Les virus représentent une composante abondante, ubiquiste et dynamique des milieux aquatiques dont la cible principale est le bactérioplancton hétérotrophe en raison de sa domination quantitative. Cependant, en condition d’efflorescence, les populations cyanobactériennes sont également soumises à une forte pression lytique des virus cyanophages, capables d’en provoquer le déclin. L’activité de cette composante, largement méconnue, pourrait représenter l’un des facteurs de contrôle de ces organismes, en conjonction avec la prédation et l’autolyse.