacterial (...)
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Batch culture experiments using viral enrichment were conducted to test the response of a coastal bacterial community to autochthonous (i.e., co-existing) or allochthonous riverine viruses. The effects of viral infections on bacterial (...)
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mardi 21 avril 2009
1983
Yentsch CM, Horan PK, Muirhead K, Dortch Q, Haugen E, Legendre L, Murphy LS, Perry MJ, Phinney DA, Pomponi SA, Spinrad RW, Wood M, Yentsch CS, Zahuranec BJ (1983) Flow-Cytometry and Cell Sorting - a Technique for Analysis and Sorting of Aquatic Particles. Limnology and Oceanography 28:1275-1280
http://www.aslo.org/lo/toc/vol_28/issue_6/1275.pdf
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mardi 21 avril 2009
1985
Olson RJ, Vaulot D, Chisholm SW (1985) Marine-Phytoplankton Distributions Measured Using Shipboard Flow-Cytometry. Deep-Sea Research Part a-Oceanographic Research Papers 32:1273-1280
://A1985C833900009
Wood AM, Horan PK, Muirhead K, Phinney DA, Yentsch CM, Waterbury JB (1985) Discrimination between Types of Pigments in Marine Synechococcus Spp by Scanning Spectroscopy, Epifluorescence Microscopy, and Flow-Cytometry. Limnology and Oceanography 30:1303-1315 (...)
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://A1985C833900009
Wood AM, Horan PK, Muirhead K, Phinney DA, Yentsch CM, Waterbury JB (1985) Discrimination between Types of Pigments in Marine Synechococcus Spp by Scanning Spectroscopy, Epifluorescence Microscopy, and Flow-Cytometry. Limnology and Oceanography 30:1303-1315 (...)
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mardi 21 avril 2009
1986
Olson RJ, Vaulot D, Chisholm SW (1986) Effects of Environmental Stresses on the Cell Cycle of Two Marine Phytoplankton Species. Plant Physiol 80:918-925
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=16664742
Cell cycle phase durations of cultures of Hymenomonas carterae Braarud and Fagerl, a coccolithophore, and Thalassiosira weissflogii Grun., a centric diatom, in temperature-, light- or nitrogen-limited balanced growth were determined using flow cytometry. Suboptimal temperature caused increases in the duration of all phases of the cell (...)
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Cell cycle phase durations of cultures of Hymenomonas carterae Braarud and Fagerl, a coccolithophore, and Thalassiosira weissflogii Grun., a centric diatom, in temperature-, light- or nitrogen-limited balanced growth were determined using flow cytometry. Suboptimal temperature caused increases in the duration of all phases of the cell (...)
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mardi 21 avril 2009
1988
Button DK, Robertson BR (1988) Direct Analysis of Unculturable Marine Minibacteria by Flow-Cytometry. Faseb Journal 2:A1772-A1772
://A1988M598501022
Vicker MG, Becker J, Gebauer G, Schill W, Rensing L (1988) Circadian rhythms of cell cycle processes in the marine dinoflagellate Gonyaulax polyedra. Chronobiol Int 5:5-17
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3370716
The circadian expression of several growth properties was examined in the dinoflagellate Gonyaulax polyedra under constant light and light-dark (...)
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://A1988M598501022
Vicker MG, Becker J, Gebauer G, Schill W, Rensing L (1988) Circadian rhythms of cell cycle processes in the marine dinoflagellate Gonyaulax polyedra. Chronobiol Int 5:5-17
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=3370716
The circadian expression of several growth properties was examined in the dinoflagellate Gonyaulax polyedra under constant light and light-dark (...)
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mardi 21 avril 2009
1989
(1989) Cytometry in aquatic sciences. Dedicated to Reuben Lasker (1930-1988). Cytometry 10:497-669
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=2673689
Armbrust EV, Bowen JD, Olson RJ, Chisholm SW (1989) Effect of Light on the Cell Cycle of a Marine Synechococcus Strain. Appl Environ Microbiol 55:425-432
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=16347850
Light-dependent regulation of cell cycle progression in the marine cyanobacterium Synechococcus (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=2673689
Armbrust EV, Bowen JD, Olson RJ, Chisholm SW (1989) Effect of Light on the Cell Cycle of a Marine Synechococcus Strain. Appl Environ Microbiol 55:425-432
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=16347850
Light-dependent regulation of cell cycle progression in the marine cyanobacterium Synechococcus (...)
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mardi 21 avril 2009
1990
Armbrust EV, Chisholm SW (1990) Role of Light and the Cell-Cycle on the Induction of Spermatogenesis in a Centric Diatom. Journal of Phycology 26:470-478
://A1990EU78500010
The centric diatom, Thalassiosira weissflogii Grun., can be induced to undergo spermatogenesis by exposing cells maintained at saturating levels of continuous light to either dim light or darkness. Using flow cytometry to determine the relative DNA and chlorophyll content per cell, the number of cells within a population that responded to an induction signal was measured. From 0 to over 90% of a population (...)
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://A1990EU78500010
The centric diatom, Thalassiosira weissflogii Grun., can be induced to undergo spermatogenesis by exposing cells maintained at saturating levels of continuous light to either dim light or darkness. Using flow cytometry to determine the relative DNA and chlorophyll content per cell, the number of cells within a population that responded to an induction signal was measured. From 0 to over 90% of a population (...)
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mardi 21 avril 2009
1991
Boto WM, Brown L, Chrest J, Adler WH (1991) Distinct modulatory effects of bryostatin 1 and staurosporine on the biosynthesis and expression of the HIV receptor protein (CD4) by T cells. Cell Regul 2:95-103
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=1863603
A family of structurally related macrocyclic lactones, bryostatins, have recently been shown to display several intriguing pharmacologic properties. Bryostatins are biosynthetic products of bryozoa phyllum of marine animals. To extend the analyses of the biological (...)
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A family of structurally related macrocyclic lactones, bryostatins, have recently been shown to display several intriguing pharmacologic properties. Bryostatins are biosynthetic products of bryozoa phyllum of marine animals. To extend the analyses of the biological (...)
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mardi 21 avril 2009
1992
Andreoli C, Scarabel L, Spini S, Grassi C (1992) The Picoplankton in Antarctic Lakes of Northern Victoria-Land during Summer 1989-1990. Polar Biology 11:575-582
://A1992HN49900008
Photoautotrophic picoplankton is reported from some lakes located near the Italian Antarctic station of Terra Nova. Observations, carried out by both flow cytometry on water samples and electron microscopy on micro-organisms in cultures from each lake, have confirmed the occurrence in all the environments studied of this fraction accounting, in several cases, for more than the 50% of the phytoplankton, (...)
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://A1992HN49900008
Photoautotrophic picoplankton is reported from some lakes located near the Italian Antarctic station of Terra Nova. Observations, carried out by both flow cytometry on water samples and electron microscopy on micro-organisms in cultures from each lake, have confirmed the occurrence in all the environments studied of this fraction accounting, in several cases, for more than the 50% of the phytoplankton, (...)
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mardi 21 avril 2009
1993
Andreoli C, Scarabel LR, Tolomio C (1993) The Distribution of Photoautotrophic Picoplancton in the Terra-Nova (Ross Sea, Antarctica) during Austral Summer 1989-1990. Archiv Fur Hydrobiologie:123-132
://A1993LA58500009
In this paper results obtained from a study carried out during the austral summer 1989-90 on photoautotrophic picoplankton in the Antarctic Ross Sea are reported. The observations with the flow cytometry on water samples collected at different depth and at several stations have revealed the presence of the picoplankton. The registred quantities have been generally low (...)
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://A1993LA58500009
In this paper results obtained from a study carried out during the austral summer 1989-90 on photoautotrophic picoplankton in the Antarctic Ross Sea are reported. The observations with the flow cytometry on water samples collected at different depth and at several stations have revealed the presence of the picoplankton. The registred quantities have been generally low (...)
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mardi 21 avril 2009
1994
Berreur-Bonnenfant J, Ammar M, Dubreuil A, Kiefer H, Diogene G, Metezeau P, Puiseux-Dao S (1994) Modulation of fibroblast response to maitotoxin along the cell division cycle. Cell Biol Toxicol 10:423-427
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=7697506
Maitotoxin (MTX) induces an increase of [Ca2+]i and of phosphoinositide breakdown in various cell types. The [Ca2+]i increase followed with fluorescent probes on cell suspensions has been described as slow and lasting, in contrast to the "signal" induced by calcium (...)
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Maitotoxin (MTX) induces an increase of [Ca2+]i and of phosphoinositide breakdown in various cell types. The [Ca2+]i increase followed with fluorescent probes on cell suspensions has been described as slow and lasting, in contrast to the "signal" induced by calcium (...)
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mardi 21 avril 2009
1995
Buma AGJ, Vanhannen EJ, Roza L, Veldhuis MJW, Gieskes WWC (1995) Monitoring Ultraviolet-B-Induced DNA-Damage in Individual Diatom Cells by Immunofluorescent Thymine Dimer Detection. Journal of Phycology 31:314-321
://A1995QW01100018
We developed a method to investigate the effect of ultraviolet-B radiation (UVBR) on the formation of thymine dimers in microalgal DIVA that can be used for both laboratory and in situ research. Antibody labeling of dimers was followed by a secondary antibody (fluorescein isothiocyanate) staining to allow visualization of DNA damage with flow cytometry (...)
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://A1995QW01100018
We developed a method to investigate the effect of ultraviolet-B radiation (UVBR) on the formation of thymine dimers in microalgal DIVA that can be used for both laboratory and in situ research. Antibody labeling of dimers was followed by a secondary antibody (fluorescein isothiocyanate) staining to allow visualization of DNA damage with flow cytometry (...)
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mardi 21 avril 2009
1996
Binder BJ, Chisholm SW, Olson RJ, Frankel SL, Worden AZ (1996) Dynamics of picophytoplankton, ultraphytoplankton and bacteria in the central equatorial Pacific. Deep-Sea Research Part Ii-Topical Studies in Oceanography 43:907-931
://A1996VR82300010
Pico- and ultraplankton are known to contribute significantly to overall biomass and primary productivity in the ’’high nutrient-low chlorophyll’’ waters of the equatorial Pacific. In order to understand the dynamics of this community on ecologically relevant time-scales, we examined the abundance, distribution and cellular (...)
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://A1996VR82300010
Pico- and ultraplankton are known to contribute significantly to overall biomass and primary productivity in the ’’high nutrient-low chlorophyll’’ waters of the equatorial Pacific. In order to understand the dynamics of this community on ecologically relevant time-scales, we examined the abundance, distribution and cellular (...)
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mardi 21 avril 2009
1997
Barcina I, Lebaron P, VivesRego J (1997) Survival of allochthonous bacteria in aquatic systems : A biological approach. Fems Microbiology Ecology 23:1-9
://A1997XF35400001
The survival of allochthonous bacteria in aquatic systems is affected by biotic and abiotic environmental factors. Grazing by protozoa is one of the main biological processes that control allochthonous bacterial density. Its extent depends on the concentration of bacteria and the digestion capacity of the grazer. The physiological state of bacteria is affected by multiple physicochemical stresses, to which they (...)
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://A1997XF35400001
The survival of allochthonous bacteria in aquatic systems is affected by biotic and abiotic environmental factors. Grazing by protozoa is one of the main biological processes that control allochthonous bacterial density. Its extent depends on the concentration of bacteria and the digestion capacity of the grazer. The physiological state of bacteria is affected by multiple physicochemical stresses, to which they (...)
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mardi 21 avril 2009
1998
Abe F (1998) Hydrostatic pressure enhances vital staining with carboxyfluorescein or carboxydichlorofluorescein in Saccharomyces cerevisiae : efficient detection of labeled yeasts by flow cytometry. Appl Environ Microbiol 64:1139-1142
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=9501452
The extent of intracellular accumulation of the fluorescent dye carboxyfluorescein or carboxydichlorofluorescein (CDCF) in Saccharomyces cerevisiae was found to be increased 5- to 10-fold under a nonlethal hydrostatic pressure of 30 to 50 (...)
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The extent of intracellular accumulation of the fluorescent dye carboxyfluorescein or carboxydichlorofluorescein (CDCF) in Saccharomyces cerevisiae was found to be increased 5- to 10-fold under a nonlethal hydrostatic pressure of 30 to 50 (...)
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mardi 21 avril 2009
1999
Bamdad M, Brousseau P, Denizeau F (1999) Identification of a multidrug resistance-like system in Tetrahymena pyriformis : evidence for a new detoxication mechanism in freshwater ciliates. FEBS Lett 456:389-393
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=10462050
The freshwater ciliate Tetrahymena pyriformis is an ubiquitous organism that is present in all aquatic ecosystems. This protozoan showed a clear resistance against some polycyclic aromatic hydrocarbons which can be attributed to an efflux pump probably of the (...)
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The freshwater ciliate Tetrahymena pyriformis is an ubiquitous organism that is present in all aquatic ecosystems. This protozoan showed a clear resistance against some polycyclic aromatic hydrocarbons which can be attributed to an efflux pump probably of the (...)
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mardi 21 avril 2009
2000
[Anon] (2000) Aquatic flow cytometry : Achievements and prospects - Foreword. Scientia Marina 64:119-120
://000088019800001
Abe F, Horikoshi K (2000) Tryptophan permease gene TAT2 confers high-pressure growth in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 20:8093-8102
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11027279
Hydrostatic pressure in the range of 15 to 25 MPa was found to cause arrest of the cell cycle in G(1) phase in an exponentially growing culture of Saccharomyces cerevisiae, whereas a pressure of 50 MPa (...)
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://000088019800001
Abe F, Horikoshi K (2000) Tryptophan permease gene TAT2 confers high-pressure growth in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 20:8093-8102
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11027279
Hydrostatic pressure in the range of 15 to 25 MPa was found to cause arrest of the cell cycle in G(1) phase in an exponentially growing culture of Saccharomyces cerevisiae, whereas a pressure of 50 MPa (...)
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mardi 21 avril 2009
2001
(2001) Flow cytometry in the marine environment. Proceedings from the 20th ISAC Congress. Montpellier, France, 20-25 May 2000. Cytometry 44:163-271
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11429765
Andreatta S, Wallinger MM, Posch T, Psenner R (2001) Detection of subgroups from flow cytometry measurements of heterotrophic bacterioplankton by image analysis. Cytometry 44:218-225
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11429772
BACKGROUND : Flow (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11429765
Andreatta S, Wallinger MM, Posch T, Psenner R (2001) Detection of subgroups from flow cytometry measurements of heterotrophic bacterioplankton by image analysis. Cytometry 44:218-225
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11429772
BACKGROUND : Flow (...)
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mardi 21 avril 2009
2002
Allam B, Ashton-Alcox KA, Ford SE (2002) Flow cytometric comparison of haemocytes from three species of bivalve molluscs. Fish Shellfish Immunol 13:141-158
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=12400864
Haemocyte subpopulations from three bivalve species (the clams Ruditapes philippinarum and Mercenaria mercenaria and the oyster, Crassostrea virginica) were characterised using light-scatter flow cytometry and a standard set of methods. Two parameter (forward and side scatter) plots for the three species were very (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=12400864
Haemocyte subpopulations from three bivalve species (the clams Ruditapes philippinarum and Mercenaria mercenaria and the oyster, Crassostrea virginica) were characterised using light-scatter flow cytometry and a standard set of methods. Two parameter (forward and side scatter) plots for the three species were very (...)
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mardi 21 avril 2009
2003
Adams SL, Hessian PA, Mladenov PV (2003) Flow cytometric evaluation of mitochondrial function and membrane integrity of marine invertebrate sperm. Invertebrate Reproduction & Development 44:45-51
://000185636200005
A method was developed to evaluate the mitochondrial function and membrane integrity of marine invertebrate sperm using flow cytometry in combination with rhodamine 123 (R123) and propidium iodide (PI) staining. The method was evaluated with sperm of sea urchins (Evechinus chloroticus), mussels (Perna canaliculus) and abalone (Haliotis iris). Using R123 and PI (...)
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://000185636200005
A method was developed to evaluate the mitochondrial function and membrane integrity of marine invertebrate sperm using flow cytometry in combination with rhodamine 123 (R123) and propidium iodide (PI) staining. The method was evaluated with sperm of sea urchins (Evechinus chloroticus), mussels (Perna canaliculus) and abalone (Haliotis iris). Using R123 and PI (...)
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mardi 21 avril 2009
2004
Adams MS, Stauber JL (2004) Development of a whole-sediment toxicity test using a benthic marine microalga. Environ Toxicol Chem 23:1957-1968
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=15352485
An acute whole-sediment toxicity test with a benthic marine microalga was developed and optimized using flow cytometry to distinguish algae (based on their chlorophyll a autofluorescence) from sediment particles. Of seven benthic marine algae screened, the diatom Entomoneis cf punctulata was most suitable because of its tolerance (...)
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An acute whole-sediment toxicity test with a benthic marine microalga was developed and optimized using flow cytometry to distinguish algae (based on their chlorophyll a autofluorescence) from sediment particles. Of seven benthic marine algae screened, the diatom Entomoneis cf punctulata was most suitable because of its tolerance (...)
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mardi 21 avril 2009
2005
Bec B, Husseini-Ratrema J, Collos Y, Souchu P, Vaquer A (2005) Phytoplankton seasonal dynamics in a Mediterranean coastal lagoon : emphasis on the picoeukaryote community. Journal of Plankton Research 27:881-894
://000233066500004
The dynamics of the phytoplankton community were investigated in a marine coastal lagoon (Thau, NW Mediterranean) from February 1999 to January 2000. Dilution experiments, chlorophyll a (Chl a) size-fractionation and primary production measurements were conducted monthly. Maximum growth and microzooplankton grazing rates were estimated from Chl a biomass (...)
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://000233066500004
The dynamics of the phytoplankton community were investigated in a marine coastal lagoon (Thau, NW Mediterranean) from February 1999 to January 2000. Dilution experiments, chlorophyll a (Chl a) size-fractionation and primary production measurements were conducted monthly. Maximum growth and microzooplankton grazing rates were estimated from Chl a biomass (...)
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mardi 21 avril 2009
2006
Agawin NSR, Hale MS, Rivkin RB, Matthews P, Li WKW (2006) Microbial response to a mesoscale iron enrichment in the NE Subarctic Pacific : Bacterial community composition. Deep-Sea Research Part Ii-Topical Studies in Oceanography 53:2248-2267
://000243185200015
Changes in microbial community composition were determined during the subarctic ecosystem response to iron enrichment study (SERIES), a mesoscale Fe enrichment conducted in a high-nutrient low-chlorophyll (HNLC) region of the Northeast Subarctic Pacific, in July 2002. Phylogenetic composition using fluorescence in situ (...)
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://000243185200015
Changes in microbial community composition were determined during the subarctic ecosystem response to iron enrichment study (SERIES), a mesoscale Fe enrichment conducted in a high-nutrient low-chlorophyll (HNLC) region of the Northeast Subarctic Pacific, in July 2002. Phylogenetic composition using fluorescence in situ (...)
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mardi 21 avril 2009
2007
Adler NE, Schmitt-Jansen M, Altenburger R (2007) Flow cytometry as a tool to study phytotoxic modes of action. Environmental Toxicology and Chemistry 26:297-306
://000243486000017
The objective of the present investigation was to provide a diagnostic tool for the analysis of phytotoxic interactions between environmental contaminants and algae by application of flow cytometry. Therefore, an experimental design was developed consisting of synchronized Scenedesmus vacuolatus cell populations at defined cell-cycle stages, short-term exposure against different inhibitors with known (...)
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://000243486000017
The objective of the present investigation was to provide a diagnostic tool for the analysis of phytotoxic interactions between environmental contaminants and algae by application of flow cytometry. Therefore, an experimental design was developed consisting of synchronized Scenedesmus vacuolatus cell populations at defined cell-cycle stages, short-term exposure against different inhibitors with known (...)
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mardi 21 avril 2009
2008
Abboudi M, Surget SM, Rontani JF, Sempere R, Joux F (2008) Physiological alteration of the marine bacterium Vibrio angustum S14 exposed to simulated sunlight during growth. Curr Microbiol 57:412-417
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=18769855
Growth experiments on the marine bacterium Vibrio angustum S14 were conducted under four light conditions using a solar simulator : visible light (V), V + ultraviolet A (UV-A), V + UV-A + UV-B radiation, and dark. Growth was inhibited mainly by UV-B and slightly by UV-A. UV-B (...)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=18769855
Growth experiments on the marine bacterium Vibrio angustum S14 were conducted under four light conditions using a solar simulator : visible light (V), V + ultraviolet A (UV-A), V + UV-A + UV-B radiation, and dark. Growth was inhibited mainly by UV-B and slightly by UV-A. UV-B (...)
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mardi 21 avril 2009
2009
Almeida WI, Vieira RP, Cardoso AM, Silveira CB, Costa RG, Gonzalez AM, Paranhos R, Medeiros JA, Freitas FA, Albano RM, Martins OB (2009) Archaeal and bacterial communities of heavy metal contaminated acidic waters from zinc mine residues in Sepetiba Bay. Extremophiles 13:263-271
://000263784200005
Mining of metallic sulfide ore produces acidic water with high metal concentrations that have harmful consequences for aquatic life. To understand the composition and structure of microbial communities in acid mine drainage (AMD) waters associated with Zn mine tailings, molecular diversity (...)
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://000263784200005
Mining of metallic sulfide ore produces acidic water with high metal concentrations that have harmful consequences for aquatic life. To understand the composition and structure of microbial communities in acid mine drainage (AMD) waters associated with Zn mine tailings, molecular diversity (...)
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dimanche 15 mars 2009
BD Biosciences Marine Biology Workshop (April 2, Marseilles, France)
Precym will host the "BD Biosciences Marine Biology Workshop" which will take place on Thursday April 2 at the "Université de la Méditeranée" in Marseille, France.
BD Biosciences scientists together with guest speakers will share their knowledge and expertise of Flow Cytometry and will demonstrate how Analytical Cytometry can be applied to marine sciences.
Additionally there will be scientific presentations by leading Oceanographers. In the afternoon the new BD Influx™ Mariner will be presented and its capabilities will be tested by analyzing samples that have been brought by the (...)
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BD Biosciences scientists together with guest speakers will share their knowledge and expertise of Flow Cytometry and will demonstrate how Analytical Cytometry can be applied to marine sciences.
Additionally there will be scientific presentations by leading Oceanographers. In the afternoon the new BD Influx™ Mariner will be presented and its capabilities will be tested by analyzing samples that have been brought by the (...)
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vendredi 20 février 2009
La journée plateformes de recherche en Sciences du Vivant : De la stratégie nationale aux enjeux régionaux
Le Canceropôle PACA a organisé le Jeudi 19 février 2009 à l’Hôtel de Région de Marseille, La journée plateformes de recherche en Sciences du Vivant : De la stratégie nationale aux enjeux régionaux
Les objectifs de cette journée :
1. Valorisation du programme de labellisation IBiSA et de l’effort de coordination régionale
2. Offrir un panorama actualisé quasi exhaustif de l’offre technologique PACA pour la recherche en science du vivant
3. Favoriser de nouvelles interfaces entre Les plateformes et les équipes de recherche académiques et les industriels
4. Illustrer par des exemples le (...)
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Les objectifs de cette journée :
1. Valorisation du programme de labellisation IBiSA et de l’effort de coordination régionale
2. Offrir un panorama actualisé quasi exhaustif de l’offre technologique PACA pour la recherche en science du vivant
3. Favoriser de nouvelles interfaces entre Les plateformes et les équipes de recherche académiques et les industriels
4. Illustrer par des exemples le (...)
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samedi 31 janvier 2009
PRECYM (English)
Welcome to the Regional Flow Cytometry Platform PRECYM hosted by the Oceanologic Center of Marseille (OSU) ! PRECYM has been created in 2005 with the support of a consortium of 6 Laboratories belonging to the Université de la Méditerranée, the CNRS, and IRD in order to answer to a strong need for flow cytometry analyses by various teams working in the field of microbiology.
PRECYM centralises equipments and a know-how, and provides them to the other laboratories. Its goal is to give researchers the opportunity to consider new approaches in their research, with the warranty to have the (...)
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PRECYM centralises equipments and a know-how, and provides them to the other laboratories. Its goal is to give researchers the opportunity to consider new approaches in their research, with the warranty to have the (...)
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samedi 24 janvier 2009
Informations légales
Centre d’Océanologie de Marseille, rue de la batterie des Lions 04 91 04 16 00
Directeur de la publication : Prof. Ivan Dekeyser : Directeur du Centre d’Océanologie de Marseille (COM)
Directeurs de la Rédaction : Gérald Grégori et Michel Denis
Protection des informations nominatives
Conformément à la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978, relative à l’Informatique, aux fichiers et aux Libertés (articles 38, 39, 40), vous disposez d’un droit d’accès, de rectification et de suppression des données vous concernant, en ligne sur ce site. Pour exercer ce droit, vous (...)
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Directeur de la publication : Prof. Ivan Dekeyser : Directeur du Centre d’Océanologie de Marseille (COM)
Directeurs de la Rédaction : Gérald Grégori et Michel Denis
Protection des informations nominatives
Conformément à la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978, relative à l’Informatique, aux fichiers et aux Libertés (articles 38, 39, 40), vous disposez d’un droit d’accès, de rectification et de suppression des données vous concernant, en ligne sur ce site. Pour exercer ce droit, vous (...)
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vendredi 16 janvier 2009
Performing absolute count with a MoFLO : hints and limits
This presentation is about performing absolute count with a MoFLO : hints and limits. It was presented at the European Flow Cytometry User Group Meeting (Dako), Edinburgh 15/16th May 2007.
You’ll find interesting information about :
How to determine the volume analyzed (several methods)
How to trigger on a Log signal with a MoFLO (using the Oscilloscope)
How to deal with the dead time of the MoFLO
Many other things......
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How to determine the volume analyzed (several methods)
How to trigger on a Log signal with a MoFLO (using the Oscilloscope)
How to deal with the dead time of the MoFLO
Many other things......
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mercredi 7 janvier 2009
ASLO Aquatic Sciences Meeting 2009
PRECYM a participé au ASLO Aquatic Sciences Meeting 2009. A Cruise Through Nice Waters 25-30 January 2009 (Center de Congres Acropolis, Nice, France).
La communication orale suivante y a été présentée : Grégori, G ; Lefèvre, D ; Thyssen, M ; Denis, M ; EXPERIMENTAL EVIDENCE FOR PULSED MINERALISATION IN THE WATER COLUMN (Abstract ID:5835)
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La communication orale suivante y a été présentée : Grégori, G ; Lefèvre, D ; Thyssen, M ; Denis, M ; EXPERIMENTAL EVIDENCE FOR PULSED MINERALISATION IN THE WATER COLUMN (Abstract ID:5835)
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lundi 29 décembre 2008
Moteurs de recherche
Annuaires
http://annuaire.univ-mrs.fr/
http://www.com.univ-mrs.fr/ldap/ann...
Moteurs de recherche :
http://scholar.google.fr/
http://maps.google.fr/
Bases bibliographiques
http://www.pubmedcentral.nih.gov/
http://www.inist.fr/revuesL.php3
http://bibliocnrs.inist.fr/
http://biblioplanets.inist.fr/
http://gate4.inist.fr/login ?url=htt...
http://gate1.inist.fr/login ?url=htt...
Dictionnaires :
http://dico.isc.cnrs.fr/fr/index_tr.html
Convertisseurs :
The World Clock - Time Zones
Itinéraires
http://www.mappy.fr/
Aéroports
http://www.marseille.aeroport.fr/fr... Chèques Parking
Météo à (...)
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http://annuaire.univ-mrs.fr/
http://www.com.univ-mrs.fr/ldap/ann...
Moteurs de recherche :
http://scholar.google.fr/
http://maps.google.fr/
Bases bibliographiques
http://www.pubmedcentral.nih.gov/
http://www.inist.fr/revuesL.php3
http://bibliocnrs.inist.fr/
http://biblioplanets.inist.fr/
http://gate4.inist.fr/login ?url=htt...
http://gate1.inist.fr/login ?url=htt...
Dictionnaires :
http://dico.isc.cnrs.fr/fr/index_tr.html
Convertisseurs :
The World Clock - Time Zones
Itinéraires
http://www.mappy.fr/
Aéroports
http://www.marseille.aeroport.fr/fr... Chèques Parking
Météo à (...)
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samedi 27 décembre 2008
Tutorial WinMDI
WinMDI est un logiciel d’analyse de données de cytométrie en flux gratuit développé par J. Trotter (USA). Ce logiciel est très performant, et la qualité des graphiques est excellente lorsqu’ils sont copiés dans des logiciels de traitement de texte, ou autre.
Voici donc un petit tutorial anti-stress qui vous permettra d’apprendre très rapidement et facilement à utiliser WinMDI.
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Voici donc un petit tutorial anti-stress qui vous permettra d’apprendre très rapidement et facilement à utiliser WinMDI.
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lundi 15 décembre 2008
Bienvenue sur le site Internet de la Plate-forme de cytométrie PRECYM
La Plate-forme REgionale de CYtométrie pour la Microbiologie PRECYM a été créée en 2005 avec le soutien d’un consortium de 6 unités de recherche liées à l’Université de la Méditerranée, au CNRS et à l’IRD pour répondre à une forte demande de la part des laboratoires dans le domaine de la cytométrie en flux.
PRECYM est spécialisée dans l’analyse à l’échelle individuelle des micro-organismes (dans une gamme de taille de l’ordre de 0,05 à 1000µm) : identification, tri, dénombrements, physiologie, viabilité, activités. Elle met à disposition des équipes du MIO (...)
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PRECYM est spécialisée dans l’analyse à l’échelle individuelle des micro-organismes (dans une gamme de taille de l’ordre de 0,05 à 1000µm) : identification, tri, dénombrements, physiologie, viabilité, activités. Elle met à disposition des équipes du MIO (...)
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samedi 13 décembre 2008
Liens vers d’autres sites Internet
Littérature
Cytometry
Clinical Cytometry
Current protocols in Cytometry
Practical Flow Cytometry (4ème Edition, H. Shapiro online)
Forums
Plankton Ecology, Marine Biology and Biological Oceanography Homepage Forum
Aquatic Microbes Forum
Plant Flow Cytometry Forum Index
Purdue Mailing List
Microbes Forum List
European Cytometry Network
Réseau d’experts
http://www.ibioexperts.com/ iBioexperts est un réseau d’experts indépendants en Sciences au service des laboratoires.
Créée afin de répondre aux enjeux scientifiques du XXIe siècle, iBioexperts a pour vocation d’offrir un panel (...)
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Cytometry
Clinical Cytometry
Current protocols in Cytometry
Practical Flow Cytometry (4ème Edition, H. Shapiro online)
Forums
Plankton Ecology, Marine Biology and Biological Oceanography Homepage Forum
Aquatic Microbes Forum
Plant Flow Cytometry Forum Index
Purdue Mailing List
Microbes Forum List
European Cytometry Network
Réseau d’experts
http://www.ibioexperts.com/ iBioexperts est un réseau d’experts indépendants en Sciences au service des laboratoires.
Créée afin de répondre aux enjeux scientifiques du XXIe siècle, iBioexperts a pour vocation d’offrir un panel (...)
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samedi 13 décembre 2008
PRECYM invitée au Salon Nautique de Paris 2008
Le Service Enseignement Supérieur, Technologies, Recherche de la Région PACA a invité la Plateforme PRECYM sur son Stand pour y présenter ses activités de recherche et de formation.
Un poster ainsi qu’une présentation orale ont ainsi été présentés au Salon Nautic de Paris (Portes de Versailles) le 11 décembre.
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Un poster ainsi qu’une présentation orale ont ainsi été présentés au Salon Nautic de Paris (Portes de Versailles) le 11 décembre.
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mercredi 3 décembre 2008
2008 : Formation permanente en Cytométrie en Flux (INSERM/CNRS)
Formation continue CNRS Délégation Provence et Corse - Inserm Paca et Corse
Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes théorie et pratique
27 et 28 novembre 2008 - Marseille
Public Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Objectif Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Programme
1ère journée : Formation théorique
Principes généraux de la cytométrie en flux
Analyse des données et interprétation des résultats
Fluorescences
Tri cellulaire par cytométrie en flux
Sécurité
Compensation
Applications en Microbiologie (...)
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Introduction à la cytométrie en flux : de la bactérie aux cellules eucaryotes théorie et pratique
27 et 28 novembre 2008 - Marseille
Public Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Objectif Acquérir les bases théoriques et pratiques de la cytométrie en flux
Programme
1ère journée : Formation théorique
Principes généraux de la cytométrie en flux
Analyse des données et interprétation des résultats
Fluorescences
Tri cellulaire par cytométrie en flux
Sécurité
Compensation
Applications en Microbiologie (...)
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mardi 25 novembre 2008
Chapitres de livre
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Rémy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron & Franck Poly (2012). CHAPITRE 14 - LES CYCLES BIOGÉOCHIMIQUES. In : Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, 545-657. Bertrand J.C., Caumette P., Lebaron P., Matheron R., Normand P. Eds. Presses Universitaires de Pau et des Paysde l’Adour.
Grégori G. (2010). Chapitre 13 : Analyse de l’ADN et du cycle cellulaire des bactéries marines par cytométrie en flux. In Cytométrie en flux et cycles cellulaires. (...)
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Grégori G. (2010). Chapitre 13 : Analyse de l’ADN et du cycle cellulaire des bactéries marines par cytométrie en flux. In Cytométrie en flux et cycles cellulaires. (...)
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mardi 25 novembre 2008
2009
Zhang F., Yu-Zhang K., Xiao T., Denis M., Wu L-F. (2009) Metamorphosis of Magnetospirillum magneticum AMB-1 cells. Chinese Journal of Oceanology and Limnology (in press)
Duhamel S., Grégori G., Van Wambeke F., and Nedoma J. (2009) Detection of extracellular phosphatase activity at the single cell level by enzyme-labelled fluorescence and flow cytometry : the importance of time kinetics in ELFA labelling. Cytometry 75A Issue 2 : 163 - 168.
Eichinger, M.,Koojman, S.,Sempéré, R.,Lefèvre, D.,Gregori, G.,Charrière, B.,Poggiale, J.C. (2009) DOC consumption and release by marine bacteria in (...)
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Duhamel S., Grégori G., Van Wambeke F., and Nedoma J. (2009) Detection of extracellular phosphatase activity at the single cell level by enzyme-labelled fluorescence and flow cytometry : the importance of time kinetics in ELFA labelling. Cytometry 75A Issue 2 : 163 - 168.
Eichinger, M.,Koojman, S.,Sempéré, R.,Lefèvre, D.,Gregori, G.,Charrière, B.,Poggiale, J.C. (2009) DOC consumption and release by marine bacteria in (...)
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lundi 16 juin 2008
La lettre de l’Université de la Méditerranée, N° 124, janvier 2008
vendredi 28 mars 2008
Interventions au Collège Jacques Prévert de Frais-Vallon (Marseille,13ème)
Suite à une invitation de M.F. Nicolas, nous sommes allés faire une première présentation du métier de chercheur en Océanographie en mars 3008 au C.E.S Jacques Prévert, qui se situe dans le quartier de Frais-Vallon (13013). Depuis, chaque année nous organisons avec M. Nicolas une rencontre de ce type où nous pouvons échanger avec les collégiens.
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lundi 10 mars 2008
LDATAPP : a freeware to convert FCS files in text files
LDATAPP dumps FCS listmode or histogram data into ASCII text files. It has a simple interface to select input files and output paths. It requires a 32 bit Microsoft Windows operating system.
You can either download it from the PUCL Website : http://www.cyto.purdue.edu/flowcyt/software/ldatapp.htm or click on the document below.
Authors : Valery Patsekin, Steve Kelley, Gerald Gregori, J. Paul Robinson
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You can either download it from the PUCL Website : http://www.cyto.purdue.edu/flowcyt/software/ldatapp.htm or click on the document below.
Authors : Valery Patsekin, Steve Kelley, Gerald Gregori, J. Paul Robinson
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mardi 18 décembre 2007
Journal de l’INSU
Michel Denis, Melilotus Thyssen. 2007. Quand océanologie et réinsertion sociale se concertent. Nouvelles Scientifiques. Journal de l’INSU.
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samedi 10 novembre 2007
Prix de la meilleure Présentation Etudiante lors de la Conférence IMBER/LOICZ Continental Margins
IMBER/LOICZ Continental Margins Conference (East China Normal University, Shanghai, September 17-21)
Melilotus Thyssen a reçu le Prix de la meilleure Présentation Etudiante lors de la Conférence IMBER/LOICZ Continental Margins pour sa présentation orale intitulée “Temporal and spatial high-frequency monitoring of phytoplankton by automated flow cytometry and pulse-shape analysis”.
Melilotus Thyssen was awarded the Best Student presentation at the IMBER/LOICZ Continental Margins conference for her oral presentation entitled “Temporal and spatial high-frequency monitoring (...)
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Melilotus Thyssen a reçu le Prix de la meilleure Présentation Etudiante lors de la Conférence IMBER/LOICZ Continental Margins pour sa présentation orale intitulée “Temporal and spatial high-frequency monitoring of phytoplankton by automated flow cytometry and pulse-shape analysis”.
Melilotus Thyssen was awarded the Best Student presentation at the IMBER/LOICZ Continental Margins conference for her oral presentation entitled “Temporal and spatial high-frequency monitoring (...)
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jeudi 18 octobre 2007
Plan d’accès à PRECYM
La plate-forme PRECYM est hébergée par le Centre d’Océanologie de Marseille (Observatoire des Sciences de l’Univers) sur le Campus de Luminy.
Son adresse est :
163 Avenue de Luminy - Case 901- Bâtiment TPR1 - Entrée F, Rez-de-chaussée (bureau n°26)
13288 Marseille cedex 9
Pour nous trouver sur le campus de Luminy, suivez les indications du plan.
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Son adresse est :
163 Avenue de Luminy - Case 901- Bâtiment TPR1 - Entrée F, Rez-de-chaussée (bureau n°26)
13288 Marseille cedex 9
Pour nous trouver sur le campus de Luminy, suivez les indications du plan.
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jeudi 18 octobre 2007
Rencontres scientifiques entre les professeurs de lycée et de collège et les chercheurs et enseignants-chercheurs
Depuis 2005 PRECYM participe aux Rencontres scientifiques entre les professeurs de lycée et de collège et les chercheurs et enseignants-chercheurs organisées par le Rectorat d’Aix-Marseille.
Présentation du dispositif
Afin de lutter contre la désaffection des sciences, le rectorat d’Aix-Marseille a élaboré avec les universités de l’académie un ensemble de projets et d’actions pour sensibiliser les étudiants actuels et futurs, leurs familles mais aussi leurs enseignants aux objectifs et aux apports des sciences.
Parmi ces actions, les rencontres scientifiques enseignants-chercheurs (...)
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Présentation du dispositif
Afin de lutter contre la désaffection des sciences, le rectorat d’Aix-Marseille a élaboré avec les universités de l’académie un ensemble de projets et d’actions pour sensibiliser les étudiants actuels et futurs, leurs familles mais aussi leurs enseignants aux objectifs et aux apports des sciences.
Parmi ces actions, les rencontres scientifiques enseignants-chercheurs (...)
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jeudi 18 octobre 2007
Forum international de la météo 2006 - La terre n’est pas un jouet !
Forum international de la météo 2006 - La terre n’est pas un jouet !
Palais des congrès d’Ajaccio, entrée libre
[du 09-10-2006 au 15-10-2006]
Organisé par la Société météorologique de France (SMF), ce forum a lieu tous les ans pendant la semaine de la Fête de la Science. Son objectif est de rassembler scientifiques, grand public et medias autour du thème des dérèglements climatiques et des enjeux environnementaux. Animées par des météorologues, des climatologues et des présentateurs météo du monde entier, des conférences et des expositions organisées autour de plusieurs pôles (Espace, (...)
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Palais des congrès d’Ajaccio, entrée libre
[du 09-10-2006 au 15-10-2006]
Organisé par la Société météorologique de France (SMF), ce forum a lieu tous les ans pendant la semaine de la Fête de la Science. Son objectif est de rassembler scientifiques, grand public et medias autour du thème des dérèglements climatiques et des enjeux environnementaux. Animées par des météorologues, des climatologues et des présentateurs météo du monde entier, des conférences et des expositions organisées autour de plusieurs pôles (Espace, (...)
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dimanche 14 octobre 2007
Formule chimique du SYBR Green I
Le SYBR GReen I est aujourd’hui très couramment utilisé pour dénombrer les micro-organismes unicellulaires, procayotes et eucaryotes dans les milieux aquatiques ou en cultures. Le fabricant ne donne que peu d’informations sur ce produit, heureusement Wikipedia est là pour nous aider http://fr.wikipedia.org/wiki/SYBR_G....
Le SYBR green I (Molecular Probes, Oregon, USA) ou [2-[N-(3-dimethylaminopropyl)-N-propylamino]-4-[2,3-dihydro-3-methyl- (benzo-1,3-thiazol-2-yl)-methylidene]-1-phenyl-quinolinium] (C32H37N4S) est un fluorochrome qui se fixe sur tous les types d’acides nucléiques, avec (...)
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Le SYBR green I (Molecular Probes, Oregon, USA) ou [2-[N-(3-dimethylaminopropyl)-N-propylamino]-4-[2,3-dihydro-3-methyl- (benzo-1,3-thiazol-2-yl)-methylidene]-1-phenyl-quinolinium] (C32H37N4S) est un fluorochrome qui se fixe sur tous les types d’acides nucléiques, avec (...)
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samedi 13 octobre 2007
Quand océanologie et réinsertion sociale se concertent
Quand océanologie et réinsertion sociale se concertent
Grâce à l’initiative de l’association Déferlante et de deux chercheurs du Laboratoire de microbiologie, géochimie et écologie marines du Centre d’océanologie de Marseille (LMGEM/COM), des jeunes en réinsertion sociale ont pu suivre et participer au projet scientifique Acyphar (Atlantic flow cytometry spatial study of phytoplankton through automated recording) qui a permis de démontrer la faisabilité d’une acquisition automatisée de la distribution du phytoplancton dans le milieu marin.
Cette opération originale est l’œuvre (...)
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Grâce à l’initiative de l’association Déferlante et de deux chercheurs du Laboratoire de microbiologie, géochimie et écologie marines du Centre d’océanologie de Marseille (LMGEM/COM), des jeunes en réinsertion sociale ont pu suivre et participer au projet scientifique Acyphar (Atlantic flow cytometry spatial study of phytoplankton through automated recording) qui a permis de démontrer la faisabilité d’une acquisition automatisée de la distribution du phytoplancton dans le milieu marin.
Cette opération originale est l’œuvre (...)
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vendredi 12 octobre 2007
2007 : Formation permanente en Cytométrie en Flux (INSERM/CNRS)
Introduction à la Cytométrie de Flux
Date limite d’inscription : 26/10/2007
Objectifs
Etre capable de comprendre les principes de base de la cytométrie de flux, son intérêt et ses applications en biologie.
Public concerné
Débutants ou futurs utilisateurs de la cytométrie de flux
Effectif
12 personnes
Date et lieu
1 jour le 23 novembre 2007 INSERM MARSEILLE
Programme
Introduction Principes généraux Présentation et analyse des données Fluorochromes : pourquoi et comment ? Préparation des échantillons Visite des plate-formes Applications biomédicales Applications en microbiologie
Intervenants (...)
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Date limite d’inscription : 26/10/2007
Objectifs
Etre capable de comprendre les principes de base de la cytométrie de flux, son intérêt et ses applications en biologie.
Public concerné
Débutants ou futurs utilisateurs de la cytométrie de flux
Effectif
12 personnes
Date et lieu
1 jour le 23 novembre 2007 INSERM MARSEILLE
Programme
Introduction Principes généraux Présentation et analyse des données Fluorochromes : pourquoi et comment ? Préparation des échantillons Visite des plate-formes Applications biomédicales Applications en microbiologie
Intervenants (...)
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lundi 18 juin 2007
La Lettre Grand Luminy N°59, Juin 2007
mardi 3 octobre 2006
Du dénombrement à l’analyse de fonctions cellulaires
mardi 3 octobre 2006
Le Tri par cytométrie en flux
Ce diaporama a pour but de vous présenter les principes généraux du tri par cytométrie en flux.
En petit bonus, voici une photo prise dans le laboratoire de Paul Robinson (Purdue University Cytometry Laboratories) du premier cytomètre analyseur trieur, celui inventé par Mac Fulwyler.
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En petit bonus, voici une photo prise dans le laboratoire de Paul Robinson (Purdue University Cytometry Laboratories) du premier cytomètre analyseur trieur, celui inventé par Mac Fulwyler.
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mardi 3 janvier 2006
Cours en France
2010 Participation au Module 4 (Grenoble, 8-12 mars 2010) du Dilpôme InterUniveristaire (DIU) de cytométrie en recherche et en clinique. organisé conjointement par l’Ecole pratique des hautes études, l’Université Joseph Fourier de Grenoble et l’Université de Reims Champagne-Ardenne avec la collaboration du Centre de recherches du Service de santé des Armées (CRSSA-Emile Pardé). Cette formation est parrainée par l’Association française de cytométrie (AFC). Cours magistral (2 heures) : Cytométrie en biologie végétale.
2004-2013 Master Professionnel « Perfectionnement en analyses chimiques (...)
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2004-2013 Master Professionnel « Perfectionnement en analyses chimiques (...)
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mardi 3 janvier 2006
Cours à l’étranger
2008 31st ANNUAL COURSE IN FLOW CYTOMETRY : Research Methods and Applications, June 14-20, 2008. Bowdoin College, Brunswick, Maine, Etats-Unis (Gérald Grégori).
2008 Cours de cytométrie en flux (12h) dans le cadre du Congrès Annuel de l’International Society of Analytical Cytology (ISAC) organisé à Budapest (Hongrie) en mai 2008 (Gérald Grégori).
2006 Cours de cytométrie en flux (12h) dans le cadre du Congrès Annuel de l’International Society of Analytical Cytology (ISAC) organisé à Québec (Canada) du 20 au 24 mai 2006,(Gérald Grégori).
2005 et 2006 Cours à l’Université de Sfax (...)
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2008 Cours de cytométrie en flux (12h) dans le cadre du Congrès Annuel de l’International Society of Analytical Cytology (ISAC) organisé à Budapest (Hongrie) en mai 2008 (Gérald Grégori).
2006 Cours de cytométrie en flux (12h) dans le cadre du Congrès Annuel de l’International Society of Analytical Cytology (ISAC) organisé à Québec (Canada) du 20 au 24 mai 2006,(Gérald Grégori).
2005 et 2006 Cours à l’Université de Sfax (...)
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mercredi 12 janvier 2005
Personnel impliqué dans la plate-forme
Michel Denis (DR, CNRS) et Gérald Grégori (CR, CNRS)
Responsables scientifiques de la plate-forme
Institut Méditerranéen d’Océanologie MIO 163 Avenue de Luminy - Case 901- Bât TPR1 - Entrée F 13288 Marseille cedex 9 Tél. : (+33) 4.91.82.91.14 Fax : (+33) 4.91.82.96.41
courriel : michel.denis@univ-amu.fr & gerald.gregori@univ-amu.fr
Aude Barani (IE, Université d’Aix-Marseille)
Responsable technique de la plate-forme
163 Avenue de Luminy - Case 901- Bât TPR1 - Entrée F 13288 Marseille cedex 9
Tél. : (+33) 4.91.82.91.14 Fax : (+33) 4.91.82.96.41
courriel : (...)
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Responsables scientifiques de la plate-forme
Institut Méditerranéen d’Océanologie MIO 163 Avenue de Luminy - Case 901- Bât TPR1 - Entrée F 13288 Marseille cedex 9 Tél. : (+33) 4.91.82.91.14 Fax : (+33) 4.91.82.96.41
courriel : michel.denis@univ-amu.fr & gerald.gregori@univ-amu.fr
Aude Barani (IE, Université d’Aix-Marseille)
Responsable technique de la plate-forme
163 Avenue de Luminy - Case 901- Bât TPR1 - Entrée F 13288 Marseille cedex 9
Tél. : (+33) 4.91.82.91.14 Fax : (+33) 4.91.82.96.41
courriel : (...)
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mercredi 12 janvier 2005
Cytomètre en flux analyseur-trieur MoFlo (Beckman-Coulter)
Le MoFlo qui équipe la plate-forme PRECYM est conçu pour :
Analyser jusqu’à 100 000 particules par seconde,
Trier jusqu’à 70 000 particules par seconde,
Enregistrer jusqu’à 7 paramètres par particule :
5 paramètres de fluorescence dont :
3 fluorescences suite à l’excitation à 488 nm
1 fluorescence suite à l’excitation à 351 nm
1 fluorescence suite à l’excitation à 635 nm
Deux paramètres de diffusion de la lumière dont :
La diffusion aux petits angles relative à la taille des particules,
La diffusion à 90° relative à la structure interne des particules et à leur granularité,
Le (...)
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Analyser jusqu’à 100 000 particules par seconde,
Trier jusqu’à 70 000 particules par seconde,
Enregistrer jusqu’à 7 paramètres par particule :
5 paramètres de fluorescence dont :
3 fluorescences suite à l’excitation à 488 nm
1 fluorescence suite à l’excitation à 351 nm
1 fluorescence suite à l’excitation à 635 nm
Deux paramètres de diffusion de la lumière dont :
La diffusion aux petits angles relative à la taille des particules,
La diffusion à 90° relative à la structure interne des particules et à leur granularité,
Le (...)
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