Parmi les espèces diurnes des récifs deux familles sont importantes par leur diversité. Elles sont  rarement observées par les plongeurs car elles sont cryptiques et de petite taille : les gobies et les blennies. 

Les gobiidae ou gobies

Ces poissons sont rarement abondants sur les récifs d’atolls, mais les gobies sont parfois les poissons dominants sur les fonds meubles où ils vivent dans des terriers, leur densité étant souvent bien plus importante que ne laisse imaginer la simple observation visuelle.

La grande majorité de ces poissons ne dépasse pas quelques centimètres, les plus petits vertébrés connus faisant partie de cette famille, avec des poissons adultes d’une taille de 15 mm. Les gobies présentent des modes de vie relativement variés, mais dans les atolls la plupart des espèces vivent sur le fonds. On observe des espèces associées à des terriers, ces derniers étant en général partagés avec des crevettes alphéides. Il s’agit d’un genre de symbiose, la crevette assurant l’excavation et l’entretien du terrier, le gobie assurant la sécurité et apportant les proies les plus importantes. Ces gobies vivent souvent en paires. Les autres gobies sont en général sans terrier et solitaires. L’alimentation des gobies comprend surtout de minuscules invertébrés, mais de nombreuses espèces sont aussi planctophages. Il existe un groupe spécialisé (Gobiodon spp.) qui est associé aux coraux et qui probablement se nourrit de polypes. 

Les blenniidae ou blennies

Les blennies se rencontrent surtout dans les zones très peu profondes, même là où l’action des vagues est forte. On distingue deux grands groupes : les herbivores et les carnivores.