Les fonds sableux des lagons sont souvent, en profondeur, couverts d'un film muqueux riche en bactéries ou d'un tapis de Cyanobactéries pouvant former des microbialithes (Phormidium spp.) où se mêlent des touffes d'algues rouges filamenteuses telles que Polysiphonia, Ceramium.