Contrairement aux autotrophes, les hétérotrophes ne peuvent se contenter de matière minérale pour se développer, ils ont besoin de la matière organique d’autres organismes.

Les hétérotrophes de la colonne d’eau sont les bactéries (procaryotes), les protistes et le zooplancton. Ce dernier groupe peut être séparé par la taille: en micro (35-200 µm), méso (200-2000 µm) et macro (> 2000 µm) zooplancton.
Les hétérotrophes du benthos peuvent être séparés en méiofaune (métazoaires de taille comprise entre 100 et 2000 µm) et macrofaune (métazoaires de taille supérieure à 2 mm). Ces organismes vivent au sein (cas de la méiofaune et d’une partie de la macrofaune) ou à la surface des sédiments ou sur les pinacles coralliens.

Le schéma du réseau trophique lagonaire est une représentation moyenne à un instant donné, des biomasses des différents compartiments d’autotrophes et d’hétérotrophes (exprimées en terme d’unité de biomasse par unité de volume ou surface) et des échanges de matière et d’énergie entre ces compartiments (exprimés en terme d’unité de biomasse par unité de volume ou surface et par unité de temps).