Un poisson herbivore dans un champ de Caulerpa bikiniensis

Outre la contribution directe de certaines espèces à la chaîne trophique, les algues benthiques participent activement à la production primaire avec une contribution de l'ordre de 5,5 kg de carbone par m² et par an. Par ailleurs, l'exubérance des formes calcifiées dans le milieu corallien confère aux algues un rôle important dans la calcification des récifs de l'ordre de 4,5 kg de carbonate de calcium par m² et par an. La bioconstruction est essentiellement le fait des algues rouges Corallinacées, tandis que la formation des sables revient principalement aux Halimeda (algues vertes).

Espèce d'algues rouges calcifiantes parmi les mieux représentées dans les récifs de Polynésie Française. Hydrolithon onkodes

Fixée dans les sédiments meubles, ses articles calcaires alimenteront les sables. Halimeda macroloba

La répartition bathymétrique

Les algues occupent à peu près tous les milieux dès lors qu'ils sont éclairés et humides, toutefois leur répartition bathymétrique est limitée par leur capacité photosynthétique.

Dans les zones tropicales, certaines algues (Corallinacées) ont été récoltées jusqu'à 268 mètres de profondeur (Bahamas) ; toutefois, c'est dans les premiers 30 mètres qu'elles sont les plus abondantes et les plus diversifiées.

La fixation au substrat

Les algues pluricellulaires vivent généralement fixées au substrat et constituent les algues benthiques, que l'on oppose aux formes unicellulaires libres du plancton. Le seul cas remarquable de grandes algues flottantes est celui des Sargasses de la Mer des Sargasses. Le cas tout aussi remarquable d'algue unicellulaire prisonnière du substrat est celui des zooxanthelles, algues qui vivent en symbiose avec les coraux.  

D'une manière générale, tout substrat solide inerte ou vivant peut être colonisé par des algues dès lors que sa longévité est suffisante. On parle d'algues épiphytes lorsqu'elles sont fixées sur d'autres algues, d'épizoïques lorsqu'elles vivent sur un animal et d'endolithes quand elles s'installent dans les substrats calcaires qu'elles perforent.

La nature du substrat intervient dans la répartition des espèces par sa structure et sa texture. Ainsi on distingue :

des espèces de substrats durs, c'est-à-dire se fixant sur les roches compactes   Caulerpa peltata

et des algues de substrats meubles ou colonisant les accumulations sédimentaires. Caulerpa sertulariodes

Quel que soit le type de substrat, son degré de cohésion (stabilité) joue un rôle fondamental dans la durée de la fixation. C'est ainsi que les zones de substrats meubles soumis à un fort hydrodynamisme ne supportent jamais d'importantes populations d'algues.

L'influence de l'hydrodynamisme

L'agitation de l'eau, due aux variations du niveau de la mer, aux courants et à la houle, crée des forces variant en fonction de son intensité, aussi les organismes sont-ils sélectionnés sur leur capacité à résister aux forces d'arrachement. La zone de balancement des marées et de vagues constitue l'étage supérieur du système récifal, domaine privilégié des algues brunes photophiles et des algues rouges calcifiées. Le degré d'exposition des habitats à l'hydrodynamisme conduit à distinguer les milieux du mode battu au mode calme. En règle générale, le fort hydrodynamisme sélectionne les espèces aux larges crampons à la base des axes et dont la texture des thalles est relativement coriace mais flexible (Sargassum), ou encore les formes encroûtantes molles (Lobophora variegata) ou calcifiées (Corallinacées). Ces accommodations se traduisent souvent pour une espèce donnée par des variations morphologiques tel le nanisme (Turbinaria, Sargassum). 

De même, chez les algues rouges calcifiées, les formes encroûtantes massives abondent dans les milieux très battus (crête récifale), tandis que les formes lamelleuses caractérisent plutôt les modes calmes ou abrités. Les formes ramifiées présentent une grande variété de formes et de taille des branches mais on note une diminution des branches avec la force du courant (Neogoniolithon frutescens).

Elles sont présentées dans le chapitre communautés des atolls. 

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