Dans les archipels polynésiens aujourd'hui, la majorité des espèces végétales et la totalité des mammifères terrestres ont été introduits par l'homme. 

La pauvreté spécifique constitue le caractère majeur des groupes biologiques: la diversité des insectes récoltés dans l'atoll de Takapoto est de 1 pour 5 sur l'atoll d'Arno aux îles Marshall et de 1 pour 500 en Australie; la diversité des madrépores va de 1 pour les Tuamotu à 3 pour la Grande Barrière Australienne; la diversité des mollusques est de 1 pour les Tuamotu à 8 pour le Pacifique occidental.

Certaines espèces dominent particulièrement dans les atolls fermés, et constituent l'essentiel de la biomasse: nacres et bénitiers en font partie.