Les milieux aquatiques ont toujours attiré les communautés humaines. Aujourd’hui, c’est par centaines de millions que se comptent les habitants qui occupent et exploitent les zones côtières et leurs arrières-pays. Les conséquences de ces activités industrielles, agricoles et domestiques associées sont l’eutrophisation et la pollution croissante d’un nombre croissant de sites, qu’ils soient continentaux ou marins. Cette augmentation de la pression anthropique sur ces écosystèmes se réalise dans un contexte de changement climatique global. La conjugaison et l’interaction de ces effets sont à l’origine de problèmes dont le nombre et la gravité augmentent. L’altération de la biodiversité, les invasions biologiques ou les changements trophiques qui en découlent diminuent la valeur d’usage de ces milieux et peuvent provoquer des conflits d'intérêt.

Lorsque ces écosystèmes sont caractérisés par une faible profondeur moyenne et en fonction de leur morphologie, ils sont plus ou moins exposés à l’hydrodynamisme induit par les vents ou par les marées, qui facilite alors les mélanges verticaux et favorise la resuspension de sédiment ayant des effets sur la pénétration de la lumière dans les zones pélagiques et benthiques. Les échanges entre la couche euphotique et la zone profonde alimentée en éléments nutritifs issus de la minéralisation à l’interface eau-sédiment sont facilités et les relations trophiques entre les compartiments benthiques et pélagiques sont favorisées. Quels que soient leur statut trophique et la pression anthropique à laquelle ils sont soumis, tous ces milieux sont caractérisés par la présence de cyanobactéries qui forment parfois en milieu continental l’essentiel de la biomasse phytoplanctonique, jouant un rôle déterminant dans la structuration et le fonctionnement des écosystèmes. Organismes procaryotes photosynthétiques présentant une grande adaptabilité aux conditions environnementales, les cyanobactéries peuvent survivre et se développer dans des situations extrêmes. La capacité de certaines de ces espèces à fixer le diazote dissous provenant de l’atmosphère les affranchit des limitations ou des déséquilibres en ressources nutritives azotées. Par ailleurs, qu’elles soient de petite ou de grande taille, isolées, en chaînes ou en colonies, les cyanobactéries ne sont pas toujours consommées par les brouteurs ou les filtreurs pélagiques. Enfin, certaines espèces sont toxiques, caractéristique qui n’est pas sans conséquences sur les autres compartiments biotiques et sur les utilisateurs des plans d’eau. En raison de leurs capacités d’adaptation et du fait des biomasses qu’elles peuvent développer, les cyanobactéries jouent un rôle important : elles influencent la qualité et la productivité des écosystèmes et affectent à terme leurs usages.

Dans les pays du Sud, ces problèmes se posent avec plus d’acuité que dans les pays du Nord ; en outre, l’absence de réseaux de surveillance ne permet pas d’y suivre les changements écologiques et d’en estimer les conséquences. Ces écosystèmes tropicaux fonctionnent dans des conditions de températures élevées et assez peu variables, ce qui augmente le métabolisme des communautés présentes. Les modèles développés pour les systèmes tempérés ne sont par ailleurs pas directement transférables aux systèmes tropicaux, compte tenu de leurs particularités structurelles et fonctionnelles. Il y a donc un besoin réel de connaissances sur ces milieux et une demande sociétale forte sur la qualité et la préservation de ces systèmes aquatiques.