Laboratoire d’Océanographie Physique et Biogéochimique
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La Modélisation
Eco3M (Ecological Modular Mechanistic Model) est un outil numérique destiné à la modélisation biogéochimique des écosystèmes aquatiques, couplée ou non à une modélisation physique.
Cet outil a été conçu de façon à être aussi modulaire que possible, en utilisant notamment les potentialités du fortran 90/95. Ainsi, l’utilisateur peut personnaliser son modèle de façon à l’adapter à l’écosystème étudié, tout en ayant accès à une bibliothèque numérique contenant les fonctions mathématiques des principaux processus biogéochimiques mis en jeu par les organismes marins de la bactérie au zooplancton. Cette bibliothèque est destinée à être enrichie continuellement par les différents utilisateurs d’Eco3M.
Actuellement, Eco3M est déjà couplé à 3 modèles physiques, à savoir MARS3D (Lazure et Salomon, 1991 ; Lazure et al., 2008), SYMPHONIE (Marsaleix et al., 2008) et MOBEEHDYCS (Hess, 1989 ; Chevalier et al., 2004), c’est à dire que l’interface de couplage pour ces 3 codes a déjà été créée ou est en cours de réalisation. C’est aussi le modèle régional de biogéochimie marine choisi par le projet MORCE MED : Développement d’une plate-forme de modélisation régionale couplée pour l’étude des impacts régionaux du changement climatique - Application à la région Méditerranée.
Présentation détaillée d’Eco3M
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Comment construire son propre modèle ?
Avant d’introduire son modèle dans le fichier texte destiné à cet effet (’config.ini’ par défaut), l’utilsateur doit établir la liste des variables d’état qu’il souhaite représenter dans le modèle, et établir la matrice des flux qu’on notera M_FLUX reliant le cas échéant les variables d’état deux à deux. Les flux reliant une variable d’état et une autre variable non représentée dans le modèle doivent être répertoriés dans un vecteur qu’on désignera par V_SELF. La matrice M_FLUX étant symétrique, on ne (...)
Bibliothèque de processus biogéochimiques
Le code Eco3M possède un certains nombre de fonctions de processus déjà programmées. Elles sont distribuées dans différents répertoires à partir du répertoire F_PROCESS [cf Architecture d’Eco3M] . Un répertoire particulier est associé à chaque processus (par exemple, la respiration, répertoire RESP) ou à un type de fonction donné (exemple : les fonctions de quota sont regroupées dans le répertoire FQUOTA). Les répertoires actuellement référencés sont les suivants : fonctions de prédation (répertoire (...)
Projets impliquant Eco3M
L’outil Eco3M est actuellement utilisé dans le cadre de plusieurs projets nationaux et internationaux. Les recherches menées dans ce cadre contribuent au développement permanent de cette plate-forme de modélisation (introduction de nouveaux processus biogéochimiques dans la bibliothèque numérique, développement de l’outil informatique en vue de nouvelles applications, ...). Ces recherches incluent également des études de modélisation d’écosystèmes à différentes échelles. La Méditerranée constitue l’un (...)
Thèses participant au développement d’Eco3M
L’outil de modélisation Eco3M est utilisé par l’ensemble des modélisateurs du LOPB étudiant le fonctionnement biogéochimique des écosystèmes aquatiques. Ces différentes études contribuent au développement de l’outil, notamment dans le cadre de thèses. La liste des thèses en cours au laboratoire utilisant et contribuant au développement de l’outil Eco3M est donnée ci-dessous (ordre alphabétique). Rose Campbell Quantification des échanges côte-large de matière et d’énergie dus aux structures tourbillonnaires (...)
Comment télécharger les sources du projet Eco3M ?
Compte tenu de sa vocation communautaire, le code Eco3M est géré par le contrôleur de version Subversion. Pour accéder au contenu du projet, il est nécessaire d’utiliser un client Subversion. Une documentation rédigée par Alain Erard sur l’utilisation de ce dernier est disponible ici : Documentation sur Subversion Pour obtenir les paramètres de connexion nécessaires au téléchargement de ce projet, contacter Melika (...)
