mercredi 8 février 2012
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Parution du livre :
Ecologie microbienne Microbiologie des milieux naturels anthropisés
Cet ouvrage est un traité d’écologie microbienne dont l’objectif est l’étude des micro-organismes dans les milieux naturels et anthropisés. Le « compartiment microbien », qui est une composante des écosystèmes, regroupe les procaryotes et eucaryotes unicellulaires ; les virus sont également objet d’étude dans la mesure où ils sont impliqués dans des problématiques écologiques et environnementales.
Les thématiques développées ont pour but la connaissance : I de l’origine des micro-organismes et de leur évolution ; II de leur diversité taxonomique et fonctionnelle ; III de leur adaptation aux conditions environnementales ; IV de leurs interactions biotiques et abiotiques ; V de leur activité au sein des écosystèmes, en particulier leur intervention dans les cycles géochimiques ; VI de leur capacité de biodégradation, notamment des xénobiotiques, mise au service de la protection des écosystèmes et de la réhabilitation de sites contaminés.
L’ouvrage, qui n’a pas d’équivalent en langue française, s’adresse prioritairement aux étudiants des licences et des masters scientifiques et professionnels, et aux doctorants. Il est également très utile aux chercheurs et aux enseignants-chercheurs, en particulier les microbiologistes et les écologues, qui souhaitent approfondir leur connaissance de la microbiologie des milieux naturels.
Editeurs : Jean-Claude BERTRAND, Pierre CAUMETTE, Philippe LEBARON, Robert MATHERON et Philippe NORMAND
Dans le supplément du quotidien La Provence paru le 16 décembre et destiné au Forum Mondial de l’eau, le Centre d’Océanologie de Marseille* et le travail de ses chercheurs sont mis à l’honneur.
* : Le COM deviendra dès le 1er janvier prochain l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO).
Le quotidien La Provence a publié un article dans son édition du 18 novembre 2011, en page 10 à propos de la 5th International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level organisé par Gérald GREGORI, avec le soutien de l’équipe PRECYM.
Zoom sur un Article :
Despite recent progress in cell-analysis technology, rapid classification of cells remains a very difficult task. Among the techniques available, flow cytometry (FCM) is considered especially powerful, because it is able to perform multiparametric analyses of single bio- logical particles at a high flow rate–up to several thousand particles per second. More- over, FCM is nondestructive, and flow cytometric analysis can be performed on live cells. The current limit for simultaneously detectable fluorescence signals in FCM is around 8–15 depending upon the instrument. Obtaining multiparametric measure- ments is a very complex task, and the necessity for fluorescence spectral overlap com- pensation creates a number of additional difficulties to solve. Further, to obtain well- separated single spectral bands a very complex set of optical filters is required. This study describes the key components and principles involved in building a next-genera- tion flow cytometer based on a 32-channel PMT array detector, a phase-volume holo- graphic grating, and a fast electronic board. The system is capable of full-spectral data collection and spectral analysis at the single-cell level.
En décembre Dernier lors de "La grande émission" de la Chaîne de télé marseillaise LCM, Xavier Petit a diffusé un petit documentaire sur le Centre d’Océanologie de Marseille, composante de l’Université de la Méditerranée. Pour présenter cet Observatoire des Sciences de l’Univers, son Directeur, le Professeur Ivan Dekeyser, nous a fait l’honneur d’être interrogé dans une des salles de la plate-forme PRECYM.
Le podcast de l’émission est disponible ici :http://myreplay.tv/v/5lsIPQJj
(Durée : 06:01 | Date de production : 20/12/2010 )
La Plate-forme REgionale de CYtométrie pour la Microbiologie PRECYM a été créée en 2005 avec le soutien d’un consortium de 6 unités de recherche liées à l’Université de la Méditerranée, au CNRS et à l’IRD pour répondre à une forte demande de la part des laboratoires dans le domaine de la cytométrie en flux.
PRECYM est spécialisée dans l’analyse à l’échelle individuelle des micro-organismes (dans une gamme de taille de l’ordre de 0,05 à 1000µm) : identification, tri, dénombrements, physiologie, viabilité, activités. Elle met à disposition des équipes du COM et des autres unités/instituts de recherche, du domaine public ou privé son savoir faire et ses instruments. Son but est d’offrir aux microbiologistes la possibilité d’utiliser de nouvelles approches en garantissant une exploitation technique, économique et scientifique optimale des instruments. Ainsi ils n’ont pas à fournir eux-mêmes l’effort d’investissement en équipement et en savoir faire.
PRECYM a trois missions : i) Expertise, ii) Conseil et accompagnement, et iii) Formation-Cours
La plate-forme intervient dans :
L’aide au développement et/ou l’amélioration d’un protocole expérimental,
L’aide à l’analyse et à l’interprétation des données de cytométrie et des résultats,
La formation à l’utilisation des instruments de la plate-forme,
L’expertise pour les laboratoires privés aussi bien pour l’analyse que pour le tri d’échantillons.
Tout naturellement, la gamme des utilisations en microbiologie est très large et concerne différents domaines (environnement, santé, biotechnologie, etc...).
La plate-forme PRECYM est co-financée par l’Union Européenne. L’Europe s’engage en PACA, avec les Fonds Européens de développement régional.
par Aude BARANI
http://www.elsevier.com/locate/marpolbul
doi:10.1016/j.marpolbul.2012.01.008
The spatial variations of the picoplankton (photoautotrophic and heterotrophic microorganisms) in the Ahe atoll lagoon were studied in May and October 2008 to assess whether they were affected by human activities along the atoll. Spatial patterns were studied using 10 sampling stations (...)
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par gregori
L’objectif est d’étudier la dynamique des assemblages phytoplanctoniques dans la Baie (...)
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par gregori
Marc Bouvy, Christine Dupuy, Marc Pagano, Aude Barani, Loic Charpy (2012) Do human activities affect the picoplankton structure of the Ahe atoll lagoon (Tuamotu Archipelago, French Polynesia) ? Marine Pollution Bulletin in press http://www.elsevier.com/locate/marpolbul (...)
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par gregori
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par gregori
Il participe ainsi à la régulation du climat, et à la limitation de l’effet de serre. Pour en savoir plus, voici une Vidéos en ligne - Canal IRD
Afin d’étudier le devenir de l’azote atmosphérique fixé par Trichodesmium un projet de recherche est actuellement en cours, porté par Sophie Bonnet (IRD). La plate-forme PRECYM est associée à ce projet.
Réalisation : Hubert BATAILLE
Conseillers scientifiques :
Cécile DUPOUY, (...)
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