La ciguatera (appelée "gratte" dans les îles du Pacifique) est un handicap sérieux à la consommation de poissons (et peut-être aussi des crustacés) de lagon. L'étude bibliographique montre qu'il est possible que l'on ait pu confondre jusqu'a présent la toxicité due aux Dinoflagellés, Gambierdiscus, et celle due aux Trichodesmium lorsqu'ils sont abondants ou qu'ils prolifèrent. Une étude de la toxicologie de cette cyanobactérie, ayant trait à la fois aux toxines qu'elle libère et aux cas de "gratte" recensés, serait à la fois originale et importante pour la connaissance de la toxicité des poissons de lagon. Des intoxications dues à l'ingestion de tortues marines dans la région de Madagascar et à Anjouan (Comores) pourraient être dues à des toxines de cyanobactéries (Quod, pers. comm.). D'autres espèces de cyanobactéries peuvent aussi être impliquées dans des efflorescences toxiques. Pour information, un programme sur la toxicité due aux efflorescences de Trichodesmium est en cours depuis 1998 au Vietnam dans le cadre de l'IOC et l'Université de Copenhague.

L'UR cyanobactéries marines a fait au PNEC (Programme National Environnement Côtier) , une proposition d'étude intitulée " Déterminisme et potentiel toxique des efflorescences de la cyanobactérie Trichodesmium dans le lagon de Nouvelle Calédonie". Ce projet a été financé. 

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