Les ventes de poissons lagonaires ou de récifs, unique production commercialisée dans les atolls, sont organisées en Polynésie autour de deux marchés, Papeete qui représente 70% du tonnage et Pirae, sur l'île de Tahiti.
Sur le marché de Papeete, les poissons lagonaires représentent 54% des ventes, loin devant la bonite 22% et les thons 11,5% en 1996.
La répartition du tonnage en fonction du secteur géographique de provenance du poisson toutes espèces confondues, met en évidence les capacités productives des atolls des Tuamotu qui détiennent 42,6% du total. Lorsqu'on considère uniquement les poissons de lagons, les atolls produisent pour cette catégorie, 90% des ventes du marché de Papeete.
En terme monétaire, ceci signifie pour l'année 1996, un montant estimé à 340 800 Fr. CFP.
Cependant en tonnage, la production toutes espèces confondues ne cesse de diminuer puisqu'elle est passée de 1 952 tonnes en 1990 à 1 189 tonnes en 1996. Cette baisse provient exclusivement des poissons de lagon et des bonites, dont les ventes on été divisées par deux durant cette période.
En revanche, les quantités de thons et autres espèces hauturières (mahi mahi principalement) commercialisées sur ces marchés municipaux, sont en augmentation.

Alors que la pêche lagonaire constitue plutôt une alternative au chômage ou à l'inactivité à Tahiti et Moorea, elle intervient souvent en complément d'une autre activité dans les atolls (coprahculture, perliculture et tourisme).

L'objectif du Gouvernement de Polynésie est d'assurer une assistance à la pêche traditionnelle, lagonaire et côtière, conscient à l'exemple du coprah, du rôle économique et social joué par cette activité dans les atolls.
Le lancement d'une étude de la filière pêche en Polynésie française devrait estimer le potentiel commercial du secteur dans l'archipel des Tuamotu-Gambier.

Pour autant, le développement de ce secteur semble se heurter à la concurrence croissante de la pêche hauturière industrielle dont les navires  palangriers, thoniers et bonitiers sont plus rentables et bénéficient de nombreuses exonérations, détaxation des carburants et  des équipements.
Depuis 1995 un Marché d'Intérêt Territorial (MIT) a permis la mise en place d'un réseau commercial fiable, ceci afin de régulariser les prix et d'offrir à la clientèle des produits de meilleure qualité. Ce marché concerne uniquement les pêches hauturières notamment celle du thon. 
Les prises sont destinées à l'exportation vers l'étranger pour assurer le développement autonome des ressources du Territoire et contrecarrer les dépenses issues des importations. En effet, malgré la richesse marine de la Polynésie, le Territoire importe environ 100 à 150 tonnes par an de poissons, souvent des "variétés de luxe" (saumons,...) inexistantes dans ces eaux. En l'absence d'industrie de transformation des produits de la pêche sur le Territoire, les importations de préparations et conserves de poissons sont encore plus élevées pour atteindre 378 millions de Fr. CFP en 1996 soit 1 560 tonnes.


Quelles alternatives pour le secteur de la pêche dans les atolls?

Les atolls peuvent, avec le développement certes timide de nouvelles zones comme les Tuamotu Est et Nord-Est, tenter à l'échelle du Territoire une spécialisation sur la pêche lagonaire par opposition au marché hauturier. Cette distinction qualitative des captures, éviterait toute concurrence, l'un étant voué au marché intérieur, l'autre à l'exportation internationale. Les atolls bénéficient pour cela de l'immense potentiel d'exploitation de ses 72 îles et d'un marché fort d'une population supérieure à 200 000 habitants en pleine croissance. Cette perspective techniquement moins coûteuse permettrait de se réaliser à court terme.
Par ailleurs, l'archipel des Tuamotu-Gambier peut envisager de manière complémentaire, le développement d'une pêche côtière voire hauturière autour de ports équipés comme celui de Rangiroa aux Tuamotu Ouest, Hao aux Tuamotu Centre. Le secteur profiterait de l'établissement de bases arrières à proximité de nouvelles zones de pêche contribuant ainsi à accroître la production et à uniformiser l'exploitation de son immense ZEE jusqu'alors dans cette partie, délaissée aux navires coréens.