La dynamique du phytoplancton résulte de la combinaison d’effets antagonistes tels la disponibilité des ressources énergétiques et nutritives ou la pression de broutage exercée par les consommateurs herbivores et des caractéristiques physiologiques spécifiques aux taxons permettant leur adaptation à ces effets. Ces processus créent des pressions sélectives qui favorisent certains groupes, et en particulier des cyanobactéries (Reynolds et al., 2002). Ainsi, la température élevée de l'eau et les fortes irradiances favorisent la dominance de ces procaryotes. Un certain contrôle de leur flottabilité et des pigments accessoires qui permettent de diversifier leur capacité d’accès à la lumière sont aussi des avantages par rapport aux espèces moins bien adaptées aux faibles éclairements (Fuhrman 2003). Enfin, l’aptitude de certaines espèces à la diazotrophie atténue les conséquences d’une limitation de l’azote minéral dissous dans le milieu. Les xénobiotiques, d’usage répandu et mal contrôlé dans les pays du Sud, représentent un autre facteur d’anthropisation qui perturbe les dynamiques planctoniques et qui pourrait favoriser le développement des cyanobactéries. Par exemple, on connaît encore fort mal leurs réponses à ces produits, à des expositions à des éclairements ou à des températures extrêmes. Certaines spécificités qui favorisent le développement des cyanobactéries, organismes que Chorus & Batram (1999) qualifient d’« écostratégistes », demeurent cependant mal connues. Dans les milieux tropicaux, plusieurs des caractéristiques physiologiques intrinsèques à ces organismes combinées aux spécificités propres à ces écosystèmes pourraient leur conférer de nets avantages sélectifs par rapport aux autres groupes phytoplanctoniques.