Un des principaux facteurs contrôlant l'abondance et la biomasse du picophytoplancton est le broutage qui est exercé par des protozoaires (flagellés et ciliés) et des métazoaires (éponges, coraux, appendiculaires …) Les filtreurs sont donc capables de contrôler la croissance. Si la prédation n'est pas sélective comme pour les coraux (Yahel et al. 1998) il n'y a pas modification de la structure des communautés. Si la prédation est sélective (éponges, appendiculaires) il y a modification de la structure. La sélectivité est peu intense chez les éponges ainsi Pile et al (1996) ont observé que les éponges filtraient les Prochlorococcus les Synechococcus et les picoeucaryotes avec une efficacité respective de 93 %, 89 % et 72%. La présence d’éponges entraîne une diminution relative des procaryotes par rapport aux eucaryotes Pile (1997). Enfin de manière plus générale il semble que les Synechococcus sont particulièrement prisés par des Ciliés (Christiaki et al, 1999, Loret et al; 2000) alors que les flagellés se nourrissent particulièrement bien de Prochlorococcus (Guillou et al., sous presse). Il est à noter que les grands filtreurs tels que les appendiculaires ingèrent les Prochlorococcus les Synechococcus et les picoeucaryotes mais ne digèrent que les Prochlorococcus et les picoeucaryotes. Les Synechococcus transitent sans dommage apparent à travers le tube digestif. Ils sont compactés dans les pelotes fécales et exportés par sédimentation vers les couches sous-jacentes (Gorsky et al., 1999, Gorsky et Blanchot, 2001).

La présence de fermes perlières peut aussi entraîner une modification de la structure du phytoplancton. En effet, si les huîtres perlières ne consomment pas de particules de taille < 3 µm, elles consomment par contre les micro-brouteurs du phytoplancton (Loret et a. 2000). Enfin les produits issus de leur métabolisme entraînent une augmentation de la production de certains groupes du phytoplancton (Vacelet et al 1996). Enfin le micro et le meso zooplancton est un consommateur important du phytoplancton. A Tikehau, Le Borgne et al (1989) ont montré que le zooplancton >35 µm consommait plus de 60 % de la production phytoplanctonique.