Les lagons d’atoll abritent également plusieurs des familles de poissons les plus évoluées : balistes, poissons coffres et poissons ballons. Ces poissons se caractérisent par une peau plus ou moins transformée (peau épaisse pour les balistes, plaques osseuses sous cutanées chez les poissons coffres, peau épineuse et toxique pour les poissons ballons) ainsi qu’une dentition très puissante faite de plaques osseuses soudées. Ces espèces ne sont jamais très abondantes, mais sont caractéristiques des récifs. La plupart sont des espèces relativement grandes, solitaires et carnivores. Il existe cependant d’autres régimes alimentaires, quelques espèces étant planctophages ou omnivores (algues, coraux, invertébrés). Certaines vivent en couples (Canthigaster spp.).