Parution du livre :

Ecologie Microbienne

Ecologie microbienne Microbiologie des milieux naturels anthropisés

Cet ouvrage est un traité d’écologie microbienne dont l’objectif est l’étude des micro-organismes dans les milieux naturels et anthropisés. Le « compartiment microbien », qui est une composante des écosystèmes, regroupe les procaryotes et eucaryotes unicellulaires ; les virus sont également objet d’étude dans la mesure où ils sont impliqués dans des problématiques écologiques et environnementales.

Les thématiques développées ont pour but la connaissance : I de l’origine des micro-organismes et de leur évolution ; II de leur diversité taxonomique et fonctionnelle ; III de leur adaptation aux conditions environnementales ; IV de leurs interactions biotiques et abiotiques ; V de leur activité au sein des écosystèmes, en particulier leur intervention dans les cycles géochimiques ; VI de leur capacité de biodégradation, notamment des xénobiotiques, mise au service de la protection des écosystèmes et de la réhabilitation de sites contaminés.

L’ouvrage, qui n’a pas d’équivalent en langue française, s’adresse prioritairement aux étudiants des licences et des masters scientifiques et professionnels, et aux doctorants. Il est également très utile aux chercheurs et aux enseignants-chercheurs, en particulier les microbiologistes et les écologues, qui souhaitent approfondir leur connaissance de la microbiologie des milieux naturels.

Editeurs : Jean-Claude BERTRAND, Pierre CAUMETTE, Philippe LEBARON, Robert MATHERON et Philippe NORMAND

Zoom sur un Article :

Gregori, G., Patsekina, V., Rajwa, B., Jones, J., Ragheb, K., Holdman, C., Robinson, J.P., (2011) Hyperspectral cytometry at the single-cell level using a 32-channel photodetector. Cytometry (DOI : 10.1002/cyto.a.21120)

Despite recent progress in cell-analysis technology, rapid classification of cells remains a very difficult task. Among the techniques available, flow cytometry (FCM) is considered especially powerful, because it is able to perform multiparametric analyses of single bio- logical particles at a high flow rate–up to several thousand particles per second. More- over, FCM is nondestructive, and flow cytometric analysis can be performed on live cells. The current limit for simultaneously detectable fluorescence signals in FCM is around 8–15 depending upon the instrument. Obtaining multiparametric measure- ments is a very complex task, and the necessity for fluorescence spectral overlap com- pensation creates a number of additional difficulties to solve. Further, to obtain well- separated single spectral bands a very complex set of optical filters is required. This study describes the key components and principles involved in building a next-genera- tion flow cytometer based on a 32-channel PMT array detector, a phase-volume holo- graphic grating, and a fast electronic board. The system is capable of full-spectral data collection and spectral analysis at the single-cell level.

Van dijk, M.,Grégori, G.,Hoogveld, H.,Rijkeboer, M.,Denis, M.,Malkassian, M.,Gons, H. (2010) Optimizing the setup of a flow cytometric cell sorter for efficient quantitative sorting of long filamentous cyanobacteria. Cytometry 77A, Issue 10:905–995

ABSTRACT :

Heterogeneity within natural phytoplankton communities makes it very difficult to analyze parameters at the single-cell level. Flow cytometric sorting is therefore a useful tool in aquatic sciences, as it provides material for post-sort analysis and culturing. Sorting subpopulations from natural communities, however, often requires handling morphologically diverse and complex particles, with various abundances. Long particles, such as filament-forming cyanobacteria (>100 μm long), prove very difficult to handle. These potentially toxic organisms are widespread in eutrophic systems and have important ecological consequences. Being able to sort filamentous cyanobacteria efficiently and as viable cells is therefore highly desirable when studying factors associated with their toxicity and occurrence. This unconventional sorting requires extensive user experience and special instrument setup. We have investigated the effect of hydrodynamic and electromechanical components of a flow cytometer, and sorting protocol on the quantitative sorting efficiency of these long particles using two filamentous cyanobacterial strains with average lengths of 100 and 300 μm. Sorting efficiency ranged from 9.4 to 96.0 % and was significantly affected by filament length, sorting envelope, drop delay and for the long species also to tip size, but not by cycle time. Filaments survived sorting and were not damaged. The optimal settings found for the modular MoFlo® cell sorter to sort the filaments were a 100 μm flow tip at 30 psi (207 kPa) with a 3 droplet envelope in Enrich mode while using an extended analysis time of 17.6 μs and an intermediate plate charge and deflection percentage combination of 3000 V / 60 %, combined with a drop delay 0 for the cultures with 100 μm filaments and drop delay +1 for the culture with 300 μm filaments. To the best of our knowledge, the filaments up to 1063.5 μm sorted in this study are the longest ever sorted.

Key terms : Flow cytometry, quantitative, sorting, filaments, cyanobacteria

Dans le numéro 243 du Journal du CNRS, qui met à l’honneur la Révolution Laser, l’application du laser dans le domaine de la cytométrie en flux est mentionnée (page 22), et les stations marines de Roscoff, Banyuls et Marseille sont citées.

CouvertureJournalDuCNRS243

JournalDuCNRS243

Le livre intitulé "Cycle cellulaire et cytométrie en flux" (Editeurs : GRUNWALD Didier, MAYOL Jean-François, RONOT Xavier) vient de paraître.

Cet ouvrage s’adresse aussi bien aux chercheurs fondamentalistes curieux de disséquer cette fonction primordiale de la cellule qu’aux cliniciens en quête de méthodes efficaces pour diagnostiquer leurs patients, orienter les traitements et suivre leur action.

Au sommaire

Chapitre 1. Le cycle cellulaire et sa régulation. Chapitre 2. Fixation des échantillons pour l’analyse du cycle cellulaire. Chapitre 3. Les fluorochromes pour l’analyse du cycle cellulaire et de la prolifération. Chapitre 4. Analyse mono- et multiparamétrique du cycle cellulaire. Chapitre 5. Cytogénétique des flux. Chapitre 6. Quiescence, sénescence et mort cellulaire : des phases particulières du cycle cellulaire. Chapitre 7. Analyse de la division cellulaire par dilution de fluorochrome. Chapitre 8. Analyse de la mitose de la cytodiérèse. Chapitre 9. Cycle cellulaire et pharmacologie des anticancéreux. Chapitre 10. Quantification de l’ADN en hématologie. Chapitre 11. Le cycle cellulaire et l’endoréplication chez les végétaux. Chapitre 12. Analyse du cycle cellulaire chez les parasites. Chapitre 13. Analyse de l’ADN et du cycle cellulaire des bactéries marines. Chapitre 14. Cycle cellulaire : bonnes pratiques et contrôle qualité. Chapitre 15. Exemples de protocoles.