Qu’ils soient d’origine naturelle ou anthropique, les nutriments sont déterminants pour la dynamique des organismes autotrophes, tant du point de vue de leurs concentrations que de leurs rapports stoechiométriques. En zone tropicale, les apports naturels allochtones ont une forte saisonnalité via la crue, les poussières en saison sèche et les pluies en saison humide. En outre, dans les milieux peu profonds, la périodicité des mélanges verticaux régule la rythmicité des apports nutritifs ayant pour origine le recyclage local à l’interface eau-sédiment (IES) vers la couche euphotique où se fait la production primaire. Les apports sont souvent importants dans les milieux lacustres ou marins côtiers sous influence humaine;  l’anthropisation croissante des bassins versants et des écosystèmes aquatiques est un facteur favorisant le développement des cyanobactéries. Le rôle des oligo-éléments, des métaux en particulier, et des sidérophores, chélateurs permettant d’obtenir le fer nécessaire à la fixation d’azote en condition de fer limitant, sera abordé.