La dynamique du réseau microbien dépend des facteurs de contrôle descendants, en particulier du broutage par les consommateurs supérieurs. Les principaux microorganismes brouteurs sont les protozoaires, principalement les flagellés hétérotrophes, eux-mêmes consommés par les ciliés au sein de la boucle microbienne. Ils régulent donc de manière indirecte (effet des cascades trophiques) la dynamique des communautés bactériennes. Ainsi, les taux de croissance de chaque compartiment trophique dépendent de la pression de prédation exercée par l’ensemble des prédateurs du réseau microbien.