A Takapoto, la température de l'eau varie de 27 à 30°C et la salinité de 37 à 39 psu. A Tikehau, la température de l'eau est la même mais la salinité est plus faible : 35.5 psu en moyenne (Charpy L. 1985). Cette différence de salinité observée entre ces deux lagons dont le  bilan évaporation/précipitation est supérieur à 1, reflète la différence du temps de résidence des eaux qui est estimée à 4 ans pour Takapoto (Magner & Wauthy 1976) et à 0.5 ans pour Tikehau (Lenhardt 1991). Dans les autres lagons étudiés, la salinité est comprise entre 35 et 37 psu excepté Taiaro avec 43 psu. Ce dernier lagon est quasi complètement isolé de l'océan.

• Les atolls de Polynésie reçoivent une énergie lumineuse importante avec des moyennes mensuelles variant entre 35 et 55 Ei m^-2 jour^-1 (Tikehau). Quelques courbes d'énergie journalière apparaissent dans l'exemple de Takapoto.

• Les pourcentages de l'énergie lumineuse de surface qui atteint 25m (profondeur moyenne des lagons de Takapoto et Tikehau) sont de 10 % pour  Takapoto et 17 % pour Tikehau. 

• Dans d'autres lagons d'atolls la pénétration de la lumière a été estimée à partir du disque de Secchi (Figure). Pour ceux de faible profondeur, le disque a été utilisé horizontalement.

• Excepté deux lagons sursalés (Taiaro et Takapoto), la salinité des eaux lagonaires est relativement constante (35-37 psu).

• L'énergie lumineuse incidente est forte dans l'ensemble de l'archipel des Tuamotu et les fonds de lagon sont bien éclairés compte tenu de la transparence des eaux. Un modèle de production primaire en fonction de l'énergie lumineuse montre que l'on n’observe pas de photoinhibition même aux heures de plus fort ensoleillement (Charpy L. & Charpy-Roubaud CJ. 1990).