De nombreuses espèces de cyanobactéries sont peu consommées par les herbivores. Leur taille (petites ou grosses cellules isolées ou en colonies), leur forme (filaments, chaînes, spirales, amas) et la gelée qui protège certaines espèces leur confèrent une réelle capacité de résistance au broutage. En revanche, les cyanobactéries de plus petite taille, notamment celles appartenant au picoplancton, seraient davantage consommées par les protistes hétérotrophes et mixotrophes (Gonzalez et al., 1998) mais aussi par des organismes benthiques. C’est ainsi que dans les écosystèmes coralliens, elles seraient consommées par les communautés récifales (Yahel et al., 1998). Même si l’omnivorie représente la voie trophique prédominante au sein des écosystèmes tropicaux, l’activité herbivore généralement faible d’un zooplancton lui-même de petite taille pourrait entrer en compétition avec celle des poissons omnivores (Fernando, 2002). Les facteurs qui contrôlent l’importance relative de ces deux voies trophiques au sein des écosystèmes tropicaux demeurent cependant assez mal connus. Par ailleurs, la libération de produits toxiques réduirait l’impact potentiel des brouteurs (Ferrao Filho et al., 2000). L’action lytique des virus paraît être également un mode alternatif de contrôle des populations phytoplanctoniques, susceptible d’en contrôler les efflorescences tout en contribuant au recyclage de la matière organique par la remise en circulation des produits lysés sous forme dissoute (Brussaard, 2004). Enfin, les bactéries hétérotrophes, aptes à la survie et développant de remarquables capacités de résistance aux stress, vont entrer en compétition avec les organismes photosynthétiques et donc avec les cyanobactéries pour l’accès aux ressources nutritives. Le développement d’une boucle microbienne, complémentaire de la voie trophique « classique », renforcerait le rôle fonctionnel des cyanobactéries et en particulier celui des cellules picoplanctoniques (Zubkov et al., 2003).
Des travaux récents insistent sur la complexité des interactions trophiques et stoechiométriques entre groupes fonctionnels du phytoplancton, du zooplancton et des poissons et modulent les prédictions de la théorie des cascades trophiques (Agrawal, 1998 ; Hulot et al., 2000 ; Sterner & Elser 2002). L’inadéquation entre les tailles des algues et celles des brouteurs dominants, ou une forte pression de prédation sur les brouteurs, peuvent expliquer une dominance ou une prolifération algale, même si le fourrage phytoplanctonique disponible est consommable. A l'inverse, une efflorescence d’algues non consommables sera peu influencée par la présence de brouteurs. En outre, l’efficacité avec laquelle la matière organique est transférée vers les niveaux supérieurs dépend du différentiel de croissance entre algues et brouteurs, ce qui contribue à expliquer le décalage temporel dans le contrôle trophique des efflorescences.