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Programmes français :
- MERMEX : Projet actuellement en préparation qui constitue la composante Océanographie du Chantier Méditerranée. Ce programme vise à étudier la réponse des écosystèmes marins méditerranéens au changement global.

- SEA EXPLORER (projet du pôle mer PACA) : Développement d’un planeur sous marin autonome (glider) pour étudier l’extension et l’impact des rejets anthropiques dans les eaux côtières méditerranéennes (coord. : ACSA underwater GPS)

- UV-PACA : Impact du Rayonnement UV en Région PACA (Coord. : R. Sempéré).

- ANR - POTES : Pressure effects On marine prokaryoTES (coord. : C. Tamburini)

- PROOF-UVECO : Mer Méditerranée. Induction of microbial communities responses and dissolved organic matter transformations by UltraViolet radiation in marine ECOsytems (Coord. : R. Sempéré et F. Joux).

- PROOF-SINPAS : SINking PArticle Simulation (coord. : A. Bianchi et C. Tamburini)

- PROOF-PECHE (Production et Exportation du carbone : Contrôle par les organismes HEterotrophes a petite echelle de temps). Coord. : M. Goutx et V. Andersen.

- PROOF-POMME (Programme Océan Multidisciplinaire Méso Echelle). Rôle de la méso-échelle sur la subduction d’eau modale et la floraison printanière dans l’Atlantique Nord-Est. Description des processus régulant les caractéristiques physiques et biogéochimiques des masses d’eau modale et le devenir de la matière biogène subductée et exportée.

- PROOF-BIOSOPE (BIogeochemistry and Optics SOuth Pacific Experiment)

- PROOF-KEOPS (Kerguelen : Etude comparée de l’Océan et du Plateau en Surface et sub-surface.) coordinateurs S. Blain.

- PROOF-MELISSA (MEditerranée LImitationS SAisonnières) coordinateur C. Migon.

- CIMOM (Caractérisation individuelle des microorganismes marins) conduit par Michel Denis, concerne une demande d’équipement en cours de financement pour l’ensemble des composantes du Centre d’Océanologie de Marseille (cytomètre en flux à plusieurs lasers et doté de tri cellulaire électronique).

- CYMIS (cytométrie en flux in situ). L’objectif essentiel est d’expérimenter la surveillance du phytoplancton marin in situ à l’aide d’un cytomètre en flux immergé.

- PROOF-DOREMI (DOublement de la pression partielle en CO2 sur le REseau MIcroplanctonique) coordonné par Michel Denis, vise à étudier la réponse du réseau microplanctonique marin à un doublement de pCO2 (programme en phase d’exploitation)

Programmes internationaux :

- Le LMGEM est intégré au sein du réseau d’excellence européen EUR-OCEANS. Les programmes de recherche de l’unité LMGEM correspondent aux directions de recherche définies par le programme IGBP, comme le programme IMBER ou le programme SOLAS

- MATBIOPOL : Coordinateur Pierre Caumette Rôle des tapis microbien dans les processus de biorémédiation (suite envisagée dans le cadre du 6eme PCRD).

- BIODEEP (BIOtechnologies from the DEEP, Contract EVK3-2000-00042, 5th PCRD) : Microbial ecology and biotechnology of the Deep Hypersaline Anoxic Basins (DHABs).

- MEDFLUX : Flux particulaires en Mer Ligure. Coord. : Cindy Lee, Stony Brook University, NY (USA).

- ARCHIMEDES (Activity, Rates, Carbon use and HIgh-pressure Microbial Ecology of the DEep Sea). Coord. : Gerhard Herndl, NIOZ, Royal Netherlands Institute for Sea Research, Den Burg, Texel, The Netherlands.