L’installation du laboratoire annexe IRD/IH.SM a été programmée pour servir de support aux objectifs du programme ECABIOLA, en attendant la construction du centre halieutique à Ambinanibé (là où il y a une grande embouchure) à 7 km de Fort Dauphin, au bord de la lagune Ambinanibé. Elle a été financée par le SCAC (Service de Coopération et d'Action Culturelle de l'ambassade de France), agent payeur du programme MAE/CORUS/ECABIOLA.

Le laboratoire IRD/IHSM d'Ambinanikely (là où il y a une petite embouchure) a été inauguré le lundi 6 juin 2005 en présence des autorités Civiles et Militaires.