1-3 octobre 2013 ◘ 1 st -3 rd October 2013 Bordeaux, France Aims :

Recently, great technological improvements have been performed in multiparameter flow cytometry (MFC) to study complex biological systems. However, the difficulty of implementing MFC is a real barrier limiting its broad use. Similarly, knowledge is often lacking, in advanced analytical tools and methods needed to handle the mass of information generated by MFC. An emerging innovating technology, the multiparameter mass cytometry (MMC) allows the simultaneous analysis of more than 40 parameters. This new technology (also referred to as CyTOF) faces similar challenges in analysis and data visualization as MFC. Therefore, the formation into the laboratories is crucial to control all aspects of multiparametric approaches that will be addressed during this workshop. To fulfill these goals, MFC and MMC technologies will be introduced by experts of each experimental field and illustrated using concrete examples of applications in clinical research. These presentations will be completed by an introduction to current software solutions in order to analyze huge datasets generated by these two approaches. Finally, emerging technologies will be presented, mainly in the field of image cytometry. Audience All biological scientists, engineers, medical doctors, post-doctoral fellows and students who are interested in the application of advanced cytometry techniques in their respective experimental fields and are eager to increase the number of parameters studied simultaneously. A basic knowledge in conventional flow cytometry (4-6 parameters) is required. Lectures will be given in English.

Avec la participation de / with the participation of :
 Mario ROEDERER (Bethesda, USA),
 Francis LACOMBE (Bordeaux, France),
 J. Paul ROBINSON (Indiana, USA),
 Juan FLORES-MONTERO (Salamanca, Spain),
 Ryan R. BRINKMAN (British Columbia, Canada),
 Rodolphe THIEBAUT (Bordeaux, France),
 Andrea COSSARIZZA (Modena, Italy),
 Scott TANNER (Toronto, Canada),
 Jonathan IRISH (Nashville, USA),
 Samuel GRANJEAUD (Marseille, France),
 Garry NOLAN (Stanford, USA),
 Attila TARNOK (Leipzig, Germany),
 Philippe BOUSSO (Paris, France),
 Michael GERNER (Bethesda, USA),
 Marie FOLLO (Freiburg, Germany),
 William TELFORD (Bethesda, USA).

— Date limite d’inscription : 21 juin 2013  Registration deadline : June 21 st 2013
— Renseignements et inscriptions / Information and registration
— Inserm / Ateliers de formation / 101 rue de Tolbiac / 75654 Paris Cedex 13
— Tel. +33 (0) 1 44 23 62 04 or 62 03 / Fax +33 (0) 1 44 23 62 93 / ateliers@inserm.fr

Grâce au soutien de BDB, l’Influx mariner de PRECYM vient d’être équipé du nouveau logiciel BD FACS Software. Ce nouveau logiciel, bien plus complet (et au combien convivial !) que l’ancien SPIGOT, apporte de nouvelles fonctionnalités qui devraient étendre le potentiel de l’INFLUX (comme par exemple le tri 6 voies).

De plus, le système ACCUDROP a également été installé afin de simplifier la procédure de calibrage de tri de l’instrument. Ce système, déjà disponibles sur l’ARIA, a pu être adapté sur l’infux. Un faisceau laser illumine les jets et permet de trouver le parfait "drop delay". Ingénieux et tellement plus pratique que le comptage des billes par microscopie.

L’objectif général du travail réalisé au sein de notre groupe de recherche est la caractérisation de la dynamique spatio-temporelle des assemblages microbiens, à travers un suivi à haute fréquence temporelle et à l’échelle individuelle.

La mise en évidence de groupes fonctionnels, c’est-à-dire réagissant aux forçages naturels ou anthropiques, est une étape majeure de ce travail. Des études in situ sont actuellement réalisées dans la baie de Marseille ainsi que dans l’Etang de Berre, deux zones soumises à une forte pression anthropique ainsi qu’à des forçages naturels importants comme par exemple le régime des vents (coups de Mistral ou vent d’Est).

Une approche automatisée est privilégiée par l’utilisation du cytomètre autonome immergeable Cytosub (www.cytobuoy.com). L’analyse automatisée des échantillons par l’instrument est couplée à une analyse automatisée des fichiers de données. Elle permet la discrimination des abondances des différents groupes définis d’après leurs profils optiques de diffusion de la lumière et de fluorescence (fluorescence naturelle produite par l’autofluorescence des pigments photosynthétiques du phytoplancton).

Un des aspects important du travail de thèse d’ A. Malkassian est le développement de méthodes d’analyse de données fonctionnelles* et de classification pour discriminer automatiquement (avec peu ou pas d’intervention humaine) les groupes d’intérêt. * Chaque individu analysé par l’instrument est défini selon cinq profils optiques, c’est-à-dire par cinq fonctions (pour plus de détail cliquez ici.

Marine Microbiology : North-Western Mediterranean Sea Cruise

Dr. G. Gregori (University of "La Mediterranee" : Laboratoire de Microbiologie , Geochimie et Ecologie Marine CNRS UMR 6117) took the A40-MiniFCM on board the research vessel TETHYS II (CNRS-INSU) during the "POTES mer" cruise. SYBR Green I for nucleic acid content and propidium iodide for cell membrane integrity (viability) along with light scatter characteristics were used to measure the abundance of marine bacteria at a variety of depths.