Les lagons d'atolls sont séparés de l'océan par une barrière récifale recouverte par endroits d'îlots appelés motu en Tahitien. Des passages permettant les échanges entre lagon et océan existent dans la plupart des atolls; on les appelle hoa dans le cas de chenaux de faible profondeur ou passe lorsque ils sont navigables. C'est par ces passages que le lagon se vide ou se remplit au rythme des marées mais aussi en fonction de la houle. De nombreuses espèces de poissons utilisent les chenaux de communications pour passer une partie de leur vie dans le lagon. Selon le degré d'ouverture du lagon, ses caractéristiques physiques et chimiques seront plus ou moins différentes de celles de l'océan.

Les sédiments lagonaires sont constitués de sable fin provenant de la dégradation des constructions coralliennes, des algues calcaires et des coquilles des organismes qui y vivent. A la surface du sable on trouve des producteurs autotrophes microscopiques (algues et cyanobactéries), des algues macroscopiques et des plantes marines (phanérogames). Ces producteurs primaires sont consommés par des animaux (hétérotrophes) qui vivent sur ou enfouis dans les sédiments. A quelques cm sous le sable, des bactéries assurent la minéralisation de la matière organique.

Dans les eaux lagonaires, le phytoplancton assure la production autotrophe (primaire). Il est consommé par des organismes hétérotrophes (zooplancton). Des bactéries présentes dans la colonne d'eau reminéralisent la matière organique et participent activement au cycle de l'azote et du phosphore.