PRECYM : Plate-forme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie
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lundi 17 juin 2013
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Brèves
Prospective SIC de l’INSU
dimanche 2 juin

Le colloque de restitution de la 3e prospective nationale de recherche 2013/2017 des Surfaces et Interfaces Continentales (SIC) piloté par le CNRS-INSU s’est tenu du 21 au 23 mai au CNRS -3 rue Michel-Ange à Paris.

C’est un évènement important pour la communauté scientifique concernée. La restitution de la programmation SIC dont fait partie EC2CO, prévue les deux premiers jours, a illustré les grandes thématiques relatives à SIC et a nourri la réflexion sur la prospective. Le Comité scientifique d’EC2CO a retenu le projet de Gérald Grégori, soutenu par les moyens de la plate-forme PRECYM, pour présenter ses travaux par une communication orale. L’intervention "Monitorage in situ et à haute fréquence de la dynamique des assemblages phytoplanctoniques (MISE) " a été dispensée le mardi 21 mai à 17h15.

 
Le phytoplancton : un monde microscopique en évolution
samedi 25 mai

Le plancton végétal, encore appelé phytoplancton, est à la fois un régulateur et un baromètre de la santé des océans. Son étude permet de suivre l’évolution des océans et de comprendre certains changements climatiques. Il existe un grand nombre de variétés de phytoplanctons (voir le paradoxe du plancton sur ce sujet), de différentes formes et dont les tailles varient de quelques dixièmes à quelques millièmes de millimètres.

L’étude du phytoplancton est un domaine aux enjeux importants car il joue un rôle prépondérant sur l’évolution de l’environnement : il pompe le CO2 (gaz à effet de serre) et produit de l’oxygène. Mais il est également très sensible aux changements climatiques et aux pollutions induites par les activités humaines. Cette sensibilité lui permet de réagir rapidement aux changements environnementaux, parfois à son avantage (apparition de certaines variétés), parfois à son détriment (disparition). Cela lui confère un rôle de baromètre des océans.

Aujourd’hui des capteurs automatisés basés sur des bouées en mer, sur des navires scientifiques et dans des locaux dédiés ont pour objectif d’analyser la composition et la dynamique du phytoplancton à différentes échelles spatiales et temporelles. Ces instruments sont des cytomètres en flux qui utilisent des techniques très récentes de spectrométrie : de l’eau est prélevée automatiquement, les particules et les cellules sont séparées, alignées et entraînées jusqu’à un faisceau laser. En fonction de leur forme, de leur taille, de leur contenu pigmentaire les cellules vont diffuser les photons des lasers à des intensités variables et émettre de la fluorescence qui varie en qualité et en intensité. La combinaison de ces signaux constitue une véritable signature optique de la composition du milieu marin.

Des outils mathématiques puissants sont nécessaires pour extraire le maximum d’informations à partir de ces données. Une approche basée sur l’analyse statistique des données a été explorée et a fait naître un projet de surveillance automatisée du milieu marin. Ce projet s’appuie sur des méthodes statistiques faisant intervenir les processus aléatoires, qui décrivent l’évolution temporelle des observations, les techniques de segmentation d’image pour représenter la répartition des espèces et l’analyse bayésienne. Cette dernière technique permet d’intégrer les informations a priori des biologistes sur la répartition du phytoplancton dans certaines zones.

L’enjeu est de taille : bien reconnaître les espèces ou les cellules en présence permet de déterminer avec précision l’environnement marin. Ensuite, il s’agit de mettre en évidence les liens entre les variables environnementales, comme la température, la salinité, le pH, la concentration en sels nutritifs, la présence de prédateurs et d’autres encore, et l’évolution des cellules, ce qui va permettre de mieux comprendre l’évolution des océans. Enfin, ce projet vise à détecter rapidement des changements de composition, ce qui permettrait de donner l’alerte en cas de risques de pollution ou de modification soudaine du milieu marin.

Brève rédigée par Denys Pommeret (IML, Univ. Aix-Marseille) d’après des travaux réalisés au MIO (Marseille) en collaboration avec l’IML (Marseille), le LISIC (Côte d’Opale) et le MISTEA (Montpellier).

 
Première place accordée au CNRS par le Scimago Institutions Ranking (SIR) - CNRS awarded first place at the SCImago Institutions Ranking by (SIR)
jeudi 3 janvier

Première place accordée au CNRS par le Scimago Institutions Ranking (SIR) qui produit le classement le plus complet des meilleurs institutions scientifiques mondiales.

Le CNRS figure également en 2012 parmi les 100 institutions mondiales, publiques ou privées, leaders dans le domaine de l’innovation (« Top 100 global innovators », Thomson-Reuters).

CNRS awarded first place at the SCImago Institutions Ranking by (SIR), which produces the most comprehensive ranking of the best scientific institutions worldwide.

CNRS is also in 2012 among the 100 global institutions, public and private leaders in the field of innovation ("Top 100 global innovators," Thomson-Reuters).

 
L’observation in situ à haute fréquence du phytoplancton à l’honneur dans le journal Le Monde
samedi 1er septembre

Un article paru dans le journal Le Monde du 25 août 2012 et intitulé : Des microalgues sous haute surveillance met à l’honneur l’’observation in situ à haute fréquence du phytoplancton.

Lien vers l’article

 
A new movie about the phytoplankton monitoring in the Bay of Villefranche (NW Mediterranean Sea)
jeudi 31 mai

This movie aims to describe the instruments installed on the buoy for this preliminary project. Some data are also presented. To watch the movie, click here This project is a collaborative project between MIO (Marseille), LOV and OOV (Villefranche-sur-mer), and LOG (Wimereux)

BoueeEOL

People involved :
- Gérald Grégori and Michel Denis (MIO)
- Melilotus Thyssen, Felipe Artigas (LOG),
- Jean-Michel Grisoni (OOV)
- Maria-Luiza Pedroti and Laure Mousseau (LOV)

Support of :
- the crew of the La Velelle (ship of the OOV)
- the support of the Service d’Observation (MIO)
- the Cytobuoy b.v. compagny (The Netherlands)
- Program EC2CO PNEC (MISE ; PI : G. Grégori)

 
AFCA Meeting organized by the CIML
mercredi 7 octobre 2009
par gregori
popularité : 42%

Thursday, November 5th : Symposium

CIML, amphitheatre

9h-Openning

Introduction : Marie Malissen & Daniel Olive

9h-10h30 : Session 1, Chairman Herve LUCHE

9h00-9h15 : Marc DALOD, CIML Marseille, France Use of multiparameter flow cytometry for single cell profiling of innate cytokine production in vivo during a viral infection

9h15-9h30 : Françoise GONDOIS-REY, CRCM Marseille, France Multicolor flow cytometry analysis of innate responses following interaction with herpes, flu and HCV

9h30-9h45 : Nathalie AUPHAN-ANNEZIN, CIML Marseille, France Design of long-lived effector CD8 T cells by manipulation of a master transcription factor

9h45-10h30 : Victor APPAY, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France Premature immune risk phenotype in subjects thymectomized during early childhood

10h30-11h00 : Coffee Break

11h00-12h30 : Session 2, Chairman Sophie UGOLINI

11h00-11h15 : Hervé LUCHE, CIML Marseille,France

- Multiparameter analysis of early T cell development

11h15-11h30 : Nolwenn LEMEUR, INSERM/IRISA Rennes, France

High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor

11h30-12h15 : Pratip CHATTOPADHYAY, NIH, Bethesda, USA The Many Hues of Human Immunity : Recent Applications of Polychromatic Flow Cytometry

12h15-12h30 : Gerald GREGORI, Laboratoire de Microbiologie, Geochimie et Ecologie Marine, Marseille,France

12h30-13h45 : Lunch Buffet at CIML for all register participants

13h45-14h15 : Industrial Session 13h45-14h00 : Bienvenu MAYEMI, Beckman Europe

Révolution en Cytométrie en Flux

14h00-14h15 : Robert BALDERAS, BD Biosciences, USA

Activation status analysis in the single cells

14h15-15h30 : Session 3, Chairman Sandrine SARRAZIN

14h15-14h30 : Stéphane MANCINI, CIML Marseille, France Multiparametric analysis of B lymphopoiesis

14h30-14h45 : Fabiola ZELADA, CIML Marseille, France Multicolor FACS analysis to dissect macrophages development and functions

14h45-15h00 : Marie-Laure THIBULT, CRCM Marseille, France Multicolor flow cytometry of lymphoma microenvironment

15h00-15h45 : Jean-Charles GRIVEL, NIH, Bethesda USA, France Flow cytometric analysis of cultured complex human tissues

15h45-16h15 : Coffee Break 16h15-17h30 : Session 4, Chairman Stephane MANCINI 16h15-16h30 : Claude GREGOIRE, CIML Marseille, France Analysis of intracellular kinases using cytometry

16h30-16h45 : Jacques NUNES, CRCM Marseille, France Phospho flow for the analysis of acute myeloid leukemias

16h45-17h30 : Garry P. NOLAN, Stanford Univ., Stanford, USA Ultra High Dimensional Flow Cytometry For Signaling Analysis of Diseased Immune Cell Subsets

17h30-18h30 : Cocktail

Friday, November 6th : Workshop*

*for selected participants only

9h30-12h00 : Morning workshop

Round Table 1 : max. 20 participants

Organized by Marie Malissen & Jacques Nunes

Garry P. NOLAN, Stanford Univ., Stanford, USA Multiparameter phosphoprotein analysis in single cells by flow cytometry and FACS (CIML, Kourilsky-Fougereau room)

12h00-13h30 : Lunch

For register participants

13h30-16h00 : Afternoon workshop

Practical course : max. 8 participants

Organized by Atika Zouine & Pierre Grenot Pratip CHATTOPADHYAY, NIH, Bethesda, USA Application of Quantum Dots to multicolor flow cytometry

(CIML, Laboratory would be specified later)

Round Table 2 : max. 20 participants

Organized by Samuel Granjeaud & Hervé Luche

Nolwenn LEMEUR, INSERM/IRISA Rennes, France

FlowCore : A Bioconductor package for high throughput flow cytometry

(CIML, room would be specified later)