Dans les zones frangeantes peu profondes et calmes où dominent les accumulations sédimentaires, la flore algale est relativement pauvre. Les grains de sable sont souvent recouverts d’un film riche en microorganismes d’origine bactérienne et cyanobactérienne. 

Quelques algues vertes (Enteromorpha, Cladophora, Caulerpa sertularioides) et rouges (Amphiroa spp.) peuvent se développer mêlées aux phanérogames marines (Halophila decipiens et H. ovalis). Les petits platiers coralliens sont souvent plus riches avec une mosaïque d’algues brunes (Padina boryana, Lobophora variegata), vertes (Caulerpa urvillina, C. serrulata ,  Valonia aegagropila, Microdictyon okamurae et Halimeda opuntia et H. micronesica). En milieu plus battu, où le substrat dur est plus important, les algues rouges corallinacées (Hydrolithon onkodes) peuvent édifier un trottoir fortement encroûté.

Caulerpa 
sertularioides

Halimeda 
opuntia

Padina
  boryana

Valonia 
aegagropila

Les fonds sableux des lagons sont souvent, en profondeur, couverts d'un film muqueux riche en bactéries ou d'un tapis de Cyanobactéries pouvant former des microbialithes (Phormidium spp.) où se mêlent des touffes d'algues rouges filamenteuses telles que Polysiphonia, Ceramium.

Parfois, dans les petits fonds, la phanérogame Halophila ovalis forme des herbiers clairsemés.

Les substrats durs des pinacles sont toujours beaucoup plus riches avec diverses algues vertes:

Caulerpes (Caulerpa seuratii, 
C. urvilliana, C. pickerengii, 
C. bikinensis), 

Halimedes (H. discoidea, 
H. gracilis, H. incrassata, 
H. lacunalis, H. micronesica, H.opuntia , H. taenicola) 

ou encore 

Microdictyon okamurae, 
M. umbilicatum.

Les algues rouges calcaires forment dans les anfractuosités des glacis violacés, tandis que les parois verticales abritent les bouquets de Galaxaura filamentosa ou encore des gazons ras où se mélangent des algues filamenteuses souvent de petites tailles telles que Ceramium, Polysiphonia, Chondria, Herposiphonia, Griffithsia, Jania etc..  

C'est la plus riche et la plus diversifiée du complexe récifal. C’est le domaine des algues calcaires Corallinacées et Sporolithacées qui forment les concrétions les plus importantes. L’arrière récif correspond généralement à une dalle arasée fortement encroûtée recouverte d’un tapis ras d’algues filamenteuses rouges (Jania adhaerens) piégeant les sédiments et recouvert lui-même par les petits thalles en éventails brun-jaune de Lobophora variegata. 

Vers l’océan, la crête algale d'un beau rouge brique, constitue un faciès à algues calcaires où dominent Hydrolithon onkodes et H. gardineri et deux espèces de Sporolithon S. episoredion et S. ptychoides ; en zone battue ces espèces édifient des encorbellements spectaculaires où se brisent les vagues de l’océan. Généralement, un fin tapis d’algues filamenteuses rouges (Céramiales) recouvrent les algues calcaires et serviront de nourriture aux très nombreux herbivores échinodermes et gastéropodes qui vivent dans les anfractuosités de la crête. Quelques algues dressées s’y développent et forment des pompons vert brillant de Chlorodesmis fastigiata, se mêlant aux rosettes vert tendre des Microdictyon umbilicatum et aux tâches d’un vert plus sombre des caulerpes (Caulerpa pickerengii, C.urvilliana) et des Codium. On peut noter localement les coussinets hémisphériques rose pâle de Amphiroa fragilissima ou encore les tâches blanchâtres de Liagora ceranoides ou vert-gris de Halimeda micronesica.

Elle s'étend en profondeur au delà de 10 mètres. Les algues rouges y sont les plus abondantes et les plus diversifiées.

Les  algues rouges calcaires y abondent et la plus commune des espèces est sans doute Pneophyllum conicum qui forme de larges plaques, rose-jaunâtre à rouge foncé,  recouvrant fréquemment les coraux encroûtants jusqu’à les tuer. Les thalles, brun rougeâtre à  brun foncé des Sporolithon ptychoides se mêlent aux Corallinacées notamment dans les parties en surplomb dans la zone des éperons sillons. La pente externe est aussi le domaine des Halimedes (Halimeda taenicola, H. discoidea) et des Caulerpes qui sur certains atolls (Takapoto) abondent localement et forment de grands herbiers très denses (Caulerpa bikinensis). On trouve dans les interstices et sur  les parois verticales entre 15 et 40 mètres de profondeur des amas denses de rosettes d’un rouge profond de l’algue rouge Cryptonemia umbraticola

Les passes constituent un milieu particulier, parcouru généralement par des courants violents.

La flore colonise les tombants et elle est essentiellement constituée d'espèces encroûtantes calcifiées Corallinacées Pneophyllum conicum, Mesophyllum et Peyssonneliacées. Dans les anfractuosités abondent Halimeda minima, Cryptonemia umbraticola.

Mesophyllum erubescens

Peyssonnelia
 rubra

Liagora ceranoides

La flore des chenaux de platiers ou ”hoa”, est généralement très monotone et peu variée. La dalle qui est souvent encroûtée par l'algue rouge Hydrolithon onkodes est recouverte d'un gazon très ras qui piège les sédiments. Il est fréquent de noter les thalles brun clair de Lobophora variegata en forme de petits éventails à peine fixés et les touffes roses de Liagora ceranoides.