Afin de mieux comprendre les raisons du succès écologique des cyanobactéries et préciser leur rôle dans les écosystèmes aquatiques continentaux et littoraux en zone tropicale trois thématiques ont été définies :

• Diversité et physiologie : les caractéristiques spécifiques des cyanobactéries, qui leur permettraient de s’adapter à une large gamme de conditions ambiantes, aux brusques variations environnementales, aux stress et aux xénobiobiotiques.
• Apports nutritifs : les rythmes, les modalités et la qualité des apports en nutriments et en oligo-éléments qui favoriseraient le développement de ces organismes.
• Transferts trophiques : la structure et le fonctionnement particuliers des réseaux trophiques tropicaux, qui expliqueraient les faibles transferts trophiques.