Depuis plusieurs années, la hausse de la fréquentation provient quasi exclusivement du tourisme de destination. Le tourisme de circuit, fait d'escales successives dans différents pays ("Tour du monde") a parallèlement fortement diminué depuis le milieu des années 80. Il représente aujourd'hui un quart des effectifs (41 700 personnes en 1996) contre 54% en 1985 (65 000 personnes).

Le tourisme d'agrément apparaît toujours le principal motif du séjour, regroupant plus de 70% des effectifs. Les voyages de noces constituent la deuxième motivation (12,6%), la visite de la famille ou d'amis n'arrivent qu'en troisième position (8,1%) juste devant les voyages d'affaires (7,2%).
C'est pourquoi, l'hôtel est de loin le mode d'hébergement dominant, utilisé par 84% des touristes. Par ailleurs, il convient de rajouter près de 9 000 excursionnistes ou "visiteurs de la journée", correspondant aux croisiéristes logés à bord de bateaux en transit. Depuis 1992, un important effort de rénovation et de développement du parc hôtelier a été entrepris sur le Territoire. Le nombre de chambres en hôtellerie classée a augmenté de 400 unités entre 1992 et 1996, soit un accroissement de l'offre de 15%, principalement à Bora-Bora, Huahine et Moorea. Compte tenu des projets et chantiers en cours, la capacité devrait atteindre les  4 000 unités fin 1999, contre 3 075 en 1996.
En conséquence, les atolls qui ne disposent seulement que de quatre hôtels classés localisés à Rangiroa pour trois d'entre eux et à Manihi, n'ont pas la capacité d'accueil recherchée par les touristes.

Le nombre de touristes visitant les atolls n'est pas connu des différents services spécialisés (Service du Tourisme, G.I.E. Tahiti Tourisme, G.I.E. Tahiti Manava). Cependant, une estimation pour Rangiroa, principal atoll touristique du Territoire est fournie : 

Le nombre limité de chambres en hôtellerie à Rangiroa ne permet pas d'accroître le nombre de touristes qui semble se restreindre autour de  15 500. 

L'éloignement et l'éclatement géographique des atolls ne facilitent pas le développement d'un marché touristique régulier, condition indispensable à l'établissement de structures classées qui nécessitent de lourds investissements. De plus, la topographie des atolls fragile et exposée aux intempéries, ne se prête pas toujours à ce type de construction.
Cependant les atolls comptent justement sur ces paysages uniques au monde pour attirer une clientèle de loisirs, en quête d'espaces maritimes idylliques.
Le tourisme dans ces atolls est d'ailleurs ouvert essentiellement à la pratique de sports aquatiques, notamment la plongée.



Quatre atolls disposent de clubs : un à Tikehau, un à Manihi, un à Fakarava et onze à Rangiroa. Les sites de plongée qu'offrent les atolls sont d'une richesse faunistique exceptionnelle pour la Polynésie. Fakarava deuxième atoll plus grand des Tuamotu, sera intégré à la future réserve de biosphère classée par l'Unesco qui couvrira l'ensemble de la commune de Fakarava. Le centre de plongée présent dans cet atoll est équipé pour 10 plongeurs. Il fonctionne toute l'année. Deux pensions de familles permettent l'hébergement des touristes. L'atoll le plus grand de Polynésie française, Rangiroa est l'exemple le plus accompli de développement touristique dans ces écosystèmes ouverts au monde marin. Avec pas moins de onze clubs de plongée, l'atoll entretient sa dynamique touristique à 90% tournée vers cette activité (vidéo).
Un autre moyen de visiter les Tuamotu consiste à louer  un catamaran, certains peuvent accueillir jusqu'à  16 personnes et organisent des croisières sur le thème de la plongée sous marine dans plusieurs atolls.